More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3345 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2630  AMP-dependent synthetase and ligase  84.35 
 
 		 558 aa  999    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 557 aa  1155    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.723702 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2557  AMP-dependent synthetase and ligase  52.9 
 
 		 555 aa  622  1e-177  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0319  AMP-dependent synthetase and ligase  47.64 
 
 		 552 aa  529  1e-149  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.570392  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  45.9 
 
 		 544 aa  449  1e-125  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.99 
 
 		 534 aa  435  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 		 542 aa  430  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  42.11 
 
 		 544 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.1 
 
 		 547 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.9 
 
 		 543 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  42.41 
 
 		 545 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3248  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.9 
 
 		 543 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.1 
 
 		 569 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.9 
 
 		 543 aa  422  1e-117  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.894285  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.1 
 
 		 569 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.06 
 
 		 541 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.89 
 
 		 545 aa  420  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.72 
 
 		 547 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  42.06 
 
 		 546 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  42.51 
 
 		 540 aa  418  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.15 
 
 		 545 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 		 536 aa  417  9.999999999999999e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 		 553 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.1 
 
 		 547 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.53 
 
 		 584 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  42.62 
 
 		 537 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.91 
 
 		 547 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  42.59 
 
 		 539 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 560 aa  414  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.24 
 
 		 537 aa  415  1e-114  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.06 
 
 		 537 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.06 
 
 		 537 aa  412  1e-114  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.06 
 
 		 537 aa  412  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.95 
 
 		 589 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  42.31 
 
 		 537 aa  415  1e-114  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.24 
 
 		 537 aa  413  1e-114  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  42.35 
 
 		 544 aa  415  1e-114  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.06 
 
 		 537 aa  412  1e-114  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42 
 
 		 546 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42 
 
 		 546 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.54 
 
 		 537 aa  410  1e-113  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.06 
 
 		 537 aa  412  1e-113  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.54 
 
 		 537 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.81 
 
 		 544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.81 
 
 		 544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.26 
 
 		 546 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.44 
 
 		 558 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.15 
 
 		 545 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.81 
 
 		 544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.45 
 
 		 562 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.64 
 
 		 561 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2552  AMP-dependent synthetase and ligase  40.39 
 
 		 575 aa  405  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.333339  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.81 
 
 		 544 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  41.07 
 
 		 551 aa  408  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 		 546 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.11 
 
 		 546 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.93 
 
 		 542 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  43.8 
 
 		 533 aa  402  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 		 546 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  40.75 
 
 		 546 aa  402  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.56 
 
 		 542 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.52 
 
 		 542 aa  395  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.65 
 
 		 548 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.22 
 
 		 541 aa  396  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  40.59 
 
 		 549 aa  395  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  40.44 
 
 		 549 aa  397  1e-109  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  39.85 
 
 		 550 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.93 
 
 		 547 aa  395  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.02 
 
 		 556 aa  393  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.4 
 
 		 542 aa  392  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  39.63 
 
 		 551 aa  388  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  40.85 
 
 		 546 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.33 
 
 		 547 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 		 543 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8848  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 541 aa  385  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.46 
 
 		 542 aa  384  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  39.89 
 
 		 545 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 		 542 aa  383  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 		 549 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4589  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.88 
 
 		 538 aa  382  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.335072  normal  0.27889 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0328  AMP-dependent synthetase and ligase  40.48 
 
 		 540 aa  381  1e-104  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.07 
 
 		 549 aa  382  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 		 547 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4358  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.45 
 
 		 549 aa  376  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.124731 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11076  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.76 
 
 		 543 aa  374  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0440642 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.04 
 
 		 480 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  39.1 
 
 		 547 aa  372  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  38.97 
 
 		 534 aa  369  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 		 540 aa  371  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  38.09 
 
 		 533 aa  370  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  38.02 
 
 		 542 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  41.86 
 
 		 552 aa  365  1e-100  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3973  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 		 545 aa  365  1e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 		 965 aa  364  3e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1148  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.66 
 
 		 560 aa  363  4e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  37.88 
 
 		 542 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  37.55 
 
 		 542 aa  362  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  37.69 
 
 		 542 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 545 aa  360  4e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0224  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 		 549 aa  359  6e-98  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0391267  normal  0.0314439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>