More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2262 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  597  1e-170  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.3 
 
 
310 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.62 
 
 
293 aa  270  2.9999999999999997e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.57 
 
 
290 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.22 
 
 
294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.1 
 
 
298 aa  258  8e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.32 
 
 
291 aa  255  8e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
280 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.67 
 
 
291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.75 
 
 
296 aa  251  7e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.67 
 
 
299 aa  249  4e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  44.41 
 
 
293 aa  249  5e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.18 
 
 
281 aa  248  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.08 
 
 
291 aa  246  3e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.96 
 
 
291 aa  245  4.9999999999999997e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.71 
 
 
292 aa  245  6e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.2 
 
 
280 aa  244  9e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
287 aa  242  3.9999999999999997e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.88 
 
 
286 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.45 
 
 
288 aa  241  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  43.15 
 
 
294 aa  240  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  43.15 
 
 
294 aa  240  2e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.49 
 
 
296 aa  239  4e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
291 aa  237  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.96 
 
 
295 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.67 
 
 
285 aa  237  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.3 
 
 
299 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
286 aa  236  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.45 
 
 
276 aa  236  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
294 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
294 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
294 aa  234  9e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.66 
 
 
291 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.89 
 
 
297 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
307 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.61 
 
 
294 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.18 
 
 
286 aa  232  5e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.37 
 
 
297 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.66 
 
 
296 aa  229  5e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.72 
 
 
306 aa  228  1e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.89 
 
 
291 aa  227  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
294 aa  227  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
291 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.72 
 
 
295 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.67 
 
 
312 aa  226  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
461 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
301 aa  225  6e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.5 
 
 
306 aa  223  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.36 
 
 
297 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.28 
 
 
302 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.91 
 
 
298 aa  223  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
280 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.98 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.82 
 
 
278 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
287 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.66 
 
 
296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.25 
 
 
285 aa  219  3e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.55 
 
 
277 aa  219  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.07 
 
 
295 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  44.07 
 
 
300 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.87 
 
 
283 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.92 
 
 
292 aa  217  2e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
301 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.33 
 
 
284 aa  216  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.4 
 
 
297 aa  216  5e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.24 
 
 
284 aa  214  9.999999999999999e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.01 
 
 
281 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.75 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.02 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.41 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38 
 
 
288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.4 
 
 
296 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
296 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
285 aa  211  1e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
305 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
296 aa  209  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.66 
 
 
299 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
285 aa  209  4e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.92 
 
 
293 aa  209  4e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
314 aa  209  5e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
303 aa  209  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.23 
 
 
281 aa  209  6e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.39 
 
 
302 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.32 
 
 
300 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
297 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.67 
 
 
283 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
287 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.26 
 
 
278 aa  207  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.35 
 
 
287 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.53 
 
 
300 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.1 
 
 
290 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.67 
 
 
302 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.79 
 
 
283 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
320 aa  206  4e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.42 
 
 
304 aa  206  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>