More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3661 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0791  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.25 
 
 		 560 aa  947    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.943967  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.43 
 
 		 560 aa  946    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0862635  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1148  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  78.21 
 
 		 560 aa  929    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0990  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.29 
 
 		 560 aa  916    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.784735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.18 
 
 		 560 aa  930    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817136 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2807  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.25 
 
 		 546 aa  717    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.988252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  84.11 
 
 		 560 aa  977    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.439091  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3661  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 560 aa  1160    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4425  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.61 
 
 		 560 aa  951    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.06 
 
 		 548 aa  653    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.181107  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0805  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.25 
 
 		 560 aa  948    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  84.46 
 
 		 560 aa  979    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.33 
 
 		 546 aa  712    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2999  AMP-dependent synthetase and ligase  54.84 
 
 		 563 aa  611  1e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0896  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.48 
 
 		 552 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0104602  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0229  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.75 
 
 		 550 aa  591  1e-167  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1718  AMP-dependent synthetase and ligase  53.89 
 
 		 548 aa  587  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0767981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1168  medium chain acyl-CoA ligase  51.54 
 
 		 564 aa  580  1e-164  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.471651 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2146  AMP-dependent synthetase and ligase  52.19 
 
 		 548 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.714006  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  55.56 
 
 		 546 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3416  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.95 
 
 		 545 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  53.83 
 
 		 546 aa  573  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.754742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1237  AMP-dependent synthetase and ligase  50.55 
 
 		 564 aa  573  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.48061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1388  AMP-dependent synthetase and ligase  54.24 
 
 		 547 aa  566  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603254  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0256  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.93 
 
 		 548 aa  568  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.90557  normal  0.230564 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7172  AMP-dependent synthetase and ligase  51.84 
 
 		 553 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5028  AMP-dependent synthetase and ligase  54.7 
 
 		 559 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.046587  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4347  AMP-dependent synthetase and ligase  54.88 
 
 		 555 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5832  AMP-dependent synthetase and ligase  54.7 
 
 		 559 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2120  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.32 
 
 		 545 aa  559  1e-158  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.182851  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1081  AMP-dependent synthetase and ligase  52.04 
 
 		 556 aa  556  1e-157  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267456 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3048  AMP-dependent synthetase and ligase  54.44 
 
 		 554 aa  556  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.865355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2199  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.34 
 
 		 548 aa  556  1e-157  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000113642 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2020  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.97 
 
 		 548 aa  553  1e-156  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00014741  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  50.99 
 
 		 556 aa  536  1e-151  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.3339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0898  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  51.17 
 
 		 556 aa  533  1e-150  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.586497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0619  AMP-dependent synthetase and ligase  51.22 
 
 		 546 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.26704  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2328  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.69 
 
 		 601 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2037  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.69 
 
 		 601 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1347  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.69 
 
 		 601 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.564227  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1435  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.52 
 
 		 601 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3096  AMP-binding domain-containing protein  46.52 
 
 		 601 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1061  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.69 
 
 		 601 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0401  AMP-dependent synthetase and ligase  43.61 
 
 		 535 aa  466  9.999999999999999e-131  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0676  AMP-dependent synthetase and ligase  44.13 
 
 		 537 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  41.79 
 
 		 544 aa  410  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0638  AMP-dependent synthetase and ligase  40.55 
 
 		 548 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.00000118865  hitchhiker  0.000070168 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.04 
 
 		 537 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.22 
 
 		 537 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.85 
 
 		 537 aa  398  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.67 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.85 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.67 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.67 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  40.33 
 
 		 542 aa  395  1e-109  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.67 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2200  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 546 aa  397  1e-109  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  40.85 
 
 		 537 aa  398  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.85 
 
 		 537 aa  397  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1673  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 		 547 aa  394  1e-108  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.000119129 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 		 533 aa  390  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  40.91 
 
 		 540 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  41.45 
 
 		 539 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2630  AMP-dependent synthetase and ligase  39.75 
 
 		 558 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0235  AMP-dependent synthetase and ligase  43.41 
 
 		 538 aa  379  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 		 544 aa  375  1e-102  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8848  AMP-dependent synthetase and ligase  41.45 
 
 		 541 aa  372  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2552  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 575 aa  369  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.333339  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.2 
 
 		 545 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.38 
 
 		 545 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0319  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 		 552 aa  367  1e-100  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.570392  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.66 
 
 		 545 aa  366  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.29 
 
 		 547 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2515  AMP-dependent synthetase and ligase  40.3 
 
 		 527 aa  365  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.921526 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2549  AMP-dependent synthetase and ligase  38.99 
 
 		 550 aa  369  1e-100  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.798559 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  37.61 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  38.29 
 
 		 546 aa  365  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 		 549 aa  364  3e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4961  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 586 aa  363  3e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  38.66 
 
 		 544 aa  363  3e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  39.93 
 
 		 557 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.723702 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.67 
 
 		 541 aa  362  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.07 
 
 		 547 aa  362  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  38.96 
 
 		 546 aa  361  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  38.85 
 
 		 545 aa  361  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  39.24 
 
 		 542 aa  360  4e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 		 553 aa  360  5e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.8 
 
 		 546 aa  359  6e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4589  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.31 
 
 		 538 aa  359  7e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.335072  normal  0.27889 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.62 
 
 		 546 aa  359  7e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.62 
 
 		 546 aa  359  8e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.62 
 
 		 546 aa  359  8e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  39.33 
 
 		 551 aa  358  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11076  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.97 
 
 		 543 aa  358  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0440642 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  37.57 
 
 		 546 aa  357  2.9999999999999997e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.18 
 
 		 536 aa  356  5e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.62 
 
 		 542 aa  356  5e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 		 550 aa  355  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  37.89 
 
 		 549 aa  354  2e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 		 547 aa  354  2e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>