78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3107 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3107  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 103 aa  208  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4772  PadR-like family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 100 aa  130  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4665  PadR-like family transcriptional regulator  61.62 
 
 		 100 aa  130  9e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1225  PadR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 100 aa  114  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2227  PadR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 101 aa  111  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.42968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2857  transcriptional regulator, PadR-like family  55.1 
 
 		 100 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.748004 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0613  PadR-like family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 101 aa  101  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1435  PadR family transcriptional regulator  55.79 
 
 		 128 aa  100  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.666797 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1141  transcriptional regulator, PadR family  44.79 
 
 		 102 aa  95.9  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.386385 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0216  PadR-like family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 92 aa  93.6  9e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_710  transcriptional regulator, PadR-type  46.94 
 
 		 99 aa  93.6  9e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0242268  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13523  hypothetical protein  51.09 
 
 		 107 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194413 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2202  PadR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 102 aa  92  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4437  transcriptional regulator, PadR-like family  51.58 
 
 		 97 aa  88.6  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.873187 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0730  PadR family transcriptional regulator  46 
 
 		 99 aa  86.3  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.118827  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2687  PadR family transcriptional regulator  50 
 
 		 119 aa  82  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2060  PadR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 101 aa  80.5  0.000000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2348  PadR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 101 aa  80.5  0.000000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.203957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3562  PadR-like family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0961  transcriptional regulator, PadR-like family  39.02 
 
 		 115 aa  54.7  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 111 aa  53.9  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1462  transcriptional regulator, PadR-like family  36.67 
 
 		 238 aa  52  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2223  PadR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 372 aa  52  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0957891  hitchhiker  0.0000188934 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1895  PadR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 115 aa  50.4  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2059  PadR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1495  transcriptional regulator, PadR-like family  29.47 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1018  PadR-like family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 166 aa  47.4  0.00006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  29.7 
 
 		 111 aa  47.4  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 110 aa  47  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  34 
 
 		 159 aa  47  0.00009  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  32.94 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  32.94 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  29.63 
 
 		 136 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1533  transcriptional regulator, PadR-like family  35.59 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 110 aa  45.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 109 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5749  putative PadR-like family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  29.73 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 110 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  30.59 
 
 		 110 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3787  PadR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 116 aa  44.7  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5527  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  32.22 
 
 		 109 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3375  transcriptional regulator, PadR-like family  32.18 
 
 		 114 aa  44.3  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000695283  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  36.56 
 
 		 128 aa  43.9  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3569  transcriptional regulator, PadR-like family  30.97 
 
 		 109 aa  43.9  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04310  transcriptional regulator, PadR family  35.53 
 
 		 115 aa  43.5  0.0009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1237  transcriptional regulator, PadR-like family  29.67 
 
 		 226 aa  43.5  0.0009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0180596 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4325  PadR-like family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.405564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0782  PadR-like family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.661391  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  35.8 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5391  transcriptional regulator, PadR family  33.33 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0917422  normal  0.395452 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  30.86 
 
 		 114 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4235  transcriptional regulator, PadR family  35.71 
 
 		 111 aa  41.6  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.324298  normal  0.0938031 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 121 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  43.18 
 
 		 160 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0494  transcriptional regulator, PadR-like family  37.1 
 
 		 113 aa  41.6  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2527  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 117 aa  42  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218249  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1173  PadR-like family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2592  transcriptional regulator, PadR-like family  37.36 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1497  PadR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 107 aa  41.2  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  33.75 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1284  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.865226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1798  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 121 aa  40.8  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0304108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  34.12 
 
 		 118 aa  40.4  0.007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1666  transcriptional regulator, PadR-like family  36.9 
 
 		 109 aa  40.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1121  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 129 aa  40.4  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000122824  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4059  PadR-like family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3696  PadR-like family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 128 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  36.59 
 
 		 112 aa  40  0.01  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 119 aa  40  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>