More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3544 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3544  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 448 aa  872    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.121103 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4660  amino acid permease-associated region  46.82 
 
 		 467 aa  360  2e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.87278  normal  0.151026 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3911  amino acid permease-associated region  45.66 
 
 		 452 aa  345  1e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2909  amino acid permease-associated region  47.19 
 
 		 452 aa  306  7e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.13469 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2343  amino acid permease-associated region  38.73 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.342965  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3386  amino acid permease-associated region  34.7 
 
 		 482 aa  242  1e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.944667  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0190  putative amino acid/amine transport protein  32.05 
 
 		 452 aa  189  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0718  amino acid permease family protein  32.65 
 
 		 473 aa  182  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1474  amino acid transporter  31.19 
 
 		 445 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.221068  normal  0.529495 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3835  amino acid transporter  32.87 
 
 		 439 aa  180  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0069  amino acid permease-associated region  33.85 
 
 		 447 aa  176  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.480186 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6226  amino acid permease-associated region  30.21 
 
 		 490 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1714  amino acid permease-associated region  28.87 
 
 		 473 aa  172  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1961  amino acid permease-associated region  27.41 
 
 		 469 aa  168  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0292842  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5190  putative amino acid transporter  33.59 
 
 		 458 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.251586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4275  amino acid permease-associated region  28.42 
 
 		 474 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3351  amino acid transporter  29.7 
 
 		 485 aa  166  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3285  amino acid transporter  27.35 
 
 		 522 aa  163  5.0000000000000005e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1252  amino acid permease-associated region  31.21 
 
 		 484 aa  153  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1917  amino acid permease-associated region  32.39 
 
 		 463 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.797134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0176  amino acid permease-associated region  29.43 
 
 		 447 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.956515 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1002  amino acid permease-associated region  25.42 
 
 		 499 aa  150  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1932  amino acid permease-associated region  28.11 
 
 		 461 aa  149  8e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3914  amino acid permease-associated region  34.6 
 
 		 495 aa  147  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10825  amino acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G04990)  27.18 
 
 		 609 aa  145  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2701  amino acid transporter  27.72 
 
 		 489 aa  144  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04430  L-methionine porter, putative  26.39 
 
 		 580 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.612306  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5584  amino acid permease-associated region  29.06 
 
 		 472 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.626163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3770  amino acid permease-associated region  27.74 
 
 		 444 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1394  amino acid permease-associated region  24.15 
 
 		 443 aa  133  6e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0385  amino acid permease-associated region  25.17 
 
 		 453 aa  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000859435  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2084  amino acid permease-associated region  31.66 
 
 		 770 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3609  amino acid permease-associated region  23.97 
 
 		 435 aa  125  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5443  amino acid permease-associated region  29.73 
 
 		 463 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0993936  normal  0.863947 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1497  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 		 440 aa  124  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.649602  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1526  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 		 440 aa  124  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0740999  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4845  amino acid permease-associated region  24.43 
 
 		 437 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.976414  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1679  amino acid transporter  27.72 
 
 		 440 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0567  amino acid transporter  26.03 
 
 		 452 aa  122  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0228349 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1855  amino acid transporter  24.61 
 
 		 443 aa  119  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.599049  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5163  amino acid permease family protein  22.99 
 
 		 437 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4886  amino acid permease family protein  22.99 
 
 		 438 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000145673  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4743  amino acid permease  23.38 
 
 		 438 aa  118  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000004453  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5261  amino acid permease family protein  22.99 
 
 		 438 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00026519  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5170  amino acid permease family protein  22.99 
 
 		 437 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5157  amino acid permease family protein  23.29 
 
 		 438 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4728  amino acid permease  23.95 
 
 		 438 aa  117  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000742695  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5129  amino acid permease family protein  23.95 
 
 		 438 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3333  amino acid transporter  28.5 
 
 		 480 aa  117  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.326771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  25.41 
 
 		 439 aa  114  3e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  27.98 
 
 		 786 aa  113  8.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5065  amino acid permease-associated region  26.44 
 
