More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2538 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
291 aa  607  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  81.44 
 
 
291 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  79.73 
 
 
291 aa  499  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  65.29 
 
 
294 aa  397  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  63.92 
 
 
293 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.54 
 
 
294 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.41 
 
 
291 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.1 
 
 
288 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.72 
 
 
291 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.04 
 
 
285 aa  296  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.23 
 
 
290 aa  293  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.06 
 
 
281 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.57 
 
 
293 aa  263  3e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
292 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
294 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.39 
 
 
295 aa  258  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.54 
 
 
301 aa  256  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.4 
 
 
294 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.4 
 
 
294 aa  255  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.4 
 
 
294 aa  255  7e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.62 
 
 
310 aa  254  8e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.18 
 
 
301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.9 
 
 
291 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.05 
 
 
304 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.88 
 
 
287 aa  247  2e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
286 aa  246  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.02 
 
 
305 aa  242  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
298 aa  242  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.12 
 
 
306 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.61 
 
 
296 aa  239  4e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
297 aa  239  4e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
295 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  44.56 
 
 
294 aa  239  5.999999999999999e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  44.56 
 
 
294 aa  238  5.999999999999999e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.44 
 
 
306 aa  238  9e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.79 
 
 
298 aa  238  9e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
294 aa  238  9e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.05 
 
 
291 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
294 aa  237  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  44.37 
 
 
300 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
296 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.99 
 
 
299 aa  236  3e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.32 
 
 
296 aa  236  4e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.3 
 
 
286 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  42.12 
 
 
299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.09 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  42.12 
 
 
299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  45.55 
 
 
305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.96 
 
 
291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
320 aa  233  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.33 
 
 
300 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.37 
 
 
297 aa  232  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.44 
 
 
299 aa  232  5e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
294 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
299 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
299 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
283 aa  231  7.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
299 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.29 
 
 
299 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.88 
 
 
301 aa  231  1e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.44 
 
 
299 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
299 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
295 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.1 
 
 
301 aa  230  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.4 
 
 
300 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.11 
 
 
307 aa  229  5e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.06 
 
 
306 aa  228  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
299 aa  229  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.1 
 
 
288 aa  228  9e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
299 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
286 aa  226  4e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.41 
 
 
296 aa  225  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
298 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.2 
 
 
461 aa  223  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.42 
 
 
288 aa  223  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.74 
 
 
299 aa  223  3e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
298 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
301 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
296 aa  221  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
297 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.1 
 
 
301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.78 
 
 
308 aa  220  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.11 
 
 
288 aa  219  3e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.91 
 
 
283 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.75 
 
 
297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
292 aa  219  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
283 aa  218  7e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.18 
 
 
288 aa  218  7e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.9 
 
 
291 aa  218  1e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
299 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.44 
 
 
296 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
287 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.2 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>