More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1925 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.5 
 
 		 545 aa  708    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.21 
 
 		 542 aa  786    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.63 
 
 		 541 aa  704    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.93 
 
 		 558 aa  762    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.1 
 
 		 546 aa  930    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.1 
 
 		 544 aa  927    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.1 
 
 		 546 aa  930    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.79 
 
 		 556 aa  764    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.1 
 
 		 544 aa  927    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70 
 
 		 541 aa  804    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  60.48 
 
 		 546 aa  682    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.05 
 
 		 545 aa  716    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.8 
 
 		 548 aa  916    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.88 
 
 		 547 aa  926    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  61.31 
 
 		 551 aa  679    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.6 
 
 		 547 aa  916    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 561 aa  1157    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.5 
 
 		 546 aa  708    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.1 
 
 		 544 aa  927    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.73 
 
 		 589 aa  925    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.33 
 
 		 542 aa  688    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  57.49 
 
 		 544 aa  638    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.15 
 
 		 542 aa  713    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.72 
 
 		 549 aa  653    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  97.68 
 
 		 562 aa  1135    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  60.37 
 
 		 545 aa  680    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.72 
 
 		 547 aa  701    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.68 
 
 		 545 aa  710    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.33 
 
 		 547 aa  914    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.28 
 
 		 534 aa  799    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  67.1 
 
 		 542 aa  788    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.1 
 
 		 544 aa  927    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.15 
 
 		 584 aa  918    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.7 
 
 		 569 aa  925    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  66.73 
 
 		 542 aa  784    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.78 
 
 		 547 aa  914    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  84.96 
 
 		 560 aa  979    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.44 
 
 		 547 aa  678    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.88 
 
 		 569 aa  927    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  57.64 
 
 		 546 aa  632  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  54.43 
 
 		 546 aa  633  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  55.8 
 
 		 543 aa  628  1e-178  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  55.05 
 
 		 545 aa  616  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.2 
 
 		 480 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  55.18 
 
 		 540 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  53.62 
 
 		 553 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  52.57 
 
 		 549 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  55.29 
 
 		 551 aa  593  1e-168  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  54.26 
 
 		 550 aa  593  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  52.68 
 
 		 542 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  52.69 
 
 		 542 aa  586  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  52.21 
 
 		 547 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  53.33 
 
 		 542 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  54.26 
 
 		 542 aa  579  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  52.68 
 
 		 542 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  51.94 
 
 		 547 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  53.03 
 
 		 549 aa  576  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  51.76 
 
 		 542 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  51 
 
 		 965 aa  572  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  52.34 
 
 		 534 aa  571  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  51.2 
 
 		 542 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  50.83 
 
 		 542 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  50.37 
 
 		 553 aa  565  1e-160  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  52.1 
 
 		 549 aa  565  1e-160  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  52.4 
 
 		 533 aa  552  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  53.79 
 
 		 546 aa  551  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  50.65 
 
 		 545 aa  544  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  53.14 
 
 		 544 aa  538  9.999999999999999e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  52.3 
 
 		 516 aa  530  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  48.88 
 
 		 534 aa  521  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  49.44 
 
 		 544 aa  514  1e-144  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  47.21 
 
 		 539 aa  508  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  48.8 
 
 		 539 aa  505  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  48.69 
 
 		 540 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  49.44 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.45 
 
 		 537 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  48.02 
 
 		 539 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.45 
 
 		 537 aa  493  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.45 
 
 		 537 aa  492  9.999999999999999e-139  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  48.05 
 
 		 587 aa  494  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.7 
 
 		 537 aa  488  1e-137  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.27 
 
 		 537 aa  490  1e-137  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.89 
 
 		 537 aa  489  1e-137  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.7 
 
 		 537 aa  488  1e-137  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  45.08 
 
 		 537 aa  489  1e-137  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.7 
 
 		 537 aa  488  1e-136  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  45.56 
 
 		 542 aa  487  1e-136  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.7 
 
 		 537 aa  488  1e-136  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  49.18 
 
 		 542 aa  485  1e-136  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.58 
 
 		 565 aa  476  1e-133  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  46.42 
 
 		 542 aa  476  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  45.45 
 
 		 533 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5261  AMP-dependent synthetase and ligase  45.71 
 
 		 548 aa  467  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293821 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  45.44 
 
 		 544 aa  460  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11076  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.55 
 
 		 543 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0440642 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2237  AMP-dependent synthetase and ligase  46.1 
 
 		 522 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3248  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.08 
 
 		 543 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.08 
 
 		 543 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0224  AMP-dependent synthetase and ligase  43.6 
 
 		 549 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0391267  normal  0.0314439 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.08 
 
 		 543 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.894285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>