More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1072 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  100 
 
 
300 aa  605  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.86 
 
 
295 aa  272  6e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.03 
 
 
297 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.58 
 
 
298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.42 
 
 
301 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.57 
 
 
291 aa  259  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.3 
 
 
307 aa  259  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.26 
 
 
295 aa  259  4e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.08 
 
 
301 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.78 
 
 
297 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.32 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
292 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.45 
 
 
291 aa  251  7e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.19 
 
 
295 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.2 
 
 
297 aa  250  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.24 
 
 
298 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.37 
 
 
291 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.52 
 
 
310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.12 
 
 
286 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
291 aa  243  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.42 
 
 
290 aa  242  7e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.1 
 
 
291 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
306 aa  235  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
299 aa  232  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.07 
 
 
294 aa  232  5e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.3 
 
 
287 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2995  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.32 
 
 
297 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737717  normal  0.385559 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
294 aa  229  6e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
294 aa  228  7e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  43.06 
 
 
293 aa  228  8e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.58 
 
 
308 aa  226  4e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
299 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
294 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
299 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.77 
 
 
301 aa  225  7e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
288 aa  225  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.27 
 
 
297 aa  225  8e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.2 
 
 
281 aa  225  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
296 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
287 aa  224  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.65 
 
 
291 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.54 
 
 
293 aa  223  3e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.14 
 
 
294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
296 aa  222  6e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.11 
 
 
304 aa  222  7e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.23 
 
 
298 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.64 
 
 
291 aa  219  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.08 
 
 
299 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.91 
 
 
296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.41 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.97 
 
 
297 aa  216  4e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.5 
 
 
306 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.24 
 
 
304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.41 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.62 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.93 
 
 
291 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.54 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.94 
 
 
297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.49 
 
 
285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.9 
 
 
296 aa  211  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.34 
 
 
301 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.39 
 
 
283 aa  211  9e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
296 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.83 
 
 
294 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.3 
 
 
287 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.12 
 
 
296 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
287 aa  209  4e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.75 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.15 
 
 
285 aa  208  7e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.81 
 
 
289 aa  208  9e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.81 
 
 
289 aa  208  9e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.62 
 
 
301 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.28 
 
 
285 aa  207  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.66 
 
 
296 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
296 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.76 
 
 
296 aa  206  3e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
298 aa  206  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.08 
 
 
283 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
288 aa  205  7e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.83 
 
 
294 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.53 
 
 
292 aa  205  8e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  41.95 
 
 
305 aa  204  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.75 
 
 
286 aa  204  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.26 
 
 
301 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.47 
 
 
299 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
294 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.83 
 
 
302 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.91 
 
 
286 aa  203  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.88 
 
 
283 aa  203  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.34 
 
 
297 aa  203  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
285 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.27 
 
 
281 aa  202  7e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.8 
 
 
294 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.8 
 
 
294 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.43 
 
 
291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
299 aa  200  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>