More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2028 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009727  CBUD_0779  acetoacetyl-CoA synthetase  51.54 
 
 		 650 aa  696    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3071  acetoacetyl-CoA synthetase  69.38 
 
 		 650 aa  929    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922751  normal  0.501607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2028  acetoacetyl-CoA synthetase  100 
 
 		 651 aa  1329    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.720983  normal  0.488067 
 
 
-
 
NC_004310  BR0021  acetoacetyl-CoA synthetase  58 
 
 		 662 aa  749    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1794  acetoacetyl-CoA synthetase  55.69 
 
 		 646 aa  768    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1795  acetoacetyl-CoA synthetase  54.46 
 
 		 646 aa  751    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0177  acetoacetyl-CoA synthetase  57.34 
 
 		 651 aa  726    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.618251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0018  acetoacetyl-CoA synthetase  57.85 
 
 		 662 aa  748    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.677245  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2047  acetoacetyl-CoA synthetase  63.36 
 
 		 651 aa  822    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3080  acetoacetyl-CoA synthetase  69.54 
 
 		 651 aa  946    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0554  acetoacetyl-CoA synthase  59.45 
 
 		 658 aa  765    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0036  acetoacetyl-CoA synthetase  57.73 
 
 		 662 aa  734    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3695  acetoacetyl-CoA synthetase  57.08 
 
 		 668 aa  701    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.506313  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1185  acetoacetyl-CoA synthetase  51.85 
 
 		 650 aa  697    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2653  acetoacetyl-CoA synthetase  69.54 
 
 		 650 aa  919    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1610  acetoacetyl-CoA synthase  53.99 
 
 		 651 aa  721    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.787437  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1820  acetoacetyl-CoA synthetase  61.96 
 
 		 649 aa  813    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000185409  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4886  acetoacetyl-CoA synthase  54.49 
 
 		 657 aa  754    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0168  acetoacetyl-CoA synthetase  58.02 
 
 		 652 aa  749    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2720  acetoacetyl-CoA synthetase  70.77 
 
 		 653 aa  973    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.0612564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38690  acetoacetyl-CoA synthetase  76.96 
 
 		 651 aa  1047    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3889  acetoacetyl-CoA synthase  56.88 
 
 		 653 aa  725    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00052085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0412  acetoacetyl-CoA synthetase  57.8 
 
 		 650 aa  724    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0370757  hitchhiker  0.0000659795 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1247  acetoacetyl-CoA synthase  53.83 
 
 		 651 aa  690    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.916706  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0315  acetoacetyl-CoA synthetase  58.37 
 
 		 650 aa  736    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2795  acetoacetyl-CoA synthetase  69.28 
 
 		 652 aa  931    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal  0.10488 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1658  acetoacetyl-CoA synthetase  61.76 
 
 		 662 aa  768    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3297  acetoacetyl-CoA synthetase  78.19 
 
 		 651 aa  1055    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0380  acetoacetyl-CoA synthetase  57.69 
 
 		 650 aa  725    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0044282 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2108  acetoacetyl-CoA synthetase  53.11 
 
 		 651 aa  630  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188473 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1714  acetoacetyl-CoA synthetase  49.62 
 
 		 687 aa  615  1e-175  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.776218  normal  0.102104 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05420  acetoacetyl-CoA synthetase  46.79 
 
 		 656 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0406  acetoacetyl-CoA synthetase  48.16 
 
 		 659 aa  610  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000302212  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001479  acetoacetyl-CoA synthetase  46.87 
 
 		 657 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.525178  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2277  acetoacetyl-CoA synthetase  46.22 
 
 		 667 aa  594  1e-168  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0006  acetoacetyl-CoA synthetase  47.77 
 
 		 646 aa  588  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.497617  normal  0.392863 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000409  acetoacetyl-CoA synthetase  44.98 
 
 		 695 aa  585  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3294  acetoacetyl-CoA synthetase  48.32 
 
 		 676 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3829  acetoacetyl-CoA synthetase  47.14 
 
 		 657 aa  582  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1970  acetoacetyl-CoA synthetase  45.15 
 
 		 676 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00129339  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0246  acetoacetyl-CoA synthetase  45.92 
 
 		 661 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2245  acetoacetyl-CoA synthetase  48.14 
 
 		 654 aa  570  1e-161  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0089  acetoacetyl-CoA synthetase  46.72 
 
 		 662 aa  570  1e-161  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848036  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2699  acetoacetyl-CoA synthetase  44 
 
 		 669 aa  564  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329478 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1953  acetoacetyl-CoA synthetase  46.21 
 
 		 657 aa  563  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0788  acetoacetyl-CoA synthase  47.43 
 
 		 645 aa  554  1e-156  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0764  acetoacetyl-CoA synthetase  42.79 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839024  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0152  acetoacetyl-CoA synthase  47.45 
 
 		 651 aa  549  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0879  acetoacetyl-CoA synthetase  47.19 
 
 		 664 aa  550  1e-155  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.361725  normal  0.0726893 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2133  acetoacetyl-CoA synthase  43.96 
 
