More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3345 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
278 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  95.32 
 
 
278 aa  530  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  76 
 
 
276 aa  435  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  70.55 
 
 
277 aa  400  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.91 
 
 
280 aa  387  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  65.82 
 
 
280 aa  378  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64 
 
 
280 aa  365  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.13 
 
 
281 aa  249  5e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.46 
 
 
287 aa  241  7e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.76 
 
 
285 aa  231  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.79 
 
 
294 aa  227  1e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.79 
 
 
294 aa  227  1e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.34 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.26 
 
 
294 aa  219  5e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.55 
 
 
281 aa  218  1e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.06 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
291 aa  214  9.999999999999999e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.57 
 
 
281 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.12 
 
 
285 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
284 aa  207  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
284 aa  205  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
284 aa  205  5e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
292 aa  205  7e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.27 
 
 
284 aa  205  8e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.27 
 
 
284 aa  205  8e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.88 
 
 
283 aa  204  9e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.09 
 
 
285 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.4 
 
 
296 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.64 
 
 
270 aa  204  1e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
298 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.24 
 
 
287 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.27 
 
 
284 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.81 
 
 
261 aa  204  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.91 
 
 
284 aa  203  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.09 
 
 
270 aa  203  3e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.5 
 
 
286 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.22 
 
 
284 aa  203  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
285 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
461 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5788  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
290 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
291 aa  202  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.2 
 
 
292 aa  202  5e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
288 aa  202  7e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
294 aa  202  7e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
306 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.99 
 
 
290 aa  201  9e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.2 
 
 
296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.58 
 
 
297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.75 
 
 
293 aa  199  3e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.97 
 
 
283 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
284 aa  198  7e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.05 
 
 
293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
296 aa  196  3e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
298 aa  196  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.99 
 
 
298 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.2 
 
 
291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.49 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.31 
 
 
303 aa  195  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.1 
 
 
299 aa  195  6e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.15 
 
 
246 aa  195  7e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.85 
 
 
283 aa  194  1e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
287 aa  193  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
294 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.25 
 
 
296 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
301 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.79 
 
 
278 aa  193  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
284 aa  193  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
296 aa  193  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.35 
 
 
295 aa  192  5e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.43 
 
 
294 aa  191  8e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
300 aa  191  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
295 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
297 aa  191  9e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
294 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
287 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
298 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.16 
 
 
291 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.33 
 
 
305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.01 
 
 
288 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
296 aa  189  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
296 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.71 
 
 
291 aa  189  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
288 aa  188  8e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
281 aa  187  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.547009  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
289 aa  187  1e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
301 aa  186  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
282 aa  186  3e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.5 
 
 
279 aa  186  3e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
288 aa  186  5e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
298 aa  185  6e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>