More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3500 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3500  inner membrane protein YjeH  100 
 
 		 422 aa  825    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000277884  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0285  inner membrane protein YjeH  74.11 
 
 		 427 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0317  inner membrane protein YjeH  68.67 
 
 		 420 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4281  inner membrane protein YjeH  68.92 
 
 		 420 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4149  inner membrane protein YjeH  68.92 
 
 		 420 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0185  inner membrane protein YjeH  68.92 
 
 		 420 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0187  inner membrane protein YjeH  68.92 
 
 		 420 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3597  inner membrane protein YjeH  68.18 
 
 		 419 aa  558  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3833  inner membrane protein YjeH  68.43 
 
 		 422 aa  558  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3760  inner membrane protein YjeH  67.95 
 
 		 422 aa  555  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3958  inner membrane protein YjeH  68.19 
 
 		 422 aa  557  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4565  inner membrane protein YjeH  68.46 
 
 		 426 aa  548  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0244  inner membrane protein YjeH  66.11 
 
 		 421 aa  522  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3458  inner membrane protein YjeH  63.07 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0291  inner membrane protein YjeH  34.54 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0565  inner membrane protein YjeH  34.54 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4670  inner membrane protein YjeH  36.12 
 
 		 418 aa  218  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0646  inner membrane protein YjeH  34.54 
 
 		 416 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0328  inner membrane protein YjeH  36.14 
 
 		 445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.948313  hitchhiker  0.0000455474 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05335  inner membrane protein YjeH  32.23 
 
 		 420 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4598  inner membrane protein YjeH  36.83 
 
 		 420 aa  210  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5657  inner membrane protein YjeH  36.39 
 
 		 483 aa  209  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0960639 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0390  inner membrane protein YjeH  33.74 
 
 		 440 aa  209  6e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3851  amino acid permease-associated region  36.12 
 
 		 418 aa  209  7e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4696  inner membrane protein YjeH  36.12 
 
 		 418 aa  209  7e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4382  inner membrane protein YjeH  36.12 
 
 		 418 aa  209  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.417651  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04011  predicted transporter  36.12 
 
 		 418 aa  209  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3871  inner membrane protein YjeH  36.12 
 
 		 418 aa  209  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.915973 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03973  hypothetical protein  36.12 
 
 		 418 aa  209  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4610  inner membrane protein YjeH  36.12 
 
 		 418 aa  209  9e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.401918 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4746  inner membrane protein YjeH  36.34 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.733754  normal  0.566679 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000553  amino acid transporter  30.79 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4606  inner membrane protein YjeH  36.34 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4725  inner membrane protein YjeH  36.34 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.201688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4689  inner membrane protein YjeH  36.34 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0779  inner membrane protein YjeH  33.57 
 
 		 417 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00013478  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1016  inner membrane protein YjeH  32.51 
 
 		 417 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134527  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3187  inner membrane protein YjeH  33.06 
 
 		 422 aa  192  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4288  inner membrane protein YjeH  32.41 
 
 		 417 aa  189  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3265  inner membrane protein YjeH  33.33 
 
 		 417 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000385883  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1325  amino acid permease-associated region  30.94 
 
 		 425 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.55432 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3546  inner membrane protein YjeH  36.41 
 
 		 417 aa  179  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.156536 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1683  amino acid permease-associated region  27.91 
 
 		 431 aa  152  7e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0647256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0559  amino acid permease-associated region  27.14 
 
 		 416 aa  137  4e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.568403  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3074  amino acid permease family protein  28.08 
 
 		 431 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0700117  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3317  amino acid permease family protein  28.08 
 
 		 426 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.474485  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3295  amino acid permease family protein  28.08 
 
 		 431 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2988  amino acid permease family protein  26.22 
 
 		 428 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.013802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3213  amino acid permease family protein  26.22 
 
 		 428 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1748  amino acid permease  31.56 
 
 		 431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228766  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0307  amino acid permease  31.56 
 
 		 431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.4886  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0683  amino acid permease-associated region  27.07 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1833  amino acid transporters  31.56 
 
 		 431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.273925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0990  amino acid permease  31.56 
 
 		 420 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0259  amino acid permease  31.56 
 
 		 431 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.207966  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1337  amino acid permease  31.56 
 
 		 431 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153386  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0381  amino acid permease  31.56 
 
 		 431 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.364928  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2915  amino acid permease  25.27 
 
 		 428 aa  127  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3222  amino acid permease family protein  25.07 
 
 		 428 aa  127  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2641  amino acid permease family protein  24.93 
 
 		 428 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000039324 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2904  transporter, putative  25.72 
 
 		 422 aa  124  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00107309  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4326  amino acid permease-associated region  27.3 
 
 		 428 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0619  amino acid permease-associated region  27.3 
 
 		 430 aa  109  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00318387  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1129  amino acid permease  30.45 
 
 		 431 aa  107  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00552424  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  23.01 
 
 		 411 aa  107  6e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1689  amino acid permease-associated region  30.36 
 
 		 442 aa  107  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3590  amino acid permease-associated region  30.75 
 
 		 423 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.127433  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4065  amino acid permease-associated region  30.75 
 
 		 424 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2580  amino acid permease-associated region  31.3 
 
 		 428 aa  106  9e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3339  amino acid permease-associated region  30.43 
 
 		 445 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.398555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1853  putative amino acid transporter  30.14 
 
 		 424 aa  104  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4189  amino acid permease-associated region  30.43 
 
 		 445 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.751541  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4178  amino acid permease-associated region  30.43 
 
 		 445 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.143517 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3940  amino acid permease-associated region  25.86 
 
 		 460 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447116 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4417  amino acid permease-associated region  30.14 
 
 		 424 aa  100  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0306277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1674  phospholipid binding protein  25.17 
 
 		 438 aa  97.1  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.054806  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2394  arginine:agmatin antiporter  25.27 
 
 		 450 aa  94.7  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.66662  normal  0.401461 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3765  amino acid permease-associated region  31.77 
 
 		 429 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3167  amino acid permease-associated region  26.73 
 
 		 436 aa  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5584  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 472 aa  89.7  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.626163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2158  amino acid permease-associated region  30.19 
 
 		 461 aa  89.4  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661311 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3197  amino acid permease-associated region  23.04 
 
 		 435 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0048161 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1042  amino acid permease-associated region  28.48 
 
 		 773 aa  88.6  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.534613  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2599  putrescine-ornithine antiporter  27.17 
 
 		 475 aa  86.3  9e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0674165  normal  0.681763 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2782  arginine:agmatin antiporter  24.12 
 
 		 444 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1326  arginine:agmatin antiporter  24.12 
 
 		 444 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.501085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2861  arginine:agmatin antiporter  24.12 
 
 		 444 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0608832  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2717  lysine/cadaverine antiporter  23.81 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2759  lysine/cadaverine antiporter  23.81 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.420004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2800  lysine/cadaverine antiporter  23.81 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.1623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4275  amino acid permease-associated region  24.14 
 
 		 474 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2934  lysine/cadaverine antiporter  23.81 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.252343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2821  lysine/cadaverine antiporter  23.81 
 
 		 443 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4640  arginine:agmatin antiporter  23.55 
 
 		 445 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4556  arginine:agmatin antiporter  23.55 
 
 		 445 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4689  arginine:agmatin antiporter  23.55 
 
 		 445 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4640  arginine:agmatin antiporter  23.55 
 
 		 445 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0321  amino acid permease  24.79 
 
 		 753 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2206  amino acid permease-associated region  25.29 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3544  amino acid permease-associated region  24.93 
 
 		 448 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.121103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>