More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3760 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_4281  inner membrane protein YjeH  90.24 
 
 		 420 aa  756    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4565  inner membrane protein YjeH  94.37 
 
 		 426 aa  785    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0317  inner membrane protein YjeH  87.8 
 
 		 420 aa  738    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0187  inner membrane protein YjeH  90.24 
 
 		 420 aa  756    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4149  inner membrane protein YjeH  90.24 
 
 		 420 aa  756    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3760  inner membrane protein YjeH  100 
 
 		 422 aa  832    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3833  inner membrane protein YjeH  99.05 
 
 		 422 aa  825    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3958  inner membrane protein YjeH  98.82 
 
 		 422 aa  823    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0185  inner membrane protein YjeH  90.24 
 
 		 420 aa  756    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3597  inner membrane protein YjeH  67.47 
 
 		 419 aa  557  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0285  inner membrane protein YjeH  67.78 
 
 		 427 aa  551  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3500  inner membrane protein YjeH  67.95 
 
 		 422 aa  548  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000277884  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0244  inner membrane protein YjeH  66.99 
 
 		 421 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3458  inner membrane protein YjeH  65.22 
 
 		 418 aa  503  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05335  inner membrane protein YjeH  32.38 
 
 		 420 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0390  inner membrane protein YjeH  34.9 
 
 		 440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000553  amino acid transporter  32.3 
 
 		 420 aa  194  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4670  inner membrane protein YjeH  33.97 
 
 		 418 aa  189  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0779  inner membrane protein YjeH  31.63 
 
 		 417 aa  188  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00013478  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1016  inner membrane protein YjeH  31.13 
 
 		 417 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0134527  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3187  inner membrane protein YjeH  33.88 
 
 		 422 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3851  amino acid permease-associated region  33.97 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4382  inner membrane protein YjeH  33.97 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.417651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4696  inner membrane protein YjeH  33.97 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0565  inner membrane protein YjeH  31.55 
 
 		 416 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0291  inner membrane protein YjeH  31.55 
 
 		 416 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0646  inner membrane protein YjeH  31.55 
 
 		 416 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4610  inner membrane protein YjeH  33.7 
 
 		 418 aa  182  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.401918 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04011  predicted transporter  33.7 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3871  inner membrane protein YjeH  33.97 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.915973 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03973  hypothetical protein  33.7 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5657  inner membrane protein YjeH  33.42 
 
 		 483 aa  181  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0960639 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4288  inner membrane protein YjeH  31.82 
 
 		 417 aa  176  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0328  inner membrane protein YjeH  31.17 
 
 		 445 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.948313  hitchhiker  0.0000455474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3546  inner membrane protein YjeH  36.41 
 
 		 417 aa  172  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.156536 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4598  inner membrane protein YjeH  33.83 
 
 		 420 aa  168  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4725  inner membrane protein YjeH  33.33 
 
 		 420 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.201688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4689  inner membrane protein YjeH  33.33 
 
 		 420 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4746  inner membrane protein YjeH  33.33 
 
 		 420 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.733754  normal  0.566679 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4606  inner membrane protein YjeH  33.33 
 
 		 420 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3265  inner membrane protein YjeH  32.43 
 
 		 417 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000385883  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1325  amino acid permease-associated region  26.55 
 
 		 425 aa  162  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.55432 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3074  amino acid permease family protein  26.23 
 
 		 431 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0700117  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3295  amino acid permease family protein  26.23 
 
 		 431 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3317  amino acid permease family protein  26.23 
 
 		 426 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.474485  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1683  amino acid permease-associated region  27.2 
 
 		 431 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0647256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0683  amino acid permease-associated region  27.91 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2904  transporter, putative  26.6 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00107309  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0559  amino acid permease-associated region  25.6 
 
 		 416 aa  121  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.568403  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0990  amino acid permease  32 
 
 		 420 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1337  amino acid permease  32.42 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153386  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0381  amino acid permease  32.42 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.364928  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0259  amino acid permease  32.42 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.207966  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0307  amino acid permease  32.42 
 
 		 431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.4886  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1833  amino acid transporters  32.42 
 
 		 431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.273925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1748  amino acid permease  32.42 
 
 		 431 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228766  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3222  amino acid permease family protein  24.33 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2915  amino acid permease  24.33 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2988  amino acid permease family protein  24.06 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.013802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3213  amino acid permease family protein  24.06 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2641  amino acid permease family protein  23.68 
 
 		 428 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000039324 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4326  amino acid permease-associated region  26.18 
 
 		 428 aa  106  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.411127 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0619  amino acid permease-associated region  28.23 
 
 		 430 aa  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00318387  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1129  amino acid permease  31.72 
 
 		 431 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00552424  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3167  amino acid permease-associated region  28.01 
 
 		 436 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1689  amino acid permease-associated region  29.2 
 
 		 442 aa  102  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.936945  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3765  amino acid permease-associated region  32.05 
 
 		 429 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2580  amino acid permease-associated region  30.05 
 
 		 428 aa  95.5  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3590  amino acid permease-associated region  30.11 
 
 		 423 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.127433  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4065  amino acid permease-associated region  30.11 
 
 		 424 aa  94  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0957  amino acid permease family protein  22.68 
 
 		 411 aa  94  5e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.253131  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1853  putative amino acid transporter  30.38 
 
 		 424 aa  94  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1674  phospholipid binding protein  25.94 
 
 		 438 aa  93.2  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.054806  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4189  amino acid permease-associated region  30.38 
 
 		 445 aa  92.8  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.751541  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4178  amino acid permease-associated region  30.38 
 
 		 445 aa  92.8  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.143517 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3339  amino acid permease-associated region  30.38 
 
 		 445 aa  92.8  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.398555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3197  amino acid permease-associated region  21.95 
 
 		 435 aa  90.9  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0048161 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4417  amino acid permease-associated region  30.91 
 
 		 424 aa  90.5  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0306277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3228  amino acid permease-associated region  27.04 
 
 		 473 aa  88.6  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41010  putative amino acid permease  25.17 
 
 		 451 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4244  amino acid permease-associated region  27.54 
 
 		 453 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.399011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3940  amino acid permease-associated region  24.92 
 
 		 460 aa  85.5  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3476  putative amino acid permease  25.94 
 
 		 451 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0321  amino acid permease  25.42 
 
 		 753 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5584  amino acid permease-associated region  24.66 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.626163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2599  putrescine-ornithine antiporter  24.66 
 
 		 475 aa  82.4  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0674165  normal  0.681763 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2158  amino acid permease-associated region  31.52 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661311 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2206  amino acid permease-associated region  24.61 
 
 		 452 aa  82  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218547  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2801  amino acid permease  25.15 
 
 		 476 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.764757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0536  amino acid permease-associated region  22.51 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.555012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1266  amino acid permease-associated region  26.55 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1386  amino acid permease-associated region  24.15 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1640  amino acid permease-associated region  24.92 
 
 		 503 aa  79.7  0.00000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.469925  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1932  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 461 aa  76.6  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2346  amino acid permease-associated region  23.69 
 
 		 447 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2394  arginine:agmatin antiporter  21.72 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.66662  normal  0.401461 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0147  amino acid permease-associated region  24.84 
 
 		 448 aa  74.3  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  25.48 
 
 		 455 aa  72.8  0.00000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2693  amino acid permease-associated region  26.35 
 
 		 786 aa  71.6  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3457  amino acid permease-associated region  26.19 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.553768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>