More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2393 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  77.06 
 
 		 545 aa  900    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.52 
 
 		 584 aa  687    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.88 
 
 		 545 aa  900    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.26 
 
 		 542 aa  748    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.24 
 
 		 556 aa  722    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.35 
 
 		 480 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  78.72 
 
 		 547 aa  934    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.62 
 
 		 569 aa  699    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 544 aa  710    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 544 aa  710    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.96 
 
 		 547 aa  686    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 544 aa  710    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.5 
 
 		 541 aa  740    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.68 
 
 		 548 aa  704    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 544 aa  710    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.36 
 
 		 547 aa  702    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.62 
 
 		 547 aa  698    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.93 
 
 		 542 aa  750    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.33 
 
 		 561 aa  688    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.15 
 
 		 560 aa  697    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.51 
 
 		 545 aa  897    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 589 aa  714    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 546 aa  715    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  56.99 
 
 		 546 aa  639    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 542 aa  1124    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  72.29 
 
 		 546 aa  859    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.92 
 
 		 546 aa  714    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.63 
 
 		 542 aa  935    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.93 
 
 		 549 aa  729    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.7 
 
 		 562 aa  694    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  78.6 
 
 		 541 aa  925    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  66.67 
 
 		 546 aa  777    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.67 
 
 		 534 aa  732    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  56.61 
 
 		 551 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  77.06 
 
 		 547 aa  905    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.26 
 
 		 558 aa  750    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.44 
 
 		 569 aa  697    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.33 
 
 		 547 aa  683    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.19 
 
 		 542 aa  743    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  55.93 
 
 		 544 aa  629  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  57.06 
 
 		 545 aa  626  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  53.62 
 
 		 547 aa  619  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  52.82 
 
 		 549 aa  619  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  55.27 
 
 		 549 aa  615  1e-175  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  53.21 
 
 		 553 aa  616  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  54.15 
 
 		 540 aa  611  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  53.78 
 
 		 546 aa  611  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  53.48 
 
 		 545 aa  605  9.999999999999999e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  53.33 
 
 		 543 aa  605  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  54.28 
 
 		 551 aa  601  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  53.82 
 
 		 549 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  53.8 
 
 		 547 aa  602  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  53.35 
 
 		 550 aa  595  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  53.92 
 
 		 545 aa  592  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  50.91 
 
 		 965 aa  583  1.0000000000000001e-165  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  53.36 
 
 		 533 aa  581  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  50.74 
 
 		 542 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  52.03 
 
 		 542 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  51.48 
 
 		 542 aa  574  1.0000000000000001e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  51.1 
 
 		 542 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  48.89 
 
 		 542 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  50.18 
 
 		 542 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  50.55 
 
 		 542 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  50.84 
 
 		 534 aa  558  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  49.63 
 
 		 542 aa  560  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  53.4 
 
 		 516 aa  558  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  49.45 
 
 		 553 aa  553  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  52.12 
 
 		 544 aa  541  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  50.37 
 
 		 546 aa  520  1e-146  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  47.32 
 
 		 539 aa  516  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  48.89 
 
 		 544 aa  505  9.999999999999999e-143  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  47.85 
 
 		 534 aa  503  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  46.31 
 
 		 565 aa  494  9.999999999999999e-139  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5261  AMP-dependent synthetase and ligase  45.71 
 
 		 548 aa  488  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293821 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  47.42 
 
 		 537 aa  486  1e-136  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  46.21 
 
 		 539 aa  475  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  42.7 
 
 		 537 aa  472  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  45.66 
 
 		 539 aa  474  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  46.92 
 
 		 587 aa  473  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 		 537 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.03 
 
 		 536 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 		 537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  44.96 
 
 		 540 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 		 537 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.32 
 
 		 537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  45.96 
 
 		 542 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.57 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.76 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.57 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.57 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  44.09 
 
 		 533 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.57 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  44.94 
 
 		 544 aa  461  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  42.13 
 
 		 542 aa  458  1e-127  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8848  AMP-dependent synthetase and ligase  42.11 
 
 		 541 aa  454  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  44.09 
 
 		 542 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.2 
 
 		 546 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0235  AMP-dependent synthetase and ligase  43.84 
 
 		 538 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.02 
 
 		 546 aa  445  1e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.02 
 
 		 546 aa  445  1e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>