More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3546 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3546  inner membrane protein YjeH  100 
 
 		 417 aa  791    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.156536 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0646  inner membrane protein YjeH  53.06 
 
 		 416 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0565  inner membrane protein YjeH  53.06 
 
 		 416 aa  371  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0291  inner membrane protein YjeH  53.06 
 
 		 416 aa  371  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4670  inner membrane protein YjeH  52.39 
 
 		 418 aa  367  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5657  inner membrane protein YjeH  52.63 
 
 		 483 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0960639 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4288  inner membrane protein YjeH  51.94 
 
 		 417 aa  357  2.9999999999999997e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3871  inner membrane protein YjeH  52.63 
 
 		 418 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.915973 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04011  predicted transporter  52.63 
 
 		 418 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03973  hypothetical protein  52.63 
 
 		 418 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3851  amino acid permease-associated region  52.39 
 
 		 418 aa  354  2e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4382  inner membrane protein YjeH  52.39 
 
 		 418 aa  354  2e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.417651  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4610  inner membrane protein YjeH  52.39 
 
 		 418 aa  353  2e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.401918 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4696  inner membrane protein YjeH  52.39 
 
 		 418 aa  354  2e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3187  inner membrane protein YjeH  52.1 
 
 		 422 aa  350  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3265  inner membrane protein YjeH  55.94 
 
 		 417 aa  348  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000385883  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1016  inner membrane protein YjeH  53 
 
 		 417 aa  347  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134527  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0328  inner membrane protein YjeH  51.46 
 
 		 445 aa  347  3e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.948313  hitchhiker  0.0000455474 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0779  inner membrane protein YjeH  52.74 
 
 		 417 aa  346  4e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00013478  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000553  amino acid transporter  45.05 
 
 		 420 aa  339  4e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0390  inner membrane protein YjeH  48.08 
 
 		 440 aa  330  4e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05335  inner membrane protein YjeH  43.78 
 
 		 420 aa  322  9.999999999999999e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4606  inner membrane protein YjeH  47.57 
 
 		 420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4689  inner membrane protein YjeH  47.57 
 
 		 420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4725  inner membrane protein YjeH  47.57 
 
 		 420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.201688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4746  inner membrane protein YjeH  47.57 
 
 		 420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.733754  normal  0.566679 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4598  inner membrane protein YjeH  47.57 
 
 		 420 aa  302  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1325  amino acid permease-associated region  34.79 
 
 		 425 aa  250  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.55432 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0285  inner membrane protein YjeH  36.48 
 
 		 427 aa  226  6e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3597  inner membrane protein YjeH  37.87 
 
 		 419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3500  inner membrane protein YjeH  34.99 
 
 		 422 aa  216  8e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000277884  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3458  inner membrane protein YjeH  36.09 
 
 		 418 aa  211  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3958  inner membrane protein YjeH  36.48 
 
 		 422 aa  211  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0317  inner membrane protein YjeH  36.16 
 
 		 420 aa  210  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3833  inner membrane protein YjeH  35.91 
 
 		 422 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3760  inner membrane protein YjeH  35.66 
 
 		 422 aa  208  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4149  inner membrane protein YjeH  35.94 
 
 		 420 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0187  inner membrane protein YjeH  35.94 
 
 		 420 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4281  inner membrane protein YjeH  35.94 
 
 		 420 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0185  inner membrane protein YjeH  35.94 
 
 		 420 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4565  inner membrane protein YjeH  36.43 
 
 		 426 aa  205  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0244  inner membrane protein YjeH  35.87 
 
 		 421 aa  203  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2988  amino acid permease family protein  29.74 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.013802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3213  amino acid permease family protein  29.74 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2915  amino acid permease  29.49 
 
 		 428 aa  161  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3222  amino acid permease family protein  29.23 
 
 		 428 aa  159  9e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2641  amino acid permease family protein  28.21 
 
 		 428 aa  157  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000039324 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0619  amino acid permease-associated region  31.03 
 
