More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3891 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  616  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  65.29 
 
 
291 aa  397  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.71 
 
 
291 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.46 
 
 
291 aa  371  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.42 
 
 
294 aa  363  1e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  58.42 
 
 
293 aa  359  3e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.79 
 
 
291 aa  359  4e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.08 
 
 
288 aa  345  7e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.73 
 
 
291 aa  344  1e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.23 
 
 
290 aa  304  1.0000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.75 
 
 
285 aa  275  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.95 
 
 
281 aa  259  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.14 
 
 
296 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.14 
 
 
296 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
294 aa  249  5e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
293 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.91 
 
 
307 aa  247  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.05 
 
 
306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.42 
 
 
294 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.37 
 
 
294 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.37 
 
 
294 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.89 
 
 
298 aa  243  3e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
286 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.02 
 
 
294 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.14 
 
 
298 aa  235  5.0000000000000005e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.56 
 
 
297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
298 aa  233  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.1 
 
 
461 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.97 
 
 
301 aa  232  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  42.01 
 
 
294 aa  231  1e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.21 
 
 
296 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.12 
 
 
310 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.3 
 
 
295 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
300 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.56 
 
 
292 aa  229  6e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
286 aa  229  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
294 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.32 
 
 
294 aa  227  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
305 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.79 
 
 
287 aa  227  2e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
294 aa  227  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
299 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
299 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
298 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.16 
 
 
291 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
288 aa  222  7e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.68 
 
 
296 aa  221  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
283 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.33 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.28 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.28 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
296 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
286 aa  216  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
294 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.56 
 
 
299 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
288 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  41.58 
 
 
300 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  43.55 
 
 
305 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
299 aa  215  7e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
296 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.33 
 
 
308 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.28 
 
 
288 aa  214  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.34 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.11 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.08 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.42 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
306 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
292 aa  210  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
296 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.4 
 
 
297 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.04 
 
 
299 aa  209  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.81 
 
 
291 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.7 
 
 
299 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.97 
 
 
297 aa  208  8e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  39.04 
 
 
299 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
287 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
299 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  39.04 
 
 
299 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
299 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
276 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
302 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
301 aa  206  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
314 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
297 aa  206  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
287 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.55 
 
 
299 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.02 
 
 
298 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.36 
 
 
299 aa  206  4e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.06 
 
 
296 aa  206  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
291 aa  206  5e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
306 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.25 
 
 
295 aa  206  6e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>