More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1207 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
280 aa  587  1e-167  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.84 
 
 
285 aa  295  8e-79  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
291 aa  278  6e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.82 
 
 
296 aa  275  7e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.47 
 
 
286 aa  270  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.43 
 
 
292 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.23 
 
 
287 aa  264  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.39 
 
 
290 aa  260  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50 
 
 
297 aa  259  4e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.59 
 
 
288 aa  247  2e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.36 
 
 
284 aa  236  3e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.48 
 
 
294 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
298 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.84 
 
 
288 aa  230  2e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  43.77 
 
 
296 aa  230  3e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.46 
 
 
286 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.2 
 
 
293 aa  224  1e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
288 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.97 
 
 
281 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.37 
 
 
281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
296 aa  219  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
296 aa  218  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.79 
 
 
295 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  43.01 
 
 
290 aa  211  9e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.36 
 
 
278 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
294 aa  210  3e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
294 aa  210  3e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.65 
 
 
287 aa  208  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.79 
 
 
285 aa  207  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.9 
 
 
301 aa  206  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
283 aa  205  8e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
310 aa  204  9e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.01 
 
 
287 aa  204  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
299 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
300 aa  203  3e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.64 
 
 
286 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.4 
 
 
303 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.09 
 
 
280 aa  202  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.04 
 
 
284 aa  202  7e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.64 
 
 
297 aa  201  9e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.43 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.64 
 
 
294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.45 
 
 
306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.32 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.08 
 
 
314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
284 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
284 aa  199  5e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
283 aa  198  7e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
302 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.32 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.32 
 
 
284 aa  196  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38 
 
 
312 aa  196  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.08 
 
 
308 aa  196  3e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
298 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
280 aa  196  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
289 aa  195  6e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.04 
 
 
284 aa  194  9e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
283 aa  195  9e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
297 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.98 
 
 
295 aa  194  2e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.56 
 
 
288 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
298 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.58 
 
 
302 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
294 aa  193  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.22 
 
 
281 aa  192  4e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
285 aa  192  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.95 
 
 
292 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.86 
 
 
306 aa  192  6e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
296 aa  192  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.86 
 
 
285 aa  191  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.15 
 
 
276 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
305 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
306 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.47 
 
 
287 aa  190  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.83 
 
 
308 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5901  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.24 
 
 
302 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
300 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
281 aa  188  8e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.18 
 
 
299 aa  188  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.11 
 
 
292 aa  188  1e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.02 
 
 
320 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.15 
 
 
290 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2455  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.35 
 
 
287 aa  187  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0754  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.73 
 
 
298 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.22 
 
 
297 aa  186  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.52 
 
 
297 aa  186  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
296 aa  186  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
283 aa  186  3e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
299 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.08 
 
 
307 aa  186  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
294 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.69 
 
 
281 aa  186  5e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
299 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
299 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
299 aa  185  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
299 aa  185  8e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.27 
 
 
285 aa  185  9e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>