More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0006 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0006  acetoacetyl-CoA synthetase  100 
 
 		 646 aa  1343    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.497617  normal  0.392863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2028  acetoacetyl-CoA synthetase  47.77 
 
 		 651 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.720983  normal  0.488067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3297  acetoacetyl-CoA synthetase  46.04 
 
 		 651 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38690  acetoacetyl-CoA synthetase  45.73 
 
 		 651 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0554  acetoacetyl-CoA synthase  46.71 
 
 		 658 aa  587  1e-166  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3889  acetoacetyl-CoA synthase  46.13 
 
 		 653 aa  572  1e-161  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00052085  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1794  acetoacetyl-CoA synthetase  44.98 
 
 		 646 aa  572  1e-161  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1795  acetoacetyl-CoA synthetase  44.51 
 
 		 646 aa  565  1e-160  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3080  acetoacetyl-CoA synthetase  44.15 
 
 		 651 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2720  acetoacetyl-CoA synthetase  45.36 
 
 		 653 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.0612564 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0380  acetoacetyl-CoA synthetase  47.05 
 
 		 650 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0044282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1820  acetoacetyl-CoA synthetase  45.19 
 
 		 649 aa  559  1e-158  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000185409  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0412  acetoacetyl-CoA synthetase  46.52 
 
 		 650 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0370757  hitchhiker  0.0000659795 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0177  acetoacetyl-CoA synthetase  46.8 
 
 		 651 aa  555  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.618251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4886  acetoacetyl-CoA synthase  43.71 
 
 		 657 aa  556  1e-157  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0168  acetoacetyl-CoA synthetase  45.59 
 
 		 652 aa  555  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05420  acetoacetyl-CoA synthetase  42.24 
 
 		 656 aa  555  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1658  acetoacetyl-CoA synthetase  45.71 
 
 		 662 aa  554  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0779  acetoacetyl-CoA synthetase  44.6 
 
 		 650 aa  551  1e-155  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0021  acetoacetyl-CoA synthetase  46.18 
 
 		 662 aa  550  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0018  acetoacetyl-CoA synthetase  46.02 
 
 		 662 aa  549  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.677245  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001479  acetoacetyl-CoA synthetase  43.93 
 
 		 657 aa  551  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.525178  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1610  acetoacetyl-CoA synthase  44.98 
 
 		 651 aa  549  1e-155  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.787437  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1185  acetoacetyl-CoA synthetase  44.6 
 
 		 650 aa  550  1e-155  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2047  acetoacetyl-CoA synthetase  42.73 
 
 		 651 aa  546  1e-154  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3695  acetoacetyl-CoA synthetase  46.38 
 
 		 668 aa  547  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.506313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3071  acetoacetyl-CoA synthetase  44.97 
 
 		 650 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.922751  normal  0.501607 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2108  acetoacetyl-CoA synthetase  45.37 
 
 		 651 aa  543  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2795  acetoacetyl-CoA synthetase  44.34 
 
 		 652 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal  0.10488 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0036  acetoacetyl-CoA synthetase  45.16 
 
 		 662 aa  541  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2653  acetoacetyl-CoA synthetase  44.05 
 
 		 650 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000409  acetoacetyl-CoA synthetase  42.49 
 
 		 695 aa  536  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1714  acetoacetyl-CoA synthetase  42.41 
 
 		 687 aa  536  1e-151  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.776218  normal  0.102104 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1247  acetoacetyl-CoA synthase  44.63 
 
 		 651 aa  535  1e-150  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.916706  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0406  acetoacetyl-CoA synthetase  41.4 
 
 		 659 aa  535  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000302212  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0315  acetoacetyl-CoA synthetase  43.83 
 
 		 650 aa  525  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0089  acetoacetyl-CoA synthetase  41.94 
 
 		 662 aa  512  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848036  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3829  acetoacetyl-CoA synthetase  39.29 
 
 		 657 aa  473  1e-132  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0246  acetoacetyl-CoA synthetase  39.22 
 
 		 661 aa  463  1e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1953  acetoacetyl-CoA synthetase  38.21 
 
 		 657 aa  455  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3294  acetoacetyl-CoA synthetase  38.72 
 
 		 676 aa  451  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2342  acetoacetyl-CoA synthetase  37.65 
 
 		 660 aa  449  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1970  acetoacetyl-CoA synthetase  38.45 
 
 		 676 aa  449  1e-125  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00129339  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0788  acetoacetyl-CoA synthase  39.26 
 
 		 645 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2277  acetoacetyl-CoA synthetase  37.98 
 
 		 667 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2192  acetoacetyl-CoA synthetase  36.12 
 
 		 669 aa  440  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.175358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4421  acetoacetyl-CoA synthase  37.5 
 
 		 656 aa  438  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3920  acetoacetyl-CoA synthase  36.25 
 
 		 649 aa  434  1e-120  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4181  acetoacetyl-CoA synthase  35.94 
 
 		 646 aa  430  1e-119  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.166817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2133  acetoacetyl-CoA synthase  36.45 
 
 		 667 aa  431  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.569736  decreased coverage  0.00936242 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3504  acetoacetyl-CoA synthetase  36.79 
 
