More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4254 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
296 aa  594  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  92.91 
 
 
296 aa  525  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  95.27 
 
 
296 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  93.24 
 
 
296 aa  512  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  93.24 
 
 
296 aa  512  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2394  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  93.92 
 
 
296 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.734944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2378  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  80.61 
 
 
301 aa  401  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000915118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5508  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  75.95 
 
 
303 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5837  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  75.95 
 
 
297 aa  333  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.769717  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.67 
 
 
296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.12 
 
 
310 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.58 
 
 
295 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.89 
 
 
299 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.4 
 
 
294 aa  229  4e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.16 
 
 
308 aa  225  7e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.39 
 
 
297 aa  225  7e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.58 
 
 
295 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.95 
 
 
308 aa  224  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
285 aa  223  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.77 
 
 
296 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
291 aa  223  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.6 
 
 
291 aa  221  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.24 
 
 
297 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.39 
 
 
293 aa  219  5e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.72 
 
 
281 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  48.29 
 
 
300 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.43 
 
 
296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.02 
 
 
295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  43.06 
 
 
293 aa  212  5.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.75 
 
 
292 aa  211  1e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
291 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.3 
 
 
286 aa  211  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.96 
 
 
320 aa  210  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.36 
 
 
296 aa  211  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.56 
 
 
291 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
294 aa  209  4e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
287 aa  209  5e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.23 
 
 
300 aa  208  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.27 
 
 
291 aa  208  8e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.97 
 
 
296 aa  208  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44 
 
 
301 aa  208  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.78 
 
 
298 aa  208  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
296 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.29 
 
 
296 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
285 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.55 
 
 
288 aa  208  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.95 
 
 
291 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.71 
 
 
300 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
299 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.67 
 
 
296 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.03 
 
 
307 aa  205  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
306 aa  205  8e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
306 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
296 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
291 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.03 
 
 
304 aa  203  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
306 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
294 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.45 
 
 
292 aa  203  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
301 aa  203  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.19 
 
 
301 aa  202  6e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.15 
 
 
300 aa  202  7e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
301 aa  201  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  42.37 
 
 
305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
287 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.95 
 
 
301 aa  199  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.67 
 
 
306 aa  199  5e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.18 
 
 
298 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  41.08 
 
 
299 aa  198  7e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
302 aa  198  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  41.08 
 
 
299 aa  198  7e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.42 
 
 
295 aa  198  7e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
286 aa  199  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.15 
 
 
297 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.23 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.51 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.95 
 
 
294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.17 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.95 
 
 
294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.4 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.4 
 
 
299 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.51 
 
 
281 aa  196  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.04 
 
 
289 aa  196  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.4 
 
 
299 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.04 
 
 
289 aa  196  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.64 
 
 
283 aa  196  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.12 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>