 		 457 aa  111  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0442814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2442  amino acid permease-associated region  24.83 
 
 		 441 aa  110  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1784  amino acid transporter  28.1 
 
 		 462 aa  108  2e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000562371  hitchhiker  4.50262e-17 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0566  amino acid permease-associated region  29.33 
 
 		 764 aa  108  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0195  amino acid permease-associated region  28.51 
 
 		 745 aa  107  4e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2279  amino acid permease-associated region  25.57 
 
 		 382 aa  107  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.665264  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3314  amino acid permease-associated region  23.42 
 
 		 442 aa  106  8e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00103412  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4173  amino acid permease-associated region  28.32 
 
 		 429 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.235964  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1215  amino acid permease-associated region  29.57 
 
 		 792 aa  103  5e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  27.69 
 
 		 494 aa  100  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2830  amino acid permease family protein  28.81 
 
 		 430 aa  100  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1266  amino acid permease-associated region  27.87 
 
 		 474 aa  99  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3748  putative fructoselysine transporter  25.3 
 
 		 462 aa  98.6  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.211488  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0321  amino acid permease  27.49 
 
 		 753 aa  95.9  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2178  amino acid transporter  24.47 
 
 		 422 aa  96.3  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0107099  normal  0.19984 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0079  putative amino acid permease  25.38 
 
 		 440 aa  95.1  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  28.05 
 
 		 489 aa  94.7  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  29.33 
 
 		 506 aa  94.7  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2114  amino acid permease-associated region  28.79 
 
 		 485 aa  94.4  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.590902  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4969  amino acid permease-associated region  27.32 
 
 		 496 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1640  amino acid permease-associated region  27.56 
 
 		 463 aa  93.6  7e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000819091  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0692  amino acid permease-associated region  27.4 
 
 		 820 aa  93.6  7e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.145008  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08538  amino acid transporter (Eurofung)  23.28 
 
 		 507 aa  92.4  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3840  putative fructoselysine transporter  24.82 
 
 		 462 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03221  predicted fructoselysine transporter  24.82 
 
 		 445 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0342  amino acid permease-associated region  24.82 
 
 		 445 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0342  putative fructoselysine transporter  24.82 
 
 		 445 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03173  hypothetical protein  24.82 
 
 		 445 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3566  putative fructoselysine transporter  24.82 
 
 		 462 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4682  putative fructoselysine transporter  24.82 
 
 		 445 aa  91.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4455  amino acid permease-associated region  26.37 
 
 		 496 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.689859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4919  amino acid permease-associated region  26.37 
 
 		 496 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3940  amino acid permease-associated region  27.86 
 
 		 460 aa  90.9  5e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447116 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0084  threonine transporter  22.55 
 
 		 387 aa  90.5  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4095  amino acid permease  22.41 
 
 		 471 aa  89.7  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01631  methionine transporter (Eurofung)  26.43 
 
 		 540 aa  89  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.281549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21440  amino acid transporter  28.34 
 
 		 512 aa  89.7  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.250254 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  25.58 
 
 		 436 aa  87.8  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  28.28 
 
 		 716 aa  87.4  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0721  amino acid permease family protein  24.57 
 
 		 471 aa  87  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3074  amino acid permease family protein  22.16 
 
 		 431 aa  87  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0700117  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3228  amino acid permease-associated region  28.67 
 
 		 473 aa  87  6e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3295  amino acid permease family protein  22.16 
 
 		 431 aa  87  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0507  amino acid permease-associated region  24.75 
 
 		 471 aa  87  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.778672  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1640  amino acid permease-associated region  29.68 
 
 		 503 aa  86.7  8e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.469925  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0506  amino acid permease (amino acid transporter)  24.57 
 
 		 471 aa  86.7  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0554  amino acid transporter  24.78 
 
 		 476 aa  86.3  9e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00163593  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4706  alanine permease  24.75 
 
 		 471 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.34441 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2919  amino acid permease family protein  23.83 
 
 		 471 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.236218  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>