More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1863 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.03 
 
 		 584 aa  803    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.19 
 
 		 542 aa  916    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.21 
 
 		 544 aa  794    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.641249  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  59.18 
 
 		 546 aa  674    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.86 
 
 		 541 aa  738    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1439  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.21 
 
 		 544 aa  794    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.64772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.03 
 
 		 547 aa  803    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.43 
 
 		 545 aa  730    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.91 
 
 		 560 aa  793    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  90.07 
 
 		 541 aa  1015    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  66.73 
 
 		 546 aa  743    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  61.08 
 
 		 544 aa  681    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2456  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.76 
 
 		 548 aa  783    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  62.92 
 
 		 551 aa  715    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.65 
 
 		 542 aa  949    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.21 
 
 		 547 aa  801    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.31 
 
 		 545 aa  731    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.43 
 
 		 545 aa  731    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2639  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.26 
 
 		 480 aa  671    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  58.77 
 
 		 543 aa  635    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2141  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.84 
 
 		 589 aa  796    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.109386  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2335  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.21 
 
 		 546 aa  798    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  57.57 
 
 		 546 aa  643    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.67 
 
 		 542 aa  732    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1203  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.21 
 
 		 544 aa  794    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.36 
 
 		 542 aa  728    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  64.75 
 
 		 549 aa  712    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2275  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.65 
 
 		 562 aa  805    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0961938  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0380  putative acyl-CoA synthetase  62.17 
 
 		 545 aa  695    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.24 
 
 		 546 aa  740    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1925  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.28 
 
 		 561 aa  799    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113828  normal  0.439232 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.03 
 
 		 569 aa  803    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1367  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.09 
 
 		 547 aa  790    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0878998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.8 
 
 		 547 aa  731    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1843  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.33 
 
 		 556 aa  773    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 534 aa  1106    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2296  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.21 
 
 		 546 aa  797    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6172  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.84 
 
 		 569 aa  801    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489705  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  65.06 
 
 		 547 aa  731    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  70.84 
 
 		 547 aa  800    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.21 
 
 		 544 aa  794    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  68.97 
 
 		 558 aa  785    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.08 
 
 		 542 aa  944    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  55.06 
 
 		 549 aa  632  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  55.83 
 
 		 542 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  55.68 
 
 		 545 aa  628  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  56.95 
 
 		 550 aa  627  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2845  AMP-dependent synthetase and ligase  55.79 
 
 		 540 aa  624  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0437  AMP-dependent synthetase and ligase  56.34 
 
 		 547 aa  621  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0759  putative acyl-CoA synthetase  54.51 
 
 		 542 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153349  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  54.89 
 
 		 542 aa  609  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  56.3 
 
 		 551 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4934  putative acyl-CoA synthetase  54.51 
 
 		 542 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115365  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  55.2 
 
 		 553 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  55.37 
 
 		 549 aa  599  1e-170  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1267  putative acyl-CoA synthetase  53.38 
 
 		 542 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.511865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1315  AMP-dependent synthetase and ligase  53.43 
 
 		 965 aa  598  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4392  AMP-dependent synthetase and ligase  53.95 
 
 		 542 aa  593  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  54.29 
 
 		 534 aa  589  1e-167  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1165  putative acyl-CoA synthetase  52.82 
 
 		 542 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431504  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  55 
 
 		 549 aa  590  1e-167  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  52.79 
 
 		 547 aa  587  1e-166  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4187  AMP-dependent synthetase and ligase  54.15 
 
 		 545 aa  581  1.0000000000000001e-165  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.554867  normal  0.517417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  54.19 
 
 		 546 aa  578  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0495  AMP-dependent synthetase and ligase  52.35 
 
 		 553 aa  579  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.61838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2733  AMP-dependent synthetase and ligase  53.76 
 
 		 542 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  0.088635 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  53.64 
 
 		 533 aa  570  1e-161  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0260985  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0605  AMP-dependent synthetase and ligase  53.49 
 
 		 516 aa  543  1e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.194166  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  50.19 
 
 		 544 aa  530  1e-149  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1180  AMP-dependent synthetase and ligase  48.78 
 
 		 534 aa  526  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.941071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  51.51 
 
 		 544 aa  520  1e-146  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  47.47 
 
 		 540 aa  512  1e-144  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  48.88 
 
 		 537 aa  506  9.999999999999999e-143  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  47.91 
 
 		 539 aa  507  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.01 
 
 		 537 aa  501  1e-140  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.57 
 
 		 537 aa  501  1e-140  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.63 
 
 		 537 aa  499  1e-140  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.63 
 
 		 537 aa  499  1e-140  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.82 
 
 		 537 aa  500  1e-140  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.63 
 
 		 537 aa  499  1e-140  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.63 
 
 		 537 aa  499  1e-140  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.63 
 
 		 537 aa  499  1e-140  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  45.01 
 
 		 537 aa  499  1e-140  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.38 
 
 		 537 aa  498  1e-139  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  45.71 
 
 		 542 aa  489  1e-137  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  46.04 
 
 		 533 aa  489  1e-137  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  45.66 
 
 		 539 aa  486  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5261  AMP-dependent synthetase and ligase  47.82 
 
 		 548 aa  485  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293821 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  47.29 
 
 		 544 aa  486  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1771  AMP-dependent synthetase and ligase  47.08 
 
 		 539 aa  480  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4136  AMP-dependent synthetase and ligase  45.99 
 
 		 587 aa  481  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2358  AMP-dependent synthetase and ligase  47.31 
 
 		 542 aa  478  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.594651  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0579  AMP-dependent synthetase and ligase  46.65 
 
 		 521 aa  462  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.36 
 
 		 565 aa  465  1e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2549  AMP-dependent synthetase and ligase  45.9 
 
 		 550 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.798559 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0767  AMP-dependent synthetase and ligase  45.39 
 
 		 542 aa  450  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.15 
 
 		 536 aa  449  1e-125  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4589  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.59 
 
 		 538 aa  448  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.335072  normal  0.27889 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2630  AMP-dependent synthetase and ligase  43.96 
 
 		 558 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.99 
 
 		 543 aa  441  9.999999999999999e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102582  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>