More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2343 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007947  Mfla_1192  ABC transporter related  61.92 
 
 		 587 aa  741    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.858634 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2343  ABC transporter related  100 
 
 		 591 aa  1194    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481071  normal  0.0107518 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11970  ABC transporter, transmembrane permease and ATP binding components  74.36 
 
 		 599 aa  890    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0085  ABC transporter related  53.94 
 
 		 604 aa  544  1e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.217645 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2879  ABC transporter related  46.49 
 
 		 643 aa  531  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.148497 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0860  ABC transporter related  46.39 
 
 		 630 aa  534  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1243  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and innermembrane subunits  46.56 
 
 		 623 aa  532  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.806576  normal  0.823203 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1756  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  45.53 
 
 		 621 aa  531  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.512323  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3443  ABC transporter related  48.17 
 
 		 588 aa  529  1e-149  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3122  ABC transporter related  48.17 
 
 		 588 aa  529  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.651134 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1041  ABC transporter related  45.36 
 
 		 663 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3319  ABC transporter related  47.82 
 
 		 588 aa  526  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.338254 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1037  ABC transporter related  45.19 
 
 		 636 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2840  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  45.36 
 
 		 621 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7369  ABC transporter related  50 
 
 		 587 aa  524  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0594477  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1764  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  45.36 
 
 		 621 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2871  ABC transporter ATP binding protein  45.36 
 
 		 621 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2441  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  45.36 
 
 		 621 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2813  putative ABC transporter, permease/ATP-binding protein  45.36 
 
 		 621 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2753  putative ABC transporter, permease/ATP-binding protein  45.36 
 
 		 621 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6620  ABC transporter related  49.65 
 
 		 587 aa  521  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00971242  normal  0.26749 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3528  ABC transporter related  48.61 
 
 		 589 aa  521  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4271  ABC efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  45.1 
 
 		 637 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.611516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2146  ABC transporter related  46.14 
 
 		 609 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31543  normal  0.712495 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0567  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  46.4 
 
 		 589 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1135  ABC transporter related  44.59 
 
 		 637 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1159  ABC transporter related  44.59 
 
 		 637 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.852382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0417  ABC transporter related  46.84 
 
 		 587 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0680  ABC transporter related  44.43 
 
 		 637 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0327  ABC transporter, transmembrane region  47.01 
 
 		 587 aa  500  1e-140  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2782  putative fused ATP-binding/permease protein  45.89 
 
 		 587 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.896144  normal  0.282624 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1142  ABC transporter related  47.55 
 
 		 585 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0499964 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0505  ABC transporter related  44.66 
 
 		 599 aa  486  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.555752  normal  0.0162787 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4748  ABC transporter related  44.5 
 
 		 611 aa  480  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3210  ABC transporter related  45.45 
 
 		 587 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.461099  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4750  ABC transporter related  42.91 
 
 		 611 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0785549  normal  0.275934 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1362  ABC transporter related  45.44 
 
 		 617 aa  462  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1240  hypothetical protein  35.55 
 
 		 603 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1240  hypothetical protein  35.06 
 
 		 603 aa  376  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2163  hypothetical protein  35.3 
 
 		 610 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2190  hypothetical protein  35.14 
 
 		 610 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4147  ABC transporter-like  36.67 
 
 		 633 aa  371  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.593433  normal  0.175758 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0067  hypothetical protein  38.3 
 
 		 599 aa  341  2e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1260  hypothetical protein  34.33 
 
 		 582 aa  341  2e-92  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.678722 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1585  hypothetical protein  37.18 
 
 		 593 aa  339  7e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1408  hypothetical protein  37.18 
 
 		 594 aa  336  5.999999999999999e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0054  hypothetical protein  34.84 
 
 		 597 aa  335  1e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2080  hypothetical protein  34.36 
 
 		 598 aa  332  1e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0591  ABC transporter related  36.57 
 
 		 613 aa  332  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0415751  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0083  ABC transporter related  38.54 
 
 		 619 aa  331  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2091  hypothetical protein  34 
 
 		 598 aa  327  3e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12810  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  36.22 
 
