153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2227 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2227  PadR family transcriptional regulator  100 
 
 		 101 aa  203  8e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.42968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2857  transcriptional regulator, PadR-like family  68.69 
 
 		 100 aa  140  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.748004 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1225  PadR family transcriptional regulator  67 
 
 		 100 aa  139  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3107  transcriptional regulator, PadR-like family  57.14 
 
 		 103 aa  111  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4772  PadR-like family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 100 aa  103  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4665  PadR-like family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 100 aa  103  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0216  PadR-like family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 92 aa  97.1  8e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1141  transcriptional regulator, PadR family  46.88 
 
 		 102 aa  95.9  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.386385 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_710  transcriptional regulator, PadR-type  44.9 
 
 		 99 aa  94.7  3e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0242268  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0613  PadR-like family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 101 aa  94.4  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2202  PadR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 102 aa  92.8  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2348  PadR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 101 aa  93.2  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.203957  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2060  PadR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 101 aa  93.2  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0730  PadR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 99 aa  92.8  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.118827  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1435  PadR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 128 aa  89.7  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.666797 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4437  transcriptional regulator, PadR-like family  47.25 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.873187 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13523  hypothetical protein  47.73 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194413 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2687  PadR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4235  transcriptional regulator, PadR family  40 
 
 		 111 aa  58.2  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.324298  normal  0.0938031 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1103  transcriptional regulator, PadR-like family  33.71 
 
 		 118 aa  57.4  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.369684  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 111 aa  57.4  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04310  transcriptional regulator, PadR family  33.68 
 
 		 115 aa  57  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2527  PadR-like family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  36 
 
 		 115 aa  53.9  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  34.48 
 
 		 191 aa  52.8  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2059  PadR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1533  transcriptional regulator, PadR-like family  35.8 
 
 		 120 aa  53.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 114 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2817  hypothetical protein  32.29 
 
 		 114 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5391  transcriptional regulator, PadR family  35.53 
 
 		 115 aa  51.6  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0917422  normal  0.395452 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0617  PadR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  37.84 
 
 		 113 aa  50.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4325  PadR-like family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 109 aa  50.4  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.405564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 372 aa  50.4  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2859  hypothetical protein  33.8 
 
 		 115 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000516824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2621  hypothetical protein  32.39 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.065619  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2570  PadR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 115 aa  49.7  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2537  PadR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 115 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.33456  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2812  hypothetical protein  32.39 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0612725  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  37.08 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2473  hypothetical protein  32.39 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.140746  normal  0.551576 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2819  hypothetical protein  32.39 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000193161 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5742  transcriptional regulator, PadR-like family  33.71 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.92312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2613  PadR-like family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 115 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000539702  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5749  putative PadR-like family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1173  PadR-like family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 131 aa  48.1  0.00004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  36.47 
 
 		 110 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1507  transcriptional regulator, PadR-like family  36.49 
 
 		 175 aa  47.8  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5527  PadR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 108 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 123 aa  47.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  34.83 
 
 		 116 aa  47.8  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 115 aa  47.4  0.00006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  25.88 
 
 		 115 aa  47.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  3.02647e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0734  hypothetical protein  31.58 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2503  PadR-like family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 152 aa  47.4  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3696  PadR-like family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  38.46 
 
 		 277 aa  47  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  32.99 
 
 		 210 aa  46.6  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  35.79 
 
 		 238 aa  46.6  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3967  PadR-like family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 152 aa  46.2  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0318  PadR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 110 aa  45.4  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.490678  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0660  PadR-like family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0691  PadR-like family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1117  transcriptional regulator, PadR-like family  35.23 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.742645 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0964  transcriptional regulator, PadR-like family  26.47 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000310235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0681  transcriptional regulator, PadR-like family  31.17 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  38.1 
 
 		 111 aa  45.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0360  transcriptional regulator, PadR-like family  32.5 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 155 aa  45.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2897  PadR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 113 aa  45.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.743193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  30.85 
 
 		 226 aa  45.1  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0494  transcriptional regulator, PadR-like family  32 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1495  transcriptional regulator, PadR-like family  32.93 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0778  transcriptional regulator, PadR-like family  40.26 
 
 		 115 aa  44.7  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4285  PadR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3223  transcriptional regulator, PadR-like family  33.66 
 
 		 215 aa  44.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.465508 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0474  transcriptional regulator, PadR-like family  36 
 
 		 113 aa  44.7  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0909  transcriptional regulator, PadR-like family  32.26 
 
 		 114 aa  44.7  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4741  transcriptional regulator, PadR-like family  34.74 
 
 		 116 aa  43.9  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2592  transcriptional regulator, PadR-like family  33.68 
 
 		 135 aa  43.9  0.0008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 195 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4626  PadR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.658032 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  35.23 
 
 		 263 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0690  PadR-like family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.112925  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 200 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4256  transcriptional regulator, PadR-like family  32.56 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.102079 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  40 
 
 		 195 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  35.62 
 
 		 183 aa  43.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 121 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2773  transcriptional regulator PadR family protein  32.95 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.480734  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>