More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2183 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  608  1e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.6 
 
 
293 aa  342  2.9999999999999997e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2883  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.71 
 
 
287 aa  328  5.0000000000000004e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131677  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.86 
 
 
291 aa  326  3e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00204085  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.52 
 
 
293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1128  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.56 
 
 
295 aa  291  8e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.95 
 
 
290 aa  195  9e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.97 
 
 
314 aa  195  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.85 
 
 
276 aa  193  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
287 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
298 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.85 
 
 
289 aa  187  2e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.93 
 
 
291 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.68 
 
 
294 aa  185  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
296 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.94 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.77 
 
 
283 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.09 
 
 
278 aa  183  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
283 aa  182  7e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
301 aa  182  8.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.4 
 
 
296 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
278 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.5 
 
 
296 aa  180  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.3 
 
 
295 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.32 
 
 
301 aa  179  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.95 
 
 
320 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.9 
 
 
296 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
278 aa  179  7e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.43 
 
 
286 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
298 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.99 
 
 
278 aa  177  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.82 
 
 
280 aa  177  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
281 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.54 
 
 
295 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
294 aa  177  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.9 
 
 
288 aa  177  3e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.49 
 
 
306 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.2 
 
 
285 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.82 
 
 
280 aa  175  6e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.42 
 
 
287 aa  175  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.32 
 
 
461 aa  175  7e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.8 
 
 
281 aa  175  9e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.23 
 
 
285 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.14 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.27 
 
 
261 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.39 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.31 
 
 
281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.52 
 
 
295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
306 aa  172  5e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
292 aa  172  7.999999999999999e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.83 
 
 
317 aa  171  9e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.572641  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.51 
 
 
288 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.09 
 
 
286 aa  170  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.21 
 
 
298 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.11 
 
 
298 aa  169  4e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  36.21 
 
 
294 aa  169  4e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
288 aa  169  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.52 
 
 
297 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.19 
 
 
294 aa  169  5e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
301 aa  169  6e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
296 aa  169  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.31 
 
 
296 aa  169  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.97 
 
 
284 aa  168  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.84 
 
 
297 aa  168  9e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.32 
 
 
287 aa  168  9e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.11 
 
 
291 aa  168  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.09 
 
 
280 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.94 
 
 
297 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.57 
 
 
306 aa  167  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
280 aa  167  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.59 
 
 
297 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.63 
 
 
307 aa  166  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.44 
 
 
296 aa  166  5e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.81 
 
 
305 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4002  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
296 aa  165  9e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2671  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
296 aa  165  9e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0893912  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2394  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.734944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.36 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.79 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.33 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.27 
 
 
282 aa  163  3e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.92 
 
 
298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.55 
 
 
296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.84 
 
 
292 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.62 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.42 
 
 
291 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.49 
 
 
287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.95 
 
 
319 aa  162  6e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.37 
 
 
296 aa  162  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.74 
 
 
299 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.74 
 
 
299 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.4 
 
 
285 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>