More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1564 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
298 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  79.87 
 
 
298 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.16 
 
 
297 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.02 
 
 
292 aa  319  3.9999999999999996e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.04 
 
 
301 aa  316  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.19 
 
 
295 aa  316  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.04 
 
 
301 aa  315  7e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.54 
 
 
297 aa  305  6e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.56 
 
 
295 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.3 
 
 
295 aa  297  1e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.56 
 
 
307 aa  281  9e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.9 
 
 
297 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  53.24 
 
 
300 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.88 
 
 
306 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.93 
 
 
287 aa  255  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
300 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.34 
 
 
296 aa  249  5e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
286 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.48 
 
 
283 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.14 
 
 
301 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
281 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
297 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
294 aa  237  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
291 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.28 
 
 
306 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
291 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
291 aa  235  7e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.85 
 
 
287 aa  235  8e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
283 aa  235  9e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
288 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.84 
 
 
294 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.02 
 
 
293 aa  231  1e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.33 
 
 
308 aa  230  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.61 
 
 
296 aa  229  3e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
287 aa  230  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.15 
 
 
298 aa  229  5e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3101  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.33 
 
 
300 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.648402  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1987  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.47 
 
 
298 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.298585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3161  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.47 
 
 
298 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.47 
 
 
298 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2756  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.47 
 
 
298 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.181808  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.47 
 
 
298 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.6 
 
 
304 aa  227  1e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0926  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.47 
 
 
298 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.89 
 
 
298 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
294 aa  226  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.42 
 
 
291 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
296 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
291 aa  225  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4077  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.13 
 
 
283 aa  224  9e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.362561  normal  0.125461 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.48 
 
 
296 aa  223  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
302 aa  223  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
306 aa  223  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
291 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.55 
 
 
299 aa  223  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.94 
 
 
308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.19 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
305 aa  222  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.96 
 
 
286 aa  222  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
297 aa  221  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.37 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.14 
 
 
301 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.39 
 
 
296 aa  218  8.999999999999998e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.86 
 
 
306 aa  218  8.999999999999998e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.73 
 
 
296 aa  218  1e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.7 
 
 
281 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  41.87 
 
 
293 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.95 
 
 
302 aa  216  4e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.15 
 
 
310 aa  216  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.04 
 
 
291 aa  216  5e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
299 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
299 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.25 
 
 
285 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.98 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.94 
 
 
299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.55 
 
 
301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.65 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.18 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.16 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
288 aa  211  1e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
296 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.2 
 
 
284 aa  210  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
288 aa  211  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.26 
 
 
299 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  39.93 
 
 
299 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  39.93 
 
 
299 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
299 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
298 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
299 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
291 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
299 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.99 
 
 
287 aa  208  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
299 aa  208  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.33 
 
 
301 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.56 
 
 
312 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>