More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4811 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
306 aa  616  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.16 
 
 
292 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.92 
 
 
300 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.85 
 
 
297 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.36 
 
 
295 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.82 
 
 
295 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.41 
 
 
301 aa  266  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.41 
 
 
301 aa  263  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.8 
 
 
307 aa  261  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.19 
 
 
298 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.77 
 
 
297 aa  255  8e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.96 
 
 
297 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.88 
 
 
298 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.35 
 
 
295 aa  248  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.06 
 
 
291 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.37 
 
 
287 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  50 
 
 
300 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
306 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.84 
 
 
291 aa  226  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.84 
 
 
294 aa  226  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.93 
 
 
291 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.58 
 
 
291 aa  223  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.55 
 
 
288 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.21 
 
 
291 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
288 aa  219  5e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.97 
 
 
286 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.37 
 
 
284 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2180  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.5 
 
 
296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.15285  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.99 
 
 
290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.48 
 
 
299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2995  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.08 
 
 
297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.737717  normal  0.385559 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.69 
 
 
293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.28 
 
 
296 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
299 aa  212  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.39 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.88 
 
 
297 aa  212  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  40.28 
 
 
293 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.48 
 
 
299 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40.83 
 
 
296 aa  211  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
299 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
294 aa  210  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0265  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
300 aa  210  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.43035  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.38 
 
 
296 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
299 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.24 
 
 
283 aa  210  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.16 
 
 
299 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.02 
 
 
296 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.11 
 
 
308 aa  208  7e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  40.48 
 
 
299 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  40.48 
 
 
299 aa  208  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.11 
 
 
308 aa  208  9e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
291 aa  207  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.74 
 
 
296 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
299 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000731521 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.48 
 
 
294 aa  207  1e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2322  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.82 
 
 
299 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0148362 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.75 
 
 
294 aa  206  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
281 aa  206  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.34 
 
 
299 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.05 
 
 
294 aa  204  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
301 aa  203  3e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.86 
 
 
301 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.83 
 
 
298 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
296 aa  202  8e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.47 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.59 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.338486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.11 
 
 
291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.02 
 
 
461 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.22 
 
 
305 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.53 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
287 aa  199  5e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
292 aa  199  5e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.54 
 
 
286 aa  198  7.999999999999999e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
288 aa  198  7.999999999999999e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.55 
 
 
283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.95 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.94 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.53 
 
 
304 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.97 
 
 
300 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
285 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.67 
 
 
299 aa  196  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.74 
 
 
288 aa  195  7e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
294 aa  195  7e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
320 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.29 
 
 
281 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.27 
 
 
300 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4911  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
280 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
283 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
298 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.58 
 
 
292 aa  193  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
301 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.95 
 
 
285 aa  192  6e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0620  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.41 
 
 
296 aa  192  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.326399 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
283 aa  191  9e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1061  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.3 
 
 
304 aa  191  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>