210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4604 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4604  hypothetical protein  100 
 
 		 300 aa  590  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4463  hypothetical protein  97.67 
 
 		 300 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4586  hypothetical protein  93.75 
 
 		 300 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.560139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0860  hypothetical protein  90.78 
 
 		 298 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1214  membrane protein  80.97 
 
 		 300 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201736  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3232  hypothetical protein  78.89 
 
 		 301 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.274981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0934  hypothetical protein  84.01 
 
 		 300 aa  432  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1042  hypothetical protein  81.31 
 
 		 300 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.214105  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1208  hypothetical protein  74.48 
 
 		 300 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13490  hypothetical protein  74.24 
 
 		 300 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5209  hypothetical protein  57.79 
 
 		 308 aa  308  5.9999999999999995e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3217  membrane protein  53.61 
 
 		 395 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000559917  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2554  hypothetical protein  55.36 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3163  integral membrane protein  53.61 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.08673  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3202  integral membrane protein  53.61 
 
 		 296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1406  hypothetical protein  54.04 
 
 		 414 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0104528  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2045  hypothetical protein  53.26 
 
 		 296 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.225054  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0868  hypothetical protein  53.26 
 
 		 296 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000733686  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1908  hypothetical protein  53.26 
 
 		 296 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.760547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2702  hypothetical protein  53.26 
 
 		 316 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.475299  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0726  hypothetical protein  54.67 
 
 		 298 aa  298  8e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0709  hypothetical protein  54.67 
 
 		 298 aa  298  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2418  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.36 
 
 		 298 aa  292  5e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0488921  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4259  hypothetical protein  55.09 
 
 		 299 aa  291  7e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2509  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.2 
 
 		 298 aa  291  7e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2933  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.34 
 
 		 299 aa  286  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3922  hypothetical protein  55.02 
 
 		 296 aa  285  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.939787 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0799  hypothetical protein  55.02 
 
 		 296 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.818356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0346  hypothetical protein  55.02 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.548669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0830  hypothetical protein  55.02 
 
 		 296 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100508  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6954  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54.67 
 
 		 299 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.850807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1979  hypothetical protein  50.87 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.959663 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2908  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.74 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.450588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2336  hypothetical protein  50.87 
 
 		 301 aa  265  7e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000121234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1731  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.56 
 
 		 300 aa  265  8e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.774679  normal  0.0492029 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6512  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.6 
 
 		 292 aa  249  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.955687  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0535  hypothetical protein  46.39 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6618  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.85 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2094  hypothetical protein  45.49 
 
 		 309 aa  225  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0255656  normal  0.929791 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3174  hypothetical protein  44.88 
 
 		 303 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3317  hypothetical protein  44.88 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1197  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.92 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3173  hypothetical protein  44.52 
 
 		 303 aa  221  8e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4613  membrane protein  44.25 
 
 		 309 aa  218  7.999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2933  hypothetical protein  38.64 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000228681  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2211  hypothetical protein  40.97 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0998  hypothetical protein  41.96 
 
 		 307 aa  202  8e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0396648  hitchhiker  0.00267069 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4205  hypothetical protein  37.15 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3370  hypothetical protein  43.02 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1880  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.79 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.010243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4261  hypothetical protein  35.47 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04029  membrane protein  33.22 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0497  hypothetical protein  32.77 
 
 		 319 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.855711 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3268  hypothetical protein  33.57 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0089  membrane protein  28.52 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3994  DMT family permease  29.3 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2049  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.19 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.172716 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2020  hypothetical protein  25.69 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.252549 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2341  hypothetical protein  22.79 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0925779 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4298  hypothetical protein  27.7 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.528973  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00646  permease  24.51 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2498  integral membrane protein  23.83 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1839  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.52 
 
 		 317 aa  62  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05180  hypothetical protein  24.57 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1470  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.33 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2768  EamA family protein  24.84 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000452563  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2587  membrane protein  24.92 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4599  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.92 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.112434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4465  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.92 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.164822  normal  0.648078 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1111  hypothetical protein  28.2 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.901325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4075  hypothetical protein  28.35 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4054  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.11 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0278904  normal  0.0935667 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.09 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2810  hypothetical protein  27.99 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.834647  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3672  DMT family permease  27.84 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.199096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0230  hypothetical protein  28.05 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.331874 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2748  transporter, EamA family  23.18 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03890  probable transmembrane protein  24.18 
 
 		 294 aa  57  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2045  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.9 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0682839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1827  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.44 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2018  hypothetical protein  29.44 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2410  hypothetical protein  25.58 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2505  drug/metabolite exporter family protein  24.68 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000162037  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.07 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1995  O-acetylserine/cysteine export protein  27.64 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  0.155418 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6436  hypothetical protein  22.22 
 
 		 319 aa  55.8  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2471  drug/metabolite exporter family protein  23.72 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01886  hypothetical protein  27.24 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2926  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.76 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3864  hypothetical protein  24.71 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.209657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63230  hypothetical protein  30.83 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2544  transporter, EamA family  23.48 
 
 		 305 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000168841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5505  hypothetical protein  29.45 
 
 		 296 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0653  hypothetical protein  28.76 
 
 		 306 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.005138  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0215  hypothetical protein  26.87 
 
 		 334 aa  53.9  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0498  integral membrane domain-containing protein  29.08 
 
 		 316 aa  53.9  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0065  hypothetical protein  25.88 
 
 		 296 aa  53.5  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.207446  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1183  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.44 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.351558 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0659  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.56 
 
 		 321 aa  53.5  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2744  transporter, EamA family  24.63 
 
 		 305 aa  53.1  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.55496e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>