More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0256 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0229  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.15 
 
 		 550 aa  897    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0896  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.29 
 
 		 552 aa  660    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0104602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2020  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.11 
 
 		 548 aa  870    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00014741  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0256  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 548 aa  1116    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.90557  normal  0.230564 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  65.75 
 
 		 546 aa  722    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3416  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.66 
 
 		 545 aa  910    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  60.71 
 
 		 546 aa  644    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.754742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2120  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.1 
 
 		 545 aa  692    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.182851  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2199  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.47 
 
 		 548 aa  875    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000113642 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1388  AMP-dependent synthetase and ligase  59.31 
 
 		 547 aa  628  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603254  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.56 
 
 		 546 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5832  AMP-dependent synthetase and ligase  58.01 
 
 		 559 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3048  AMP-dependent synthetase and ligase  58.3 
 
 		 554 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.865355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4347  AMP-dependent synthetase and ligase  58.2 
 
 		 555 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2146  AMP-dependent synthetase and ligase  55.9 
 
 		 548 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.714006  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2807  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.71 
 
 		 546 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.988252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.93 
 
 		 560 aa  599  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.439091  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5028  AMP-dependent synthetase and ligase  57.83 
 
 		 559 aa  601  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.046587  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.3 
 
 		 560 aa  601  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0791  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.56 
 
 		 560 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.943967  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.75 
 
 		 560 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0862635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0805  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.19 
 
 		 560 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.85 
 
 		 548 aa  591  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.181107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1718  AMP-dependent synthetase and ligase  56.25 
 
 		 548 aa  589  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0767981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4425  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.82 
 
 		 560 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1148  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.89 
 
 		 560 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3661  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.93 
 
 		 560 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0990  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.44 
 
 		 560 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.784735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.81 
 
 		 560 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817136 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7172  AMP-dependent synthetase and ligase  52.47 
 
 		 553 aa  561  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1081  AMP-dependent synthetase and ligase  51.29 
 
 		 556 aa  544  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267456 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0619  AMP-dependent synthetase and ligase  53.43 
 
 		 546 aa  542  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.26704  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2999  AMP-dependent synthetase and ligase  51.99 
 
 		 563 aa  543  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1237  AMP-dependent synthetase and ligase  48.9 
 
 		 564 aa  521  1e-147  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.48061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  50.18 
 
 		 556 aa  521  1e-146  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.3339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0898  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  50.18 
 
 		 556 aa  517  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.586497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1168  medium chain acyl-CoA ligase  47.91 
 
 		 564 aa  512  1e-144  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.471651 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3096  AMP-binding domain-containing protein  47.61 
 
 		 601 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2037  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.75 
 
 		 601 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1061  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.75 
 
 		 601 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2328  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.75 
 
 		 601 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1347  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.75 
 
 		 601 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.564227  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1435  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.58 
 
 		 601 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0401  AMP-dependent synthetase and ligase  44.96 
 
 		 535 aa  459  9.999999999999999e-129  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0676  AMP-dependent synthetase and ligase  42.57 
 
 		 537 aa  422  1e-117  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0638  AMP-dependent synthetase and ligase  43.71 
 
 		 548 aa  416  9.999999999999999e-116  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.00000118865  hitchhiker  0.000070168 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  42.46 
 
 		 544 aa  411  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2200  AMP-dependent synthetase and ligase  43.52 
 
 		 546 aa  411  1e-113  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1673  AMP-dependent synthetase and ligase  42.15 
 
 		 547 aa  402  1e-111  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.000119129 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.21 
 
 		 537 aa  389  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.01 
 
 		 537 aa  386  1e-106  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 		 546 aa  384  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  42.01 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.01 
 
 		 537 aa  385  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  41.67 
 
 		 533 aa  384  1e-105  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  382  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  41.28 
 
 		 545 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  39.63 
 
 		 546 aa  379  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  40.22 
 
 		 542 aa  372  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 		 545 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  41.12 
 
 		 553 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.63 
 
 		 542 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.03 
 
 		 542 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.48 
 
 		 542 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39 
 
 		 545 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  41.88 
 
 		 540 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.07 
 
 		 541 aa  368  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  39.11 
 
 		 550 aa  366  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.63 
 
 		 545 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.56 
 
 		 556 aa  365  1e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 		 544 aa  364  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 		 542 aa  363  5.0000000000000005e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.05 
 
 		 547 aa  363  5.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.8 
 
 		 547 aa  361  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.89 
 
 		 534 aa  359  6e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.48 
 
 		 560 aa  359  8e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 		 549 aa  359  9e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 		 546 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  38.01 
 
 		 546 aa  358  9.999999999999999e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 		 546 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  39.63 
 
 		 534 aa  357  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  41.96 
 
 		 539 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.33 
 
 		 549 aa  357  2.9999999999999997e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.33 
 
 		 541 aa  357  3.9999999999999996e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.28 
 
 		 589 aa  356  5e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.12 
 
 		 546 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.38 
 
 		 562 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.15 
 
 		 542 aa  355  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 		 544 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 		 544 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 		 544 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  38.31 
 
 		 543 aa  355  2e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 		 544 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.82 
 
 		 561 aa  353  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2630  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 558 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589875  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>