More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1718 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006349  BMAA2037  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.6 
 
 		 601 aa  657    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2146  AMP-dependent synthetase and ligase  79.85 
 
 		 548 aa  941    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.714006  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1435  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.43 
 
 		 601 aa  655    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1388  AMP-dependent synthetase and ligase  60.44 
 
 		 547 aa  638    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603254  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2328  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.6 
 
 		 601 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7172  AMP-dependent synthetase and ligase  64.02 
 
 		 553 aa  747    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3096  AMP-binding domain-containing protein  56.6 
 
 		 601 aa  655    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1718  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 548 aa  1129    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0767981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1347  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.6 
 
 		 601 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.564227  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1061  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.6 
 
 		 601 aa  657    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3416  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.17 
 
 		 545 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0896  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.73 
 
 		 552 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0104602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3048  AMP-dependent synthetase and ligase  54.34 
 
 		 554 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.865355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3661  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.89 
 
 		 560 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  52.79 
 
 		 546 aa  567  1e-160  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.754742  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0229  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.13 
 
 		 550 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.7 
 
 		 560 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0862635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0805  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.87 
 
 		 560 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4347  AMP-dependent synthetase and ligase  53.96 
 
 		 555 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5832  AMP-dependent synthetase and ligase  53.96 
 
 		 559 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5028  AMP-dependent synthetase and ligase  53.96 
 
 		 559 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.046587  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.15 
 
 		 560 aa  561  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.439091  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.15 
 
 		 560 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1148  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.76 
 
 		 560 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0256  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.25 
 
 		 548 aa  557  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.90557  normal  0.230564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0791  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.52 
 
 		 560 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.943967  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4425  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.33 
 
 		 560 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  52.31 
 
 		 546 aa  551  1e-155  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2199  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.32 
 
 		 548 aa  548  1e-155  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000113642 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2020  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.32 
 
 		 548 aa  546  1e-154  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00014741  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2120  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.89 
 
 		 545 aa  542  1e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.182851  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.63 
 
 		 546 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2807  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.63 
 
 		 546 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.988252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.67 
 
 		 560 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.52 
 
 		 548 aa  531  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.181107  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1081  AMP-dependent synthetase and ligase  48.45 
 
 		 556 aa  526  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0990  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.39 
 
 		 560 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.784735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1237  AMP-dependent synthetase and ligase  48.07 
 
 		 564 aa  523  1e-147  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.48061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1168  medium chain acyl-CoA ligase  47.89 
 
 		 564 aa  520  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.471651 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  47.72 
 
 		 556 aa  515  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.3339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0898  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  47.72 
 
 		 556 aa  511  1e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.586497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2999  AMP-dependent synthetase and ligase  49.36 
 
 		 563 aa  506  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0619  AMP-dependent synthetase and ligase  50.47 
 
 		 546 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.26704  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0401  AMP-dependent synthetase and ligase  41.98 
 
 		 535 aa  434  1e-120  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  40.59 
 
 		 544 aa  393  1e-108  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0676  AMP-dependent synthetase and ligase  37.83 
 
 		 537 aa  384  1e-105  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1673  AMP-dependent synthetase and ligase  39.23 
 
 		 547 aa  379  1e-104  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.000119129 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.89 
 
 		 537 aa  374  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.7 
 
 		 537 aa  371  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 		 537 aa  369  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0319  AMP-dependent synthetase and ligase  38.9 
 
 		 552 aa  367  1e-100  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.570392  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.7 
 
 		 537 aa  367  1e-100  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 		 537 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 		 537 aa  366  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0638  AMP-dependent synthetase and ligase  37.68 
 
 		 548 aa  368  1e-100  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.00000118865  hitchhiker  0.000070168 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 		 537 aa  367  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.52 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  38.15 
 
 		 537 aa  366  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2200  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 		 546 aa  367  1e-100  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  37.8 
 
 		 542 aa  364  3e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  39.74 
 
 		 533 aa  360  3e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  38.59 
 
 		 543 aa  358  9.999999999999999e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 550 aa  358  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 		 540 aa  358  1.9999999999999998e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 		 539 aa  355  7.999999999999999e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  37.82 
 
 		 546 aa  353  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.92 
 
 		 541 aa  353  4e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.03 
 
 		 536 aa  351  2e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  37.82 
 
 		 553 aa  350  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  38.56 
 
 		 549 aa  350  4e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.11 
 
 		 545 aa  349  8e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  38.12 
 
 		 546 aa  349  8e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  36.43 
 
 		 546 aa  349  8e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.96 
 
 		 545 aa  348  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.62 
 
 		 558 aa  347  2e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2549  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 		 550 aa  347  3e-94  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.798559 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  41.95 
 
 		 552 aa  347  4e-94  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.73 
 
 		 545 aa  345  8.999999999999999e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3248  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 		 543 aa  345  2e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 		 544 aa  344  2e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 		 543 aa  345  2e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11076  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.91 
 
 		 543 aa  344  2e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0440642 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 		 543 aa  345  2e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.894285  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2552  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 		 575 aa  343  5e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.333339  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5711  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.64 
 
 		 546 aa  343  5e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 		 547 aa  343  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.41 
 
 		 542 aa  342  8e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.25 
 
 		 584 aa  342  9e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754963  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5421  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.45 
 
 		 546 aa  342  1e-92  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2557  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 555 aa  342  1e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.17 
 
 		 534 aa  342  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.36 
 
 		 560 aa  342  1e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5332  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.45 
 
 		 546 aa  342  1e-92  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.7188  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2455  putative acyl-CoA synthetase  36.38 
 
 		 542 aa  341  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.680464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1907  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 		 569 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.45334  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 		 549 aa  340  4e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1930  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.25 
 
 		 547 aa  340  5e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.049446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.96 
 
 		 547 aa  339  5.9999999999999996e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.92 
 
 		 546 aa  339  8e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>