More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2653 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1610  acetoacetyl-CoA synthase  51.75 
 
 		 651 aa  703    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.787437  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3071  acetoacetyl-CoA synthetase  98.31 
 
 		 650 aa  1324    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922751  normal  0.501607 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0018  acetoacetyl-CoA synthetase  55.78 
 
 		 662 aa  724    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.677245  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1185  acetoacetyl-CoA synthetase  49.61 
 
 		 650 aa  684    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0021  acetoacetyl-CoA synthetase  55.93 
 
 		 662 aa  726    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1794  acetoacetyl-CoA synthetase  55.08 
 
 		 646 aa  763    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1795  acetoacetyl-CoA synthetase  54.15 
 
 		 646 aa  751    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0177  acetoacetyl-CoA synthetase  54.85 
 
 		 651 aa  696    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.618251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0036  acetoacetyl-CoA synthetase  55.88 
 
 		 662 aa  723    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2047  acetoacetyl-CoA synthetase  57.71 
 
 		 651 aa  758    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3080  acetoacetyl-CoA synthetase  68.51 
 
 		 651 aa  937    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2028  acetoacetyl-CoA synthetase  69.54 
 
 		 651 aa  940    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.720983  normal  0.488067 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0412  acetoacetyl-CoA synthetase  55.69 
 
 		 650 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0370757  hitchhiker  0.0000659795 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4886  acetoacetyl-CoA synthase  52.66 
 
 		 657 aa  718    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3695  acetoacetyl-CoA synthetase  54.94 
 
 		 668 aa  678    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.506313  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0380  acetoacetyl-CoA synthetase  56.46 
 
 		 650 aa  707    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0044282 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1247  acetoacetyl-CoA synthase  52.85 
 
 		 651 aa  692    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.916706  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0315  acetoacetyl-CoA synthetase  56.11 
 
 		 650 aa  702    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3297  acetoacetyl-CoA synthetase  71.05 
 
 		 651 aa  963    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1820  acetoacetyl-CoA synthetase  58.01 
 
 		 649 aa  761    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000185409  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2653  acetoacetyl-CoA synthetase  100 
 
 		 650 aa  1343    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2795  acetoacetyl-CoA synthetase  93.84 
 
 		 652 aa  1248    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal  0.10488 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0779  acetoacetyl-CoA synthetase  49.3 
 
 		 650 aa  681    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3889  acetoacetyl-CoA synthase  54.67 
 
 		 653 aa  704    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00052085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0168  acetoacetyl-CoA synthetase  55.49 
 
 		 652 aa  712    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38690  acetoacetyl-CoA synthetase  70.74 
 
 		 651 aa  961    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0554  acetoacetyl-CoA synthase  56.58 
 
 		 658 aa  730    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1658  acetoacetyl-CoA synthetase  57.1 
 
 		 662 aa  719    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2720  acetoacetyl-CoA synthetase  86.13 
 
 		 653 aa  1157    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.0612564 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2108  acetoacetyl-CoA synthetase  50.46 
 
 		 651 aa  627  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188473 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1714  acetoacetyl-CoA synthetase  50.54 
 
 		 687 aa  624  1e-177  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.776218  normal  0.102104 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3829  acetoacetyl-CoA synthetase  46.15 
 
 		 657 aa  586  1e-166  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0246  acetoacetyl-CoA synthetase  46.22 
 
 		 661 aa  580  1e-164  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0089  acetoacetyl-CoA synthetase  46.85 
 
 		 662 aa  580  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848036  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05420  acetoacetyl-CoA synthetase  44.38 
 
 		 656 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001479  acetoacetyl-CoA synthetase  44.44 
 
 		 657 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.525178  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2277  acetoacetyl-CoA synthetase  44.68 
 
 		 667 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1953  acetoacetyl-CoA synthetase  44.77 
 
 		 657 aa  565  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000409  acetoacetyl-CoA synthetase  44.26 
 
 		 695 aa  566  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1970  acetoacetyl-CoA synthetase  44.72 
 
 		 676 aa  565  1e-160  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00129339  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0406  acetoacetyl-CoA synthetase  44.72 
 
 		 659 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000302212  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2245  acetoacetyl-CoA synthetase  46.24 
 
 		 654 aa  555  1e-157  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115691  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3294  acetoacetyl-CoA synthetase  45.29 
 
 		 676 aa  558  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0879  acetoacetyl-CoA synthetase  45.37 
 
 		 664 aa  550  1e-155  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.361725  normal  0.0726893 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0006  acetoacetyl-CoA synthetase  44.97 
 
 		 646 aa  544  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.497617  normal  0.392863 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2342  acetoacetyl-CoA synthetase  44.58 
 
 		 660 aa  544  1e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0788  acetoacetyl-CoA synthase  45.92 
 
 		 645 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0937  acetoacetyl-CoA synthetase  45.22 
 
 		 665 aa  538  1e-151  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2133  acetoacetyl-CoA synthase  43.16 
 
 		 667 aa  537  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.569736  decreased coverage  0.00936242 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4014  acetoacetyl-CoA synthase  45.09 
 
