More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1543 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.18 
 
 
550 aa  1036    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
550 aa  1093    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.264316  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
677 aa  332  1e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.426175 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
586 aa  323  4e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1438  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  32.71 
 
 
583 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3968  putative iron compound ABC transporter, permease protein  32.07 
 
 
585 aa  317  3e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.27 
 
 
585 aa  316  6e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
585 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1284  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  37.45 
 
 
592 aa  315  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1214  iron ABC transporter permease  32.34 
 
 
583 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1216  iron ABC transporter permease  32.15 
 
 
583 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1413  putative iron compound ABC transporter, permease protein  32.34 
 
 
585 aa  313  4.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0543  ABC transporter, permease protein  37.17 
 
 
592 aa  313  5.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1376  putative iron compound ABC transporter, permease protein  32.28 
 
 
585 aa  312  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000764  ABC transporter, permease protein  33.4 
 
 
574 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2744  ABC transporter binding protein inner membrane protein  35.62 
 
 
574 aa  306  5.0000000000000004e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.928371  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1238  iron compound ABC transporter permease  32.5 
 
 
552 aa  306  7e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04881  molybdenum ABC transporter ModB  33.21 
 
 
574 aa  306  7e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1479  putative 2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  32.49 
 
 
545 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.85 
 
 
580 aa  299  9e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.57 
 
 
568 aa  296  5e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5872  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.51 
 
 
580 aa  294  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0388795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5189  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  35.33 
 
 
574 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534495  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5136  ABC transporter, permease protein  34.86 
 
 
574 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.897571  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
574 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
603 aa  281  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312098  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
570 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.02178  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4475  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  38.45 
 
 
587 aa  280  6e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0541435 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4609  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  38.45 
 
 
587 aa  280  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.448301  normal  0.873284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0329  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  34.48 
 
 
574 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.90369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.66 
 
 
574 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6496  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  31.76 
 
 
575 aa  265  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00359807  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3137  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  32.31 
 
 
575 aa  265  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000101117 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3161  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  31.73 
 
 
575 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.036888 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.84 
 
 
533 aa  241  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000795875 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
563 aa  216  8e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.07 
 
 
743 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0216249 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.44 
 
 
569 aa  175  1.9999999999999998e-42  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.75 
 
 
740 aa  173  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113948  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 
742 aa  173  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151959  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.97 
 
 
728 aa  168  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0719  ABC transporter, permease protein  26.97 
 
 
741 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0675  ABC transporter, permease protein  26.97 
 
 
741 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 
741 aa  166  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.31 
 
 
569 aa  166  1.0000000000000001e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2480  ABC transporter, permease protein, putative  28.49 
 
 
568 aa  164  4.0000000000000004e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.45 
 
 
741 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.357299  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.22 
 
 
758 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276526  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2477  ABC-type transporter permease protein  25.71 
 
 
564 aa  159  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.174781  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
543 aa  155  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0626  iron(III) ABC transporter, permease protein  28.33 
 
 
700 aa  154  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.56 
 
 
692 aa  154  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.715719  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.75 
 
 
579 aa  150  4e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.33 
 
 
692 aa  150  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.11 
 
 
738 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0456876  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.2 
 
 
692 aa  148  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.516839  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.31 
 
 
692 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0434  ABC transporter, permease protein  26.14 
 
 
692 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.26 
 
 
545 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0640  Fe3+ ABC transporter, permease  25.44 
 
 
685 aa  141  3.9999999999999997e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0125154  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.18 
 
 
545 aa  140  7.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.09 
 
 
615 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242541 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0376  ABC transporter, permease protein, putative  27.29 
 
 
539 aa  127  4.0000000000000003e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0514897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.71 
 
 
551 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.74 
 
 
551 aa  111  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
572 aa  104  3e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04070  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  25.47 
 
 
551 aa  104  4e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.540207 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.05 
 
 
558 aa  103  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.39431  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.87 
 
 
543 aa  103  8e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.65 
 
 
536 aa  102  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0253396  normal  0.609444 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0950  ABC transporter, permease protein  23.6 
 
 
589 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402794  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  24.13 
 
 
547 aa  102  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.98 
 
 
271 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.101358  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.27 
 
 
616 aa  100  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0013556  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.91 
 
 
563 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4841  putative ABC transporter membrane protein  30.71 
 
 
272 aa  100  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0581519 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2275  putative transmembrane ABC transporter protein  23.42 
 
 
589 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1035  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  23.26 
 
 
589 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.96 
 
 
561 aa  99.8  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.21 
 
 
530 aa  97.8  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.71 
 
 
572 aa  97.8  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
271 aa  97.8  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.18 
 
 
575 aa  97.1  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.86 
 
 
544 aa  97.1  7e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0741111  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.6 
 
 
545 aa  97.1  8e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.102963  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.75 
 
 
576 aa  97.1  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.57335  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1726  iron, putative  23.4 
 
 
585 aa  96.7  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0368916  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.63 
 
 
579 aa  97.1  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1174  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.19 
 
 
528 aa  96.7  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5853  putative permease protein  31.47 
 
 
271 aa  94.4  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.784306  normal  0.382756 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.41 
 
 
592 aa  94  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.63 
 
 
547 aa  94  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1792  transport system permease transmembrane ABC transporter protein  28.45 
 
 
282 aa  92.8  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.0652988 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1768  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  22.94 
 
 
590 aa  93.2  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.0413415 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2830  ABC transporter, permease protein  31.47 
 
 
274 aa  92.8  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595776  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.76 
 
 
557 aa  92  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.14 
 
 
556 aa  91.7  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.647604  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.33 
 
 
570 aa  91.7  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.114886  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0978  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.91 
 
 
227 aa  90.9  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.976242  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.45 
 
 
521 aa  90.9  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>