More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2394 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2394  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
296 aa  592  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.734944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  97.3 
 
 
296 aa  548  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  97.64 
 
 
296 aa  533  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  97.64 
 
 
296 aa  533  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  93.92 
 
 
296 aa  511  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  92.91 
 
 
296 aa  499  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2378  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  80.27 
 
 
301 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000915118 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5508  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  76.63 
 
 
303 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5837  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  75.26 
 
 
297 aa  330  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.769717  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.3 
 
 
296 aa  299  4e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.12 
 
 
310 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.15 
 
 
299 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.71 
 
 
295 aa  231  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.87 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.37 
 
 
294 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.7 
 
 
297 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.62 
 
 
296 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.99 
 
 
291 aa  222  7e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.95 
 
 
308 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
291 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.86 
 
 
295 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
308 aa  217  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.11 
 
 
296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
293 aa  214  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.99 
 
 
286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.64 
 
 
291 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.88 
 
 
299 aa  210  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  47.6 
 
 
300 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.08 
 
 
292 aa  210  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.86 
 
 
295 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.06 
 
 
281 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  43.06 
 
 
293 aa  209  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.27 
 
 
291 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
297 aa  208  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.78 
 
 
298 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.92 
 
 
306 aa  208  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.56 
 
 
287 aa  208  8e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
301 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
291 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.3 
 
 
296 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.99 
 
 
301 aa  207  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
288 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.64 
 
 
301 aa  205  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.79 
 
 
292 aa  204  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.37 
 
 
304 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.32 
 
 
296 aa  204  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
294 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.92 
 
 
291 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.36 
 
 
287 aa  203  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  42.86 
 
 
305 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.34 
 
 
300 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.15 
 
 
285 aa  202  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
307 aa  202  8e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
296 aa  202  8e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43 
 
 
296 aa  201  9e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.57 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.95 
 
 
320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.55 
 
 
295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.24 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.67 
 
 
312 aa  200  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.83 
 
 
281 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.15 
 
 
300 aa  199  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
281 aa  199  6e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.66 
 
 
306 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
296 aa  198  9e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.12 
 
 
297 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.31 
 
 
297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.92 
 
 
306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.17 
 
 
302 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.26 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.92 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.17 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.92 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.89 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
299 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
299 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42 
 
 
306 aa  195  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
294 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
296 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.52 
 
 
291 aa  194  1e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.24 
 
 
302 aa  194  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
299 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.4 
 
 
291 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.12 
 
 
287 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
291 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
301 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
286 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
298 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.32 
 
 
300 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
299 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.55 
 
 
294 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
286 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
306 aa  192  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
299 aa  192  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.11 
 
 
294 aa  192  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
299 aa  192  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>