More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4188 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
291 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.05 
 
 
291 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.96 
 
 
283 aa  241  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.87 
 
 
310 aa  239  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
307 aa  237  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.83 
 
 
286 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
291 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2995  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.51 
 
 
297 aa  231  8.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737717  normal  0.385559 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.27 
 
 
296 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.26 
 
 
297 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.96 
 
 
288 aa  228  9e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.9 
 
 
291 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.08 
 
 
295 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
291 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.42 
 
 
298 aa  225  9e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.43 
 
 
285 aa  224  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.93 
 
 
291 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.12 
 
 
294 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.69 
 
 
285 aa  223  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.34 
 
 
281 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
287 aa  222  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.49 
 
 
297 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.36 
 
 
291 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.5 
 
 
288 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
298 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
287 aa  219  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
297 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  48.65 
 
 
300 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.79 
 
 
297 aa  218  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.3 
 
 
301 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
293 aa  217  2e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
291 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
294 aa  216  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.07 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.65 
 
 
296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  41.81 
 
 
293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.66 
 
 
287 aa  212  5.999999999999999e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.52 
 
 
312 aa  212  7e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
286 aa  211  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
295 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.15 
 
 
294 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.24 
 
 
301 aa  210  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.15 
 
 
299 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.15 
 
 
299 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.88 
 
 
294 aa  210  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
296 aa  209  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.34 
 
 
292 aa  208  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
296 aa  208  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  41.89 
 
 
305 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.64 
 
 
296 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.31 
 
 
287 aa  206  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.64 
 
 
296 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
303 aa  206  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  38.18 
 
 
294 aa  206  4e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
297 aa  205  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.59 
 
 
306 aa  205  9e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.48 
 
 
302 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
295 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
290 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
294 aa  203  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
304 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.3 
 
 
288 aa  204  2e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2394  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.95 
 
 
296 aa  203  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.734944 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.96 
 
 
296 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
289 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
289 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.19 
 
 
302 aa  202  6e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
308 aa  202  6e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1784  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
300 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0214489  hitchhiker  0.00751803 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2378  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.16 
 
 
301 aa  201  8e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000915118 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37 
 
 
300 aa  201  8e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.6 
 
 
299 aa  202  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  38.51 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.03 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.94 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.95 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.03 
 
 
281 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
294 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
294 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.52 
 
 
292 aa  200  3e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.11 
 
 
291 aa  199  6e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
305 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.46 
 
 
302 aa  198  7e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.88 
 
 
288 aa  198  7e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
294 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.83 
 
 
286 aa  198  9e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.4 
 
 
299 aa  198  9e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
297 aa  196  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.93 
 
 
296 aa  196  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.58 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
285 aa  195  6e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>