More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4425 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0791  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  95.54 
 
 		 560 aa  1093    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.943967  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  95.54 
 
 		 560 aa  1093    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0862635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.69 
 
 		 546 aa  708    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1148  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  82.68 
 
 		 560 aa  978    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0990  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.04 
 
 		 560 aa  960    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.784735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2807  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.85 
 
 		 546 aa  705    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.988252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.52 
 
 		 548 aa  652    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.181107  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  83.57 
 
 		 560 aa  966    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817136 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4425  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 560 aa  1158    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3661  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.61 
 
 		 560 aa  951    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0805  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  95.71 
 
 		 560 aa  1096    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  81.07 
 
 		 560 aa  949    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.71 
 
 		 560 aa  948    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.439091  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2999  AMP-dependent synthetase and ligase  53.06 
 
 		 563 aa  594  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3416  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.22 
 
 		 545 aa  586  1e-166  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0896  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.3 
 
 		 552 aa  587  1e-166  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0104602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  55.83 
 
 		 546 aa  586  1e-166  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0229  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.72 
 
 		 550 aa  578  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1388  AMP-dependent synthetase and ligase  55.33 
 
 		 547 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603254  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  55.33 
 
 		 546 aa  581  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.754742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2146  AMP-dependent synthetase and ligase  53.39 
 
 		 548 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.714006  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0256  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.82 
 
 		 548 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.90557  normal  0.230564 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1718  AMP-dependent synthetase and ligase  53.33 
 
 		 548 aa  575  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0767981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2120  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.44 
 
 		 545 aa  569  1e-161  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.182851  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1168  medium chain acyl-CoA ligase  49.82 
 
 		 564 aa  561  1.0000000000000001e-159  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.471651 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2199  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.34 
 
 		 548 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000113642 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1237  AMP-dependent synthetase and ligase  49.36 
 
 		 564 aa  558  1e-158  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.48061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2020  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.97 
 
 		 548 aa  560  1e-158  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00014741  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4347  AMP-dependent synthetase and ligase  53.79 
 
 		 555 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1081  AMP-dependent synthetase and ligase  51.84 
 
 		 556 aa  558  1e-158  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267456 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5832  AMP-dependent synthetase and ligase  53.6 
 
 		 559 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5028  AMP-dependent synthetase and ligase  53.6 
 
 		 559 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.046587  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3048  AMP-dependent synthetase and ligase  54.16 
 
 		 554 aa  554  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.865355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7172  AMP-dependent synthetase and ligase  50.92 
 
 		 553 aa  552  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0619  AMP-dependent synthetase and ligase  52.24 
 
 		 546 aa  531  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.26704  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0898  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  50.55 
 
 		 556 aa  525  1e-148  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.586497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  50.55 
 
 		 556 aa  526  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.3339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3096  AMP-binding domain-containing protein  46.61 
 
 		 601 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2037  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.61 
 
 		 601 aa  485  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1061  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.61 
 
 		 601 aa  485  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2328  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.61 
 
 		 601 aa  485  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1435  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.44 
 
 		 601 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1347  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.61 
 
 		 601 aa  485  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.564227  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0401  AMP-dependent synthetase and ligase  44.26 
 
 		 535 aa  464  1e-129  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0676  AMP-dependent synthetase and ligase  43.36 
 
 		 537 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0638  AMP-dependent synthetase and ligase  41.33 
 
 		 548 aa  402  1e-111  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.00000118865  hitchhiker  0.000070168 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  43.01 
 
 		 544 aa  396  1e-109  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.99 
 
 		 537 aa  398  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.8 
 
 		 537 aa  398  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.44 
 
 		 537 aa  393  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.62 
 
 		 537 aa  393  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.44 
 
 		 537 aa  393  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.44 
 
 		 537 aa  393  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  41.44 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.44 
 
 		 537 aa  393  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.8 
 
 		 537 aa  394  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2200  AMP-dependent synthetase and ligase  39.62 
 
 		 546 aa  392  1e-108  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 533 aa  390  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  41.3 
 
 		 540 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1673  AMP-dependent synthetase and ligase  39.69 
 
 		 547 aa  378  1e-103  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.000119129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 546 aa  372  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  41.15 
 
 		 539 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 544 aa  373  1e-102  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  38.62 
 
 		 542 aa  374  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  40 
 
 		 545 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 541 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  38.73 
 
 		 544 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2630  AMP-dependent synthetase and ligase  38.88 
 
 		 558 aa  365  1e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2982  AMP-dependent synthetase and ligase  38.07 
 
 		 537 aa  364  2e-99  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.874572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  39.19 
 
 		 551 aa  361  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2552  AMP-dependent synthetase and ligase  39.41 
 
 		 575 aa  359  6e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.333339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  39.22 
 
 		 546 aa  358  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1769  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.33 
 
 		 558 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212051 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.87 
 
 		 547 aa  357  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0319  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 552 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.570392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.67 
 
 		 545 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2515  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 		 527 aa  356  5e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.921526 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.67 
 
 		 545 aa  356  5.999999999999999e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1316  AMP-dependent synthetase and ligase  39.66 
 
 		 546 aa  355  1e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561388  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  38.82 
 
 		 553 aa  354  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.97 
 
 		 546 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.46 
 
 		 545 aa  354  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.27 
 
 		 542 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.01 
 
 		 534 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1837  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.5 
 
 		 541 aa  353  5.9999999999999994e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0196277  normal  0.206597 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 542 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 542 aa  352  8.999999999999999e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 550 aa  352  8.999999999999999e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.55 
 
 		 536 aa  352  1e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.894837  normal  0.430514 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.57 
 
 		 542 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 		 547 aa  352  1e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  38.56 
 
 		 549 aa  351  2e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  36.51 
 
 		 546 aa  350  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2932  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.63 
 
 		 547 aa  350  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0465511  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4961  AMP-dependent synthetase and ligase  37.39 
 
 		 586 aa  350  3e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  38.62 
 
 		 534 aa  350  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5208  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.7 
 
 		 547 aa  350  4e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.592335 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1895  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.48 
 
 		 547 aa  350  5e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.48 
 
 		 560 aa  350  6e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>