More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4239 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4239  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  672    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.576064 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04000  putative transcriptional regulator  59.27 
 
 		 350 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  57.45 
 
 		 350 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 362 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 342 aa  112  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  30.55 
 
 		 348 aa  106  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 337 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 347 aa  99.4  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 352 aa  99.4  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  29.1 
 
 		 343 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 359 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  31.9 
 
 		 381 aa  94  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 345 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.47 
 
 		 345 aa  93.6  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 344 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1260  Helix-turn-helix, AraC domain protein  31.48 
 
 		 339 aa  91.7  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0717392  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.54 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  25.45 
 
 		 346 aa  90.9  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 343 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  31.98 
 
 		 352 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 344 aa  89.4  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3244  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 345 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.479288  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 358 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 358 aa  88.6  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 338 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  25.43 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3748  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 350 aa  86.3  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.668173  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4693  helix-turn-helix domain-containing protein  34.42 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.621446 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  28.75 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  28.8 
 
 		 330 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 386 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3227  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.130306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3278  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  28.36 
 
 		 339 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 341 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0743  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 330 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.191444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 344 aa  82.4  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 374 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 335 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0428  AraC family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 344 aa  80.9  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  26.84 
 
 		 365 aa  80.9  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  28.1 
 
 		 343 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  27.11 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 341 aa  80.1  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 335 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 342 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  33.72 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  41.88 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 330 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 338 aa  77  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 357 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 347 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  28.73 
 
 		 356 aa  76.6  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2361  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 339 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 360 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 356 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 348 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 333 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 352 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>