More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1165 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  58.04 
 
 		 553 aa  670    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  93.17 
 
 		 542 aa  1061    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  65.19 
 
 		 542 aa  735    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  84.32 
 
 		 542 aa  965    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  76.92 
 
 		 534 aa  884    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  63.6 
 
 		 546 aa  731    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 542 aa  1124    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  81.73 
 
 		 542 aa  941    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  57.19 
 
 		 965 aa  658    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  96.31 
 
 		 542 aa  1092    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  77.68 
 
 		 542 aa  892    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  64.21 
 
 		 542 aa  750    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.06 
 
 		 542 aa  608  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.87 
 
 		 542 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.7 
 
 		 541 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.08 
 
 		 542 aa  604  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.87 
 
 		 541 aa  600  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  52.02 
 
 		 544 aa  596  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.12 
 
 		 542 aa  594  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.94 
 
 		 545 aa  589  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.05 
 
 		 558 aa  591  1e-167  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.58 
 
 		 546 aa  591  1e-167  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.82 
 
 		 534 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  50.83 
 
 		 553 aa  586  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  52.04 
 
 		 543 aa  587  1e-166  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  51.38 
 
 		 545 aa  584  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.3 
 
 		 547 aa  580  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.1 
 
 		 545 aa  579  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.58 
 
 		 560 aa  581  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.31 
 
 		 589 aa  581  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.47 
 
 		 547 aa  578  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.74 
 
 		 545 aa  578  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 		 584 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 		 547 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.76 
 
 		 547 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.93 
 
 		 556 aa  576  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.31 
 
 		 547 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.13 
 
 		 569 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.39 
 
 		 547 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 		 546 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 		 546 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.94 
 
 		 569 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 		 546 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 		 544 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.2 
 
 		 561 aa  570  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 		 544 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 		 544 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.57 
 
 		 544 aa  569  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 		 549 aa  569  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  50.27 
 
 		 549 aa  568  1e-160  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.18 
 
 		 542 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.65 
 
 		 562 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  50.55 
 
 		 546 aa  564  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  48.63 
 
 		 549 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.38 
 
 		 548 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  49.09 
 
 		 551 aa  558  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.55 
 
 		 549 aa  552  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  49.63 
 
 		 547 aa  553  1e-156  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  49.91 
 
 		 550 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  49.53 
 
 		 551 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  49.26 
 
 		 539 aa  536  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  47.67 
 
 		 534 aa  531  1e-149  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5261  AMP-dependent synthetase and ligase  47.85 
 
 		 548 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293821 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  48.75 
 
 		 545 aa  519  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  46.63 
 
 		 545 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.95 
 
 		 480 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  45.78 
 
 		 547 aa  511  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  46.65 
 
 		 539 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  48.31 
 
 		 540 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  46.94 
 
 		 544 aa  496  1e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  48.34 
 
 		 546 aa  496  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  44.83 
 
 		 533 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  43.44 
 
 		 542 aa  486  1e-136  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  45.31 
 
 		 516 aa  477  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0579  AMP-dependent synthetase and ligase  46.59 
 
 		 521 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  44.36 
 
 		 537 aa  473  1e-132  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  46.45 
 
 		 544 aa  473  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.47 
 
 		 537 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.1 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.91 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.91 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.91 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  43.1 
 
 		 537 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  43.9 
 
 		 587 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.91 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.91 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.91 
 
 		 537 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.72 
 
 		 537 aa  464  1e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2237  AMP-dependent synthetase and ligase  46.2 
 
 		 522 aa  462  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  45.49 
 
 		 539 aa  458  1e-127  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  44.78 
 
 		 540 aa  455  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  45.07 
 
 		 542 aa  449  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  43.45 
 
 		 542 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  43.34 
 
 		 533 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  43.54 
 
 		 565 aa  442  1e-123  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0905  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 		 547 aa  429  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 544 aa  429  1e-119  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.56 
 
 		 546 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.56 
 
 		 546 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.56 
 
 		 546 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>