More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2020 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0229  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  77.41 
 
 		 550 aa  852    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2020  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 548 aa  1124    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00014741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0896  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.11 
 
 		 552 aa  652    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0104602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2199  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  98.72 
 
 		 548 aa  1112    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000113642 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0256  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  80.11 
 
 		 548 aa  886    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.90557  normal  0.230564 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3416  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  77.92 
 
 		 545 aa  848    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0570  AMP-dependent synthetase and ligase  63.54 
 
 		 546 aa  706    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2120  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.22 
 
 		 545 aa  676    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.182851  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2062  AMP-dependent synthetase and ligase  59.47 
 
 		 546 aa  632  1e-180  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.754742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1388  AMP-dependent synthetase and ligase  57.66 
 
 		 547 aa  618  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603254  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.08 
 
 		 546 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2807  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.97 
 
 		 546 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.988252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.27 
 
 		 560 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.27 
 
 		 560 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.439091  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4347  AMP-dependent synthetase and ligase  56.04 
 
 		 555 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5832  AMP-dependent synthetase and ligase  55.86 
 
 		 559 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591382  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1148  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.96 
 
 		 560 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2146  AMP-dependent synthetase and ligase  52.37 
 
 		 548 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.714006  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5028  AMP-dependent synthetase and ligase  55.68 
 
 		 559 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.046587  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.48 
 
 		 548 aa  579  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.181107  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3048  AMP-dependent synthetase and ligase  56.13 
 
 		 554 aa  581  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.865355  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.98 
 
 		 560 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0862635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0805  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.8 
 
 		 560 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1718  AMP-dependent synthetase and ligase  53.32 
 
 		 548 aa  575  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0767981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7172  AMP-dependent synthetase and ligase  53.02 
 
 		 553 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.361996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0791  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.8 
 
 		 560 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.943967  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4425  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.97 
 
 		 560 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3661  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.97 
 
 		 560 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4709  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.78 
 
 		 560 aa  548  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0817136 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1081  AMP-dependent synthetase and ligase  51.47 
 
 		 556 aa  545  1e-154  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0990  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.4 
 
 		 560 aa  548  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.784735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2999  AMP-dependent synthetase and ligase  50.72 
 
 		 563 aa  536  1e-151  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0619  AMP-dependent synthetase and ligase  51.95 
 
 		 546 aa  536  1e-151  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.26704  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1237  AMP-dependent synthetase and ligase  47.72 
 
 		 564 aa  512  1e-144  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.48061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1168  medium chain acyl-CoA ligase  47.73 
 
 		 564 aa  511  1e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.471651 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  49.54 
 
 		 556 aa  508  9.999999999999999e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.3339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0898  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  49.72 
 
 		 556 aa  504  1e-141  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.586497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3096  AMP-binding domain-containing protein  45.63 
 
 		 601 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2037  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.28 
 
 		 601 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1347  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.28 
 
 		 601 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.564227  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1061  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.28 
 
 		 601 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2328  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.28 
 
 		 601 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1435  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.11 
 
 		 601 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0401  AMP-dependent synthetase and ligase  43.1 
 
 		 535 aa  452  1.0000000000000001e-126  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0676  AMP-dependent synthetase and ligase  42.24 
 
 		 537 aa  422  1e-117  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0638  AMP-dependent synthetase and ligase  43.97 
 
 		 548 aa  420  1e-116  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  unclonable  0.00000118865  hitchhiker  0.000070168 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2200  AMP-dependent synthetase and ligase  43 
 
 		 546 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1673  AMP-dependent synthetase and ligase  40.84 
 
 		 547 aa  401  9.999999999999999e-111  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.000119129 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0159  AMP-dependent synthetase and ligase  41.28 
 
 		 544 aa  391  1e-107  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.109446  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  41.5 
 
 		 546 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2171  AMP-dependent synthetase and ligase  40.26 
 
 		 546 aa  378  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109477 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1228  AMP-dependent synthetase and ligase  40.96 
 
 		 540 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3660  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.11 
 
 		 537 aa  373  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00222723  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3649  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.93 
 
 		 537 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5172  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 		 549 aa  370  1e-101  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.569954  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1579  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 537 aa  369  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000333435  normal  0.0479837 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3283  AMP-dependent synthetase and ligase  41.2 
 
 		 553 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3306  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.26 
 
 		 545 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135648  normal  0.0145757 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3348  AMP-dependent synthetase and ligase  39.56 
 
 		 542 aa  372  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5439  medium-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.56 
 
 		 545 aa  372  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 		 537 aa  369  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000368323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3421  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000306697  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3382  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 537 aa  367  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000971977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3332  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000121528  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3690  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281571  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3738  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.739742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3641  medium-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.75 
 
 		 537 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2273  AMP-dependent synthetase and ligase  39.48 
 
 		 533 aa  363  3e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 		 543 aa  360  3e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.7037  normal  0.104092 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.89 
 
 		 542 aa  359  7e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1455  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 		 542 aa  359  8e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0933982  hitchhiker  0.0000905753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2630  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 558 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0622  AMP-dependent synthetase and ligase  37.34 
 
 		 550 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.49286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2026  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.38 
 
 		 545 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1678  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.01 
 
 		 545 aa  355  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 		 547 aa  355  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0000420413  normal  0.904573 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1749  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.68 
 
 		 542 aa  355  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0360029  normal  0.897782 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0799  putative acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 546 aa  355  2e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0930157  normal  0.263269 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 549 aa  353  4e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4824  AMP-dependent synthetase and ligase  38.62 
 
 		 551 aa  352  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.874224 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2108  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 		 539 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5445  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 		 544 aa  351  2e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.513748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2393  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.85 
 
 		 542 aa  350  3e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0010153  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2946  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.27 
 
 		 546 aa  350  4e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.916006 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1398  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.26 
 
 		 541 aa  350  6e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1799  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.29 
 
 		 547 aa  349  7e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0319  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 		 552 aa  349  9e-95  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.570392  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5976  AMP-dependent synthetase and ligase  38.89 
 
 		 551 aa  348  2e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.636472  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0617  putative acyl-CoA synthetase  37.45 
 
 		 534 aa  347  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.317505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1863  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.03 
 
 		 534 aa  347  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856558  normal  0.360106 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4961  AMP-dependent synthetase and ligase  38.39 
 
 		 586 aa  346  5e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4293  putative acyl-CoA synthetase  36.11 
 
 		 542 aa  346  6e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0244741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1027  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 		 560 aa  345  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5305  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.89 
 
 		 549 aa  343  4e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2557  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 555 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0212  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 		 539 aa  342  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.240297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2579  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.71 
 
 		 542 aa  342  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.76612  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0094  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 544 aa  341  2e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 557 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.723702 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1913  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 549 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000707868  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>