More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0853 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0853  fumarate lyase  100 
 
 		 474 aa  988    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.104747  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0324  fumarate hydratase  50.42 
 
 		 468 aa  488  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.86166e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0459  fumarate hydratase  51.58 
 
 		 463 aa  484  1e-135  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.907865  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2102  fumarate hydratase  52.06 
 
 		 459 aa  484  1e-135  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.306021  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0107  fumarate lyase  50.53 
 
 		 462 aa  477  1e-133  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0422  fumarate lyase  51.6 
 
 		 472 aa  464  1e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2778  fumarate hydratase  48.61 
 
 		 468 aa  459  9.999999999999999e-129  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.272994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0633  fumarate lyase  51.49 
 
 		 469 aa  461  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.644026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8511  fumarate lyase  49.16 
 
 		 463 aa  455  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4397  fumarate lyase  51.58 
 
 		 473 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2205  fumarate hydratase  48.83 
 
 		 469 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1000  fumarate lyase  50.42 
 
 		 472 aa  451  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3595  fumarate lyase  48.52 
 
 		 480 aa  451  1e-125  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.164786  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2660  fumarate hydratase  49.04 
 
 		 475 aa  451  1e-125  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1975  fumarate hydratase  47.55 
 
 		 462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00792207  normal  0.442313 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1812  fumarate lyase  48.63 
 
 		 469 aa  445  1.0000000000000001e-124  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3085  fumarate lyase  48.32 
 
 		 464 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1197  fumarate hydratase  46.45 
 
 		 459 aa  443  1e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2866  fumarate hydratase  50.43 
 
 		 463 aa  444  1e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31540  fumarate hydratase  49.89 
 
 		 465 aa  442  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1238  fumarate hydratase  46.24 
 
 		 459 aa  441  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0748  fumarate lyase  49.15 
 
 		 467 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00385959  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  46.37 
 
 		 471 aa  439  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1078  fumarate lyase  49.89 
 
 		 464 aa  435  1e-121  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  46.79 
 
 		 464 aa  438  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1627  fumarate hydratase  47.22 
 
 		 468 aa  436  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0839  fumarate lyase  49.89 
 
 		 464 aa  435  1e-121  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  46.79 
 
 		 464 aa  438  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3882  fumarate hydratase  50.11 
 
 		 463 aa  436  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.475519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1252  fumarate hydratase  49.79 
 
 		 475 aa  437  1e-121  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000132055 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1181  fumarate hydratase  50.21 
 
 		 473 aa  437  1e-121  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0978072  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1112  fumarate hydratase  49.47 
 
 		 471 aa  432  1e-120  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.364748  normal  0.37328 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1657  fumarate hydratase  47.12 
 
 		 467 aa  433  1e-120  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000112707  normal  0.675256 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1894  fumarate hydratase  46.81 
 
 		 467 aa  433  1e-120  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0017878  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4243  fumarate hydratase  48.95 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0560645 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3005  fumarate hydratase  45.34 
 
 		 464 aa  428  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2866  fumarate hydratase  45.34 
 
 		 463 aa  429  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4203  fumarate hydratase  46.45 
 
 		 464 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26470  fumarase  48.42 
 
 		 473 aa  431  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288961  normal  0.266407 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05170  fumarate hydratase  49.16 
 
 		 473 aa  430  1e-119  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0966  fumarate hydratase  46.67 
 
 		 464 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399399  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1879  fumarate hydratase  49.58 
 
 		 472 aa  430  1e-119  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1841  fumarate hydratase  45.53 
 
 		 462 aa  425  1e-118  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.194885  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4674  fumarate hydratase  46.85 
 
 		 466 aa  427  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.780743  normal  0.186713 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  47.01 
 
 		 462 aa  425  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1819  fumarate hydratase  45.53 
 
 		 462 aa  425  1e-118  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1895  fumarate hydratase  45.53 
 
 		 462 aa  426  1e-118  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0261938  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1049  fumarate hydratase  45.81 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.994408  normal  0.827821 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  45.96 
 
 		 631 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3051  fumarate hydratase  46.93 
 
 		 465 aa  422  1e-117  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0959329 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0844  fumarate hydratase  50.11 
 
 		 463 aa  422  1e-117  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.921062 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  45.2 
 
 		 463 aa  422  1e-117  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0795  fumarate hydratase  46.17 
 
 		 466 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00749677  normal  0.0712325 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07330  fumarase  47.49 
 
 		 463 aa  423  1e-117  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.24875 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1617  fumarate hydratase  45.45 
 
 		 462 aa  422  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1587  fumarate hydratase  45.45 
 
 		 462 aa  425  1e-117  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1415  fumarate hydratase  45.32 
 
 		 462 aa  424  1e-117  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.566531  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1783  fumarate hydratase  45.24 
 
 		 462 aa  422  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1049  fumarate hydratase  45.01 
 
 		 463 aa  422  1e-117  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62891  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  46.17 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4521  fumarate hydratase, class II  46.93 
 
 		 469 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0970  fumarate hydratase  46.45 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1038  fumarate hydratase  48.3 
 
 		 466 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.88915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0611  fumarate hydratase  45.81 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91536  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0959  fumarate lyase  49.68 
 
 		 473 aa  422  1e-117  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  hitchhiker  0.000463461 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1090  fumarate hydratase  45.81 
 
 		 464 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.316185  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1059  fumarate hydratase  49.68 
 
 		 465 aa  425  1e-117  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1637  fumarate hydratase  45.24 
 
 		 462 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.156374  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  45.96 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1669  fumarate lyase  49.79 
 
 		 466 aa  420  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.59569  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  45.96 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2151  fumarate hydratase, class II  47.25 
 
 		 467 aa  421  1e-116  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0733926 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  45.96 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0935  fumarate lyase  49.16 
 
 		 476 aa  419  1e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  45.96 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1767  fumarate hydratase  45.24 
 
 		 462 aa  421  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2129  fumarate hydratase  46.17 
 
 		 487 aa  419  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.000218779  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  45.96 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  47.03 
 
 		 472 aa  421  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3561  fumarate hydratase  44.89 
 
 		 462 aa  420  1e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  45.96 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2213  fumarate hydratase  46.88 
 
 		 464 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.620267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11119  fumarate hydratase  49.79 
 
 		 474 aa  420  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.954044 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  46.82 
 
 		 472 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23010  fumarase  47.79 
 
 		 468 aa  416  9.999999999999999e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1636  fumarate hydratase  45.24 
 
 		 462 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0545327  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1556  fumarate hydratase  44.28 
 
 		 463 aa  415  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433937  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3120  fumarate lyase  49.58 
 
 		 472 aa  416  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.000941956  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2947  fumarate hydratase  47.87 
 
 		 466 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.271381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1667  fumarate hydratase  46.6 
 
 		 462 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0452593 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1452  fumarate hydratase  46.11 
 
 		 465 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1387  fumarate hydratase  44.56 
 
 		 461 aa  414  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.987993  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1279  fumarate hydratase  46.35 
 
 		 461 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  46.91 
 
 		 465 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0721  fumarate hydratase  45.88 
 
 		 464 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4649  fumarate hydratase  48.21 
 
 		 471 aa  412  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.456115 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  46.91 
 
 		 465 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  46.06 
 
 		 467 aa  413  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0424  fumarate hydratase  44.26 
 
 		 463 aa  413  1e-114  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1328  fumarate hydratase  44.44 
 
 		 469 aa  412  1e-114  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  0.832729 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>