 		 598 aa  326  6e-88  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0126222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0671  ABC-type multidrug efflux pump, ATP-binding component  34.51 
 
 		 607 aa  323  4e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.123836  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1494  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  39.56 
 
 		 630 aa  323  5e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.283216  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3491  ATPase  40.45 
 
 		 614 aa  323  7e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3208  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  37.5 
 
 		 625 aa  322  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333533  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0860  ABC transporter related  33.5 
 
 		 621 aa  321  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000519067  hitchhiker  0.000174676 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1621  ABC transporter related  39.92 
 
 		 618 aa  321  3e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0907741  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4542  ABC transporter permease/ATP-binding protein  40.2 
 
 		 610 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1457  ABC transporter related  38.07 
 
 		 609 aa  319  9e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.162011  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0731  hypothetical protein  34.08 
 
 		 582 aa  318  2e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2642  ABC transporter related  40.12 
 
 		 614 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.988853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2893  ABC transporter related  40.12 
 
 		 614 aa  318  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1588  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  35.69 
 
 		 612 aa  318  2e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16460  ABC-type multidrug transport system, ATPase and permease component  35.35 
 
 		 595 aa  317  3e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.407385  normal  0.84482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2928  ABC transporter, transmembrane region:ABC transporter  37.8 
 
 		 617 aa  318  3e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.398164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0957  hypothetical protein  33.45 
 
 		 593 aa  317  3e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4049  ABC transporter related  38.43 
 
 		 610 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3410  ABC transporter related  35.19 
 
 		 638 aa  317  4e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0276  ABC transporter related  38.68 
 
 		 601 aa  317  5e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1348  ABC transporter related  40.2 
 
 		 610 aa  317  6e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.416951  normal  0.150129 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001027  ABC transporter ATP-binding protein  34.68 
 
 		 616 aa  317  6e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0644  ABC transporter related  40.56 
 
 		 646 aa  316  8e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.601366 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0674  hypothetical protein  32.97 
 
 		 581 aa  316  9e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7080  ABC transporter related  37.21 
 
 		 621 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.161763  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2865  ABC transporter related  39.69 
 
 		 614 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.148905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3213  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  37.37 
 
 		 619 aa  315  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1768  ABC transporter related  37.63 
 
 		 622 aa  315  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1542  ABC transporter related  39.29 
 
 		 621 aa  314  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.264596  normal  0.178862 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1204  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and inner membrane subunits  39.69 
 
 		 614 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494984  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0677  ABC transporter related  35.97 
 
 		 618 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.021842  normal  0.0281361 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2782  ABC transporter related  39.84 
 
 		 618 aa  314  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.292223 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0665  ABC transporter related  35.97 
 
 		 646 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.308501 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1463  ABC transporter related  36.9 
 
 		 597 aa  313  5.999999999999999e-84  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1451  ABC transporter-related protein  37.58 
 
 		 609 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.296009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0242  ABC transporter, ATP-binding protein  37.68 
 
 		 706 aa  313  5.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1248  ABC multidrug efflux pump, fused ATPase and innermembrane subunits  36.49 
 
 		 625 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2185  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  36.64 
 
 		 617 aa  313  6.999999999999999e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0907357 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0198  ABC transporter  38.72 
 
 		 572 aa  312  1e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2905  ABC transporter-related protein  37.09 
 
 		 609 aa  311  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.564374  normal  0.291067 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3490  ATPase  37.24 
 
 		 614 aa  311  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3044  ABC transporter related  38.9 
 
 		 637 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.989361  normal  0.444628 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00688  multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein  34.97 
 
 		 613 aa  311  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0450616  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3836  ABC transporter related  37.99 
 
 		 610 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.643944 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2780  ABC transporter related  38.7 
 
 		 637 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.808568 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2892  ABC transporter related  40.84 
 
 		 612 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0462  ABC transporter related  36.01 
 
 		 621 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.482953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5523  ABC transporter related  37.61 
 
 		 620 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3071  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  37.93 
 
 		 619 aa  309  8e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0688673  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3046  ABC transporter related  39.84 
 
 		 618 aa  309  8e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.752635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>