More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3226 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
300 aa  624  1e-178  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  70.71 
 
 
299 aa  439  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.43 
 
 
298 aa  362  3e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.41 
 
 
297 aa  347  2e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.85 
 
 
303 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.81 
 
 
308 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.67 
 
 
293 aa  172  9e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4291  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.92 
 
 
298 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.59 
 
 
305 aa  154  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 
281 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.1 
 
 
292 aa  152  8e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.21 
 
 
278 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.83 
 
 
276 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.21 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.97 
 
 
327 aa  144  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.25 
 
 
272 aa  143  3e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.05 
 
 
294 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.93 
 
 
294 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.42 
 
 
294 aa  142  8e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.62 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.08 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.88 
 
 
294 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.88 
 
 
294 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4446  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.98 
 
 
298 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4428  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.69 
 
 
298 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.74 
 
 
306 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.96 
 
 
286 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.96 
 
 
277 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.46 
 
 
281 aa  137  2e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.32 
 
 
298 aa  136  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.47 
 
 
309 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.13 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.03 
 
 
298 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.69 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.27 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.03 
 
 
296 aa  133  3e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.54 
 
 
307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.88 
 
 
288 aa  132  5e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.46 
 
 
304 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.46 
 
 
304 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.53 
 
 
280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.76 
 
 
285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.69 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.86 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.87 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.71 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.01 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.34 
 
 
294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.06 
 
 
288 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.16 
 
 
321 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.7 
 
 
278 aa  130  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.69 
 
 
321 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.69 
 
 
321 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.74 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.56 
 
 
291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2145  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.19 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.292783  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.32 
 
 
321 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30 
 
 
280 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.03 
 
 
276 aa  125  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.72 
 
 
293 aa  125  7e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
286 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353591  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.13 
 
 
286 aa  125  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.76 
 
 
307 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.39 
 
 
286 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.07 
 
 
288 aa  123  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.82 
 
 
295 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.19 
 
 
287 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.44 
 
 
281 aa  122  8e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
297 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.62 
 
 
333 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2008  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.09 
 
 
723 aa  121  9.999999999999999e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.55 
 
 
279 aa  122  9.999999999999999e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.23 
 
 
287 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.96 
 
 
287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1537  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.09 
 
 
275 aa  119  6e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00194378  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.24 
 
 
282 aa  119  9e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.77 
 
 
283 aa  119  9e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29.61 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  30.56 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.37 
 
 
280 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.76 
 
 
285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29.61 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0477  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.86 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.0000000000065602  decreased coverage  0.00000000361225 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.43 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.46 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  32.12 
 
 
301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.5 
 
 
284 aa  117  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.84 
 
 
281 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.547009  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.97 
 
 
304 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
291 aa  117  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.67 
 
 
284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.03 
 
 
288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
294 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.69 
 
 
285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.16 
 
 
291 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.89 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.34 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.58 
 
 
319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.445361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>