More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0045 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
288 aa  595  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  67.02 
 
 
284 aa  409  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.77 
 
 
292 aa  276  4e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.26 
 
 
288 aa  266  4e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.12 
 
 
288 aa  264  1e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.49 
 
 
297 aa  263  3e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.52 
 
 
287 aa  258  9e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.07 
 
 
286 aa  256  3e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.26 
 
 
291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.76 
 
 
290 aa  248  8e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.42 
 
 
285 aa  247  2e-64  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.53 
 
 
296 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.36 
 
 
286 aa  236  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.41 
 
 
293 aa  235  7e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
291 aa  235  8e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.48 
 
 
296 aa  232  5e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.49 
 
 
461 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
291 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
285 aa  229  6e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
298 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
280 aa  227  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.42 
 
 
291 aa  227  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  40 
 
 
293 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
294 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
288 aa  226  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
291 aa  226  4e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
294 aa  224  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.35 
 
 
283 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
294 aa  224  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
291 aa  223  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
297 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
307 aa  221  8e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.66 
 
 
296 aa  221  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.09 
 
 
296 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.26 
 
 
297 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
284 aa  218  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
287 aa  218  7.999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.88 
 
 
284 aa  217  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.59 
 
 
303 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
294 aa  217  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.53 
 
 
294 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.53 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.53 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
288 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.98 
 
 
284 aa  216  4e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.98 
 
 
284 aa  216  4e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.65 
 
 
285 aa  216  4e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.98 
 
 
284 aa  215  7e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
284 aa  215  7e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.98 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.24 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.85 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.31 
 
 
306 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.97 
 
 
281 aa  211  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
287 aa  211  1e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  38.38 
 
 
290 aa  210  2e-53  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
301 aa  209  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.72 
 
 
310 aa  209  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
283 aa  209  6e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
292 aa  208  9e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  37.54 
 
 
294 aa  208  9e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.6 
 
 
301 aa  207  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.76 
 
 
277 aa  207  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
280 aa  206  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  38.46 
 
 
294 aa  206  5e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.24 
 
 
301 aa  205  7e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.2 
 
 
299 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.56 
 
 
298 aa  205  9e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.07 
 
 
283 aa  204  1e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
279 aa  203  2e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
300 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.62 
 
 
295 aa  203  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.73 
 
 
280 aa  203  3e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.07 
 
 
280 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.41 
 
 
246 aa  202  7e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.35 
 
 
237 aa  202  7e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.16 
 
 
287 aa  201  9e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.2 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.32 
 
 
281 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  40.07 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.11 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6252  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.07 
 
 
298 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.37 
 
 
294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.67 
 
 
291 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
281 aa  198  9e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.54 
 
 
314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.12 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.24 
 
 
286 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
295 aa  195  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.64 
 
 
287 aa  195  7e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.42 
 
 
276 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>