 		 709 aa  424  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.315612 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2270  acetoacetyl-CoA synthase  35.53 
 
 		 654 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0824261 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2699  acetoacetyl-CoA synthetase  35.06 
 
 		 669 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.329478 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3253  acetoacetyl-CoA synthase  36.31 
 
 		 685 aa  422  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1569  acetoacetyl-CoA synthetase  36.06 
 
 		 664 aa  421  1e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504924  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0304  acetoacetyl-CoA synthase  35.56 
 
 		 667 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1444  acetyl-CoA synthetase  36.61 
 
 		 681 aa  419  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.0669 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2245  acetoacetyl-CoA synthetase  36.71 
 
 		 654 aa  418  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115691  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1154  acetoacetyl-CoA synthetase  35.83 
 
 		 666 aa  414  1e-114  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.527463  normal  0.586098 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4014  acetoacetyl-CoA synthase  36.75 
 
 		 667 aa  413  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1209  acetoacetyl-CoA synthetase  34.97 
 
 		 665 aa  413  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.926672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0879  acetoacetyl-CoA synthetase  35.88 
 
 		 664 aa  415  1e-114  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.361725  normal  0.0726893 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0764  acetoacetyl-CoA synthetase  34.2 
 
 		 671 aa  411  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.839024  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6018  acetoacetyl-CoA synthase  36.95 
 
 		 667 aa  411  1e-113  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.670793 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4482  acetoacetyl-CoA synthase  35.58 
 
 		 662 aa  407  1.0000000000000001e-112  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.984378  normal  0.928665 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0152  acetoacetyl-CoA synthase  37.62 
 
 		 651 aa  402  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01880  acetoacetyl-CoA synthase  36.07 
 
 		 673 aa  404  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4892  acetoacetyl-CoA synthase  36.2 
 
 		 666 aa  400  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0937  acetoacetyl-CoA synthetase  35.57 
 
 		 665 aa  401  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1473  acetoacetyl-CoA synthetase  33.08 
 
 		 637 aa  393  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.598373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5085  acetoacetyl-CoA synthetase  32.46 
 
 		 643 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.293812  normal  0.219398 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4700  acetoacetyl-CoA synthetase  32.46 
 
 		 643 aa  391  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4786  acetoacetyl-CoA synthetase  32.46 
 
 		 643 aa  391  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.434813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0655  acetoacetyl-CoA synthetase  34.98 
 
 		 684 aa  389  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0662658 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3863  acetoacetyl-CoA synthase  33.69 
 
 		 669 aa  387  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0556445  normal  0.0884622 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0699  acetoacetyl-CoA synthetase  34.38 
 
 		 684 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0880431  normal  0.786479 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5298  acetoacetyl-CoA synthetase  32.77 
 
 		 632 aa  383  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150351 
 
 
-
 
NC_006687  CNE04900  conserved hypothetical protein  34.1 
 
 		 698 aa  380  1e-104  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.18393  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01103  acetoacetyl-CoA synthase (AFU_orthologue; AFUA_1G11880)  34.98 
 
 		 690 aa  372  1e-102  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.75348 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1363  acetoacetyl-CoA synthase  33.49 
 
 		 654 aa  360  4e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0502256  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7003  acetoacetyl-CoA synthase  34.36 
 
 		 1056 aa  353  8e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01482  acetoacetyl-CoA synthase (AFU_orthologue; AFUA_8G04770)  34.26 
 
 		 698 aa  349  1e-94  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0916  acetoacetyl-CoA synthase  34.08 
 
 		 971 aa  349  1e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1149  acetoacetyl-CoA synthase  31.85 
 
 		 654 aa  343  7e-93  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.335784  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0107  acetoacetyl-CoA synthetase  32.98 
 
 		 671 aa  339  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3315  acetoacetyl-CoA synthase  31.25 
 
 		 620 aa  338  1.9999999999999998e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0120  acetoacetyl-CoA synthetase  32.74 
 
 		 696 aa  338  2.9999999999999997e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.666374  normal  0.260377 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4720  acetoacetyl-CoA synthase  32.57 
 
 		 1021 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0074  acetoacetyl-CoA synthetase  32.74 
 
 		 695 aa  333  5e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2019  acetoacetyl-CoA synthase  32.11 
 
 		 658 aa  333  6e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000482159  normal  0.0114668 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0087  acetoacetyl-CoA synthetase  32.54 
 
 		 704 aa  331  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0119  acetoacetyl-CoA synthetase  32.32 
 
 		 727 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0443  acetoacetyl-CoA synthase  33.81 
 
 		 988 aa  326  1e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.303442  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3963  acetoacetyl-CoA synthetase  30.67 
 
 		 711 aa  317  4e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.191797  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3179  acetoacetyl-CoA synthetase  31.12 
 
 		 695 aa  315  1.9999999999999998e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0054  acetoacetyl-CoA synthetase  29.88 
 
 		 754 aa  302  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 568 aa  278  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280007 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2583  AMP-dependent synthetase and ligase  27.83 
 
 		 674 aa  248  2e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.319993  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1441  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 		 642 aa  246  9.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.692743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0990  AMP-dependent synthetase and ligase  26.59 
 
 		 670 aa  245  1.9999999999999999e-63  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.274147  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>