 		 667 aa  533  1e-150  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2699  acetoacetyl-CoA synthetase  42.86 
 
 		 669 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329478 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4482  acetoacetyl-CoA synthase  44.95 
 
 		 662 aa  532  1e-150  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.984378  normal  0.928665 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3504  acetoacetyl-CoA synthetase  44.96 
 
 		 709 aa  531  1e-149  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.315612 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0304  acetoacetyl-CoA synthase  43.83 
 
 		 667 aa  526  1e-148  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0152  acetoacetyl-CoA synthase  45.67 
 
 		 651 aa  527  1e-148  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1209  acetoacetyl-CoA synthetase  42.42 
 
 		 665 aa  528  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0764  acetoacetyl-CoA synthetase  42.42 
 
 		 671 aa  524  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839024  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01880  acetoacetyl-CoA synthase  43.34 
 
 		 673 aa  523  1e-147  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4181  acetoacetyl-CoA synthase  42.03 
 
 		 646 aa  525  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.166817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3920  acetoacetyl-CoA synthase  42.41 
 
 		 649 aa  523  1e-147  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4421  acetoacetyl-CoA synthase  42.06 
 
 		 656 aa  519  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3253  acetoacetyl-CoA synthase  42.26 
 
 		 685 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2270  acetoacetyl-CoA synthase  42.66 
 
 		 654 aa  518  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1444  acetyl-CoA synthetase  43.17 
 
 		 681 aa  518  1.0000000000000001e-145  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.0669 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2192  acetoacetyl-CoA synthetase  43.53 
 
 		 669 aa  514  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.175358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1154  acetoacetyl-CoA synthetase  41.03 
 
 		 666 aa  506  9.999999999999999e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.527463  normal  0.586098 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4892  acetoacetyl-CoA synthase  41.65 
 
 		 666 aa  504  1e-141  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0655  acetoacetyl-CoA synthetase  43.23 
 
 		 684 aa  498  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6018  acetoacetyl-CoA synthase  42.72 
 
 		 667 aa  496  1e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.670793 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1569  acetoacetyl-CoA synthetase  42.35 
 
 		 664 aa  495  1e-139  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504924  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0699  acetoacetyl-CoA synthetase  42.92 
 
 		 684 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0880431  normal  0.786479 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5085  acetoacetyl-CoA synthetase  41.67 
 
 		 643 aa  493  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.293812  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4700  acetoacetyl-CoA synthetase  41.67 
 
 		 643 aa  491  1e-137  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4786  acetoacetyl-CoA synthetase  41.67 
 
 		 643 aa  491  1e-137  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.434813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3863  acetoacetyl-CoA synthase  40.67 
 
 		 669 aa  485  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0556445  normal  0.0884622 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01103  acetoacetyl-CoA synthase (AFU_orthologue; AFUA_1G11880)  42.14 
 
 		 690 aa  471  1.0000000000000001e-131  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0087  acetoacetyl-CoA synthetase  42.01 
 
 		 704 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5298  acetoacetyl-CoA synthetase  40.65 
 
 		 632 aa  463  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150351 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1473  acetoacetyl-CoA synthetase  40.53 
 
 		 637 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.598373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0107  acetoacetyl-CoA synthetase  41.05 
 
 		 671 aa  454  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0119  acetoacetyl-CoA synthetase  39.59 
 
 		 727 aa  450  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0074  acetoacetyl-CoA synthetase  39.94 
 
 		 695 aa  451  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0120  acetoacetyl-CoA synthetase  40.06 
 
 		 696 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.666374  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3963  acetoacetyl-CoA synthetase  37.99 
 
 		 711 aa  437  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.191797  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE04900  conserved hypothetical protein  38.64 
 
 		 698 aa  433  1e-120  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0916  acetoacetyl-CoA synthase  41.32 
 
 		 971 aa  433  1e-120  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4720  acetoacetyl-CoA synthase  40.47 
 
 		 1021 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7003  acetoacetyl-CoA synthase  39.1 
 
 		 1056 aa  428  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3179  acetoacetyl-CoA synthetase  39.24 
 
 		 695 aa  426  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2019  acetoacetyl-CoA synthase  39.48 
 
 		 658 aa  422  1e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000482159  normal  0.0114668 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1363  acetoacetyl-CoA synthase  39.81 
 
 		 654 aa  419  9.999999999999999e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0502256  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1149  acetoacetyl-CoA synthase  37.15 
 
 		 654 aa  413  1e-114  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.335784  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0443  acetoacetyl-CoA synthase  40.09 
 
 		 988 aa  400  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.303442  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3315  acetoacetyl-CoA synthase  36.1 
 
 		 620 aa  389  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01482  acetoacetyl-CoA synthase (AFU_orthologue; AFUA_8G04770)  34.91 
 
 		 698 aa  368  1e-100  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  38.39 
 
 		 568 aa  357  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280007 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2222  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 641 aa  293  6e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1441  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 		 642 aa  291  3e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.692743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1808  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 646 aa  289  1e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00809823  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2554  acetoacetyl-CoA synthase, putative  30.41 
 
 		 646 aa  288  2e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>