More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0747 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0747  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
290 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1870  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.21 
 
 
285 aa  347  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.151369  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3512  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.21 
 
 
292 aa  344  8e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000550533 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0727  carbohydrate oxidoreductase, putative  55.83 
 
 
302 aa  337  9.999999999999999e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4585  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.67 
 
 
285 aa  333  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1263  NAD-dependent epimerase/dehydratase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  53.9 
 
 
284 aa  332  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.818753  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3714  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  59.93 
 
 
291 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.736415  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2247  carbohydrate oxidoreductase, putative  52.65 
 
 
304 aa  318  9e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.261746  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0790  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.93 
 
 
295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.537712  hitchhiker  0.00444218 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4311  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.46 
 
 
283 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.86 
 
 
290 aa  273  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5203  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
345 aa  207  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
301 aa  206  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.36 
 
 
270 aa  150  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 
276 aa  139  6e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000290359  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.71 
 
 
321 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.71 
 
 
321 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.96 
 
 
321 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.18 
 
 
278 aa  90.1  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.63 
 
 
327 aa  89  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.73 
 
 
317 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.97 
 
 
294 aa  86.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.04 
 
 
308 aa  86.3  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.23 
 
 
314 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.3 
 
 
333 aa  85.9  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.94 
 
 
314 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  29.76 
 
 
303 aa  84.7  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.22 
 
 
284 aa  81.6  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.158917  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4291  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.35 
 
 
298 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.17 
 
 
294 aa  78.2  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.56 
 
 
307 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.73 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.46 
 
 
298 aa  75.5  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1537  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.54 
 
 
275 aa  74.3  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00194378  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0085  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase-like  28.22 
 
 
288 aa  73.9  0.000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.192527  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.81 
 
 
285 aa  73.6  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
295 aa  73.2  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.36 
 
 
296 aa  73.2  0.000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.24 
 
 
300 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.45 
 
 
301 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  29.8 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.3 
 
 
369 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.01 
 
 
298 aa  72.4  0.000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1437  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.34 
 
 
363 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.07 
 
 
286 aa  72.4  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.5 
 
 
280 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.36 
 
 
285 aa  71.6  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  26.03 
 
 
283 aa  72  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.17 
 
 
280 aa  72  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.56 
 
 
291 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1653  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.3 
 
 
276 aa  69.3  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.41 
 
 
282 aa  68.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4428  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.9 
 
 
298 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4911  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.29 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.58 
 
 
285 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.35 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.56 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.56 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.85 
 
 
314 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.27 
 
 
307 aa  67  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.1 
 
 
305 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.75 
 
 
284 aa  66.6  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.03 
 
 
309 aa  67  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  21.83 
 
 
296 aa  66.6  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.4 
 
 
294 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25 
 
 
284 aa  65.9  0.0000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.32 
 
 
280 aa  65.9  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.15 
 
 
277 aa  65.9  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2145  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.2 
 
 
297 aa  65.1  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.292783  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
298 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.75 
 
 
294 aa  65.5  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.27 
 
 
287 aa  64.7  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.244576  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.45 
 
 
287 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.02 
 
 
304 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.52 
 
 
276 aa  64.3  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
389 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13295  dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase rmlD  32.84 
 
 
304 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.10261  normal  0.625833 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.5 
 
 
283 aa  63.9  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.08 
 
 
270 aa  63.5  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2793  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.71 
 
 
364 aa  63.5  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.114902 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.79 
 
 
306 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.62 
 
 
286 aa  63.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.84 
 
 
285 aa  63.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.64 
 
 
306 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.41 
 
 
299 aa  63.2  0.000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
287 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
287 aa  62.8  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.64 
 
 
291 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.49 
 
 
297 aa  62.8  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.75 
 
 
303 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.97 
 
 
298 aa  62.8  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.59 
 
 
286 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
287 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.81 
 
 
304 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2008  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.91 
 
 
723 aa  62.4  0.000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.66 
 
 
381 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.03 
 
 
295 aa  62.4  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000000000196986 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.7 
 
 
285 aa  62  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.56 
 
 
381 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>