 		 667 aa  548  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.569736  decreased coverage  0.00936242 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2342  acetoacetyl-CoA synthetase  46.54 
 
 		 660 aa  542  1e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2192  acetoacetyl-CoA synthetase  45.41 
 
 		 669 aa  543  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.175358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3504  acetoacetyl-CoA synthetase  45.93 
 
 		 709 aa  538  1e-151  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.315612 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0937  acetoacetyl-CoA synthetase  46.97 
 
 		 665 aa  536  1e-151  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3253  acetoacetyl-CoA synthase  44.25 
 
 		 685 aa  537  1e-151  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4421  acetoacetyl-CoA synthase  42.44 
 
 		 656 aa  534  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1154  acetoacetyl-CoA synthetase  43.12 
 
 		 666 aa  535  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.527463  normal  0.586098 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4014  acetoacetyl-CoA synthase  45.55 
 
 		 667 aa  531  1e-149  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0304  acetoacetyl-CoA synthase  44.63 
 
 		 667 aa  530  1e-149  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4482  acetoacetyl-CoA synthase  46.31 
 
 		 662 aa  525  1e-147  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.984378  normal  0.928665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5085  acetoacetyl-CoA synthetase  42.99 
 
 		 643 aa  523  1e-147  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.293812  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4700  acetoacetyl-CoA synthetase  42.99 
 
 		 643 aa  521  1e-146  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4786  acetoacetyl-CoA synthetase  42.99 
 
 		 643 aa  521  1e-146  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.434813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2270  acetoacetyl-CoA synthase  43.03 
 
 		 654 aa  520  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824261 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1209  acetoacetyl-CoA synthetase  43.93 
 
 		 665 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4892  acetoacetyl-CoA synthase  42.19 
 
 		 666 aa  513  1e-144  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01880  acetoacetyl-CoA synthase  44.46 
 
 		 673 aa  511  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3863  acetoacetyl-CoA synthase  43.56 
 
 		 669 aa  509  1e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0556445  normal  0.0884622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4181  acetoacetyl-CoA synthase  41.34 
 
 		 646 aa  511  1e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.166817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3920  acetoacetyl-CoA synthase  41.11 
 
 		 649 aa  507  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6018  acetoacetyl-CoA synthase  43.01 
 
 		 667 aa  502  1e-141  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.670793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1569  acetoacetyl-CoA synthetase  43.69 
 
 		 664 aa  502  1e-141  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504924  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0655  acetoacetyl-CoA synthetase  43.19 
 
 		 684 aa  500  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1473  acetoacetyl-CoA synthetase  41.82 
 
 		 637 aa  499  1e-140  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.598373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1444  acetyl-CoA synthetase  42.4 
 
 		 681 aa  496  1e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.0669 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0699  acetoacetyl-CoA synthetase  42.73 
 
 		 684 aa  495  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0880431  normal  0.786479 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5298  acetoacetyl-CoA synthetase  40.84 
 
 		 632 aa  481  1e-134  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150351 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01103  acetoacetyl-CoA synthase (AFU_orthologue; AFUA_1G11880)  43.43 
 
 		 690 aa  479  1e-133  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0107  acetoacetyl-CoA synthetase  40.84 
 
 		 671 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0087  acetoacetyl-CoA synthetase  41.5 
 
 		 704 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387097  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE04900  conserved hypothetical protein  40.69 
 
 		 698 aa  463  1e-129  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0074  acetoacetyl-CoA synthetase  39.45 
 
 		 695 aa  456  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0119  acetoacetyl-CoA synthetase  40.52 
 
 		 727 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0120  acetoacetyl-CoA synthetase  40.44 
 
 		 696 aa  451  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.666374  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4720  acetoacetyl-CoA synthase  40.06 
 
 		 1021 aa  443  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3963  acetoacetyl-CoA synthetase  38.38 
 
 		 711 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.191797  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1363  acetoacetyl-CoA synthase  41.01 
 
 		 654 aa  437  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0502256  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0916  acetoacetyl-CoA synthase  42.52 
 
 		 971 aa  429  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3315  acetoacetyl-CoA synthase  39.78 
 
 		 620 aa  431  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3179  acetoacetyl-CoA synthetase  38.8 
 
 		 695 aa  429  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1149  acetoacetyl-CoA synthase  39.53 
 
 		 654 aa  428  1e-118  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.335784  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2019  acetoacetyl-CoA synthase  39.32 
 
 		 658 aa  422  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000482159  normal  0.0114668 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7003  acetoacetyl-CoA synthase  39.85 
 
 		 1056 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0443  acetoacetyl-CoA synthase  41.22 
 
 		 988 aa  412  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.303442  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01482  acetoacetyl-CoA synthase (AFU_orthologue; AFUA_8G04770)  34.76 
 
 		 698 aa  377  1e-103  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  39.18 
 
 		 568 aa  352  2e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1441  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 642 aa  305  1.0000000000000001e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.692743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0990  AMP-dependent synthetase and ligase  31.28 
 
 		 670 aa  293  5e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.274147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2056  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 663 aa  281  4e-74  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2554  acetoacetyl-CoA synthase, putative  29.85 
 
 		 646 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>