More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0735 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0735  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
286 aa  565  1e-160  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.850791  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.68 
 
 
285 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.46 
 
 
281 aa  186  4e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.94 
 
 
285 aa  177  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.95 
 
 
294 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.95 
 
 
294 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
280 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.62 
 
 
293 aa  171  1e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.15 
 
 
280 aa  168  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.49 
 
 
278 aa  168  1e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.25 
 
 
296 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
288 aa  167  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
276 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.88 
 
 
277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.67 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.09 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.15 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.86 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.72 
 
 
285 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.97 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.48 
 
 
283 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.18 
 
 
293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.36 
 
 
278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.98 
 
 
278 aa  162  7e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
284 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
284 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.97 
 
 
296 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
298 aa  160  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.54 
 
 
284 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
281 aa  160  2e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.58 
 
 
284 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.29 
 
 
284 aa  159  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.58 
 
 
284 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.97 
 
 
284 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.58 
 
 
284 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
284 aa  159  6e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.5 
 
 
278 aa  158  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.01 
 
 
294 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.44 
 
 
300 aa  157  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.7 
 
 
284 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.02 
 
 
306 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
298 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.46 
 
 
296 aa  156  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.52 
 
 
270 aa  156  4e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1355  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.34 
 
 
287 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.00158528  normal  0.708717 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.64 
 
 
297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1319  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1336  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
287 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.978104 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.58 
 
 
270 aa  154  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.77 
 
 
292 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.01 
 
 
306 aa  153  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.95 
 
 
297 aa  153  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.36 
 
 
285 aa  152  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4210  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.31 
 
 
302 aa  152  7e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.319077 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.44 
 
 
369 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3135  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.71 
 
 
282 aa  151  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2883  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
287 aa  151  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131677  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.1 
 
 
298 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3972  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.95 
 
 
294 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.160847  normal  0.379333 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.41 
 
 
289 aa  150  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.55 
 
 
280 aa  150  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.09 
 
 
291 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.31 
 
 
321 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
286 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.88 
 
 
288 aa  148  9e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
297 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.33 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1853  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.17 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.58 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.29 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.36 
 
 
287 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.48 
 
 
281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.547009  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.31 
 
 
300 aa  145  5e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.31 
 
 
299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.95 
 
 
299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.95 
 
 
299 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.24 
 
 
295 aa  145  9e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.43 
 
 
288 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1062  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
321 aa  145  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.28 
 
 
297 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
291 aa  144  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06100  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
313 aa  145  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.127581  normal  0.398775 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.57 
 
 
283 aa  144  1e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.79 
 
 
283 aa  144  2e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.93 
 
 
461 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.52 
 
 
301 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.11 
 
 
286 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4736  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.09 
 
 
274 aa  143  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.377015  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.1 
 
 
294 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.15 
 
 
389 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
292 aa  142  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.41 
 
 
381 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.89 
 
 
279 aa  142  6e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.26 
 
 
298 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1437  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.8 
 
 
363 aa  142  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.34 
 
 
289 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.85 
 
 
288 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.96 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.248818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>