 		 430 aa  155  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00318387  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3074  amino acid permease family protein  28.15 
 
 		 431 aa  137  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0700117  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3295  amino acid permease family protein  28.15 
 
 		 431 aa  137  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3317  amino acid permease family protein  27.97 
 
 		 426 aa  136  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.474485  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1683  amino acid permease-associated region  29.6 
 
 		 431 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0647256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0683  amino acid permease-associated region  28.64 
 
 		 425 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4326  amino acid permease-associated region  33.01 
 
 		 428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0559  amino acid permease-associated region  28.5 
 
 		 416 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.568403  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2904  transporter, putative  24.37 
 
 		 422 aa  120  6e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00107309  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0990  amino acid permease  33.24 
 
 		 420 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1337  amino acid permease  33.52 
 
 		 431 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153386  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0381  amino acid permease  33.52 
 
 		 431 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.364928  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0259  amino acid permease  33.52 
 
 		 431 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.207966  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1833  amino acid transporters  33.52 
 
 		 431 aa  111  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.273925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1748  amino acid permease  33.24 
 
 		 431 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228766  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0307  amino acid permease  33.24 
 
 		 431 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.4886  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3590  amino acid permease-associated region  32.86 
 
 		 423 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.127433  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4065  amino acid permease-associated region  32.86 
 
 		 424 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1689  amino acid permease-associated region  32.65 
 
 		 442 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2580  amino acid permease-associated region  38.2 
 
 		 428 aa  99.8  8e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1853  putative amino acid transporter  33.14 
 
 		 424 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1129  amino acid permease  32.42 
 
 		 431 aa  99.4  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00552424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3339  amino acid permease-associated region  32.58 
 
 		 445 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.398555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4189  amino acid permease-associated region  32.58 
 
 		 445 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.751541  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4178  amino acid permease-associated region  32.58 
 
 		 445 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.143517 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4417  amino acid permease-associated region  32.73 
 
 		 424 aa  97.8  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0306277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5065  amino acid permease-associated region  29.54 
 
 		 457 aa  89.7  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0442814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2158  amino acid permease-associated region  34.43 
 
 		 461 aa  89.4  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661311 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00206  lysine/cadaverine antiporter  23.56 
 
 		 448 aa  87.8  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2657  lysine/cadaverine antiporter  24.78 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3457  amino acid permease-associated region  30.46 
 
 		 413 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.553768  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1067  putrescine transporter  25.59 
 
 		 439 aa  84.7  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  29.2 
 
 		 716 aa  84.3  0.000000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3765  amino acid permease-associated region  35.61 
 
 		 429 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002188  lysine/cadaverine antiporter membrane protein CadB  23.3 
 
 		 447 aa  83.6  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000189693  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3335  putrescine transporter  24.32 
 
 		 438 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  26.69 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2394  arginine:agmatin antiporter  24.85 
 
 		 450 aa  82.4  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.66662  normal  0.401461 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3197  amino acid permease-associated region  22.1 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0048161 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2492  lysine/cadaverine antiporter  22.74 
 
 		 444 aa  80.5  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  21.2 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04834  putrescine transporter  24.61 
 
 		 436 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1326  arginine:agmatin antiporter  23.56 
 
 		 444 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.501085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2782  arginine:agmatin antiporter  23.56 
 
 		 444 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2861  arginine:agmatin antiporter  23.56 
 
 		 444 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0608832  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1961  amino acid permease-associated region  23.91 
 
 		 469 aa  79  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0292842  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0624  hypothetical protein  26.06 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001093  putrescine/proton symporter putrescine/ornithine antiporter PotE  24.61 
 
 		 436 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3768  lysine/cadaverine antiporter  22.42 
 
 		 449 aa  77.4  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000519797  normal  0.028767 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4556  arginine:agmatin antiporter  24.77 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4640  arginine:agmatin antiporter  24.77 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4689  arginine:agmatin antiporter  24.77 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4640  arginine:agmatin antiporter  24.77 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>