More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4912 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
547 aa  1063    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
551 aa  397  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
551 aa  258  3e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.22 
 
 
554 aa  251  2e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.88 
 
 
545 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.18 
 
 
543 aa  200  6e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.26 
 
 
545 aa  196  7e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.06 
 
 
563 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.15 
 
 
576 aa  166  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.57335  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
561 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.77 
 
 
572 aa  161  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
569 aa  160  7e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.6 
 
 
544 aa  160  8e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0741111  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.39 
 
 
579 aa  156  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.31 
 
 
605 aa  156  9e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.453031  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04850  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  30 
 
 
587 aa  155  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.48 
 
 
569 aa  152  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.36 
 
 
758 aa  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276526  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 
564 aa  147  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.108646 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
741 aa  145  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.357299  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.54 
 
 
543 aa  144  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0719  ABC transporter, permease protein  24.95 
 
 
741 aa  143  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04070  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  24.72 
 
 
551 aa  143  6e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.540207 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0675  ABC transporter, permease protein  25.14 
 
 
741 aa  144  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.18 
 
 
742 aa  143  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151959  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.95 
 
 
743 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0216249 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.39 
 
 
563 aa  142  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
728 aa  141  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.37 
 
 
558 aa  141  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.39431  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2477  ABC-type transporter permease protein  25.78 
 
 
564 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.174781  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.65 
 
 
579 aa  141  3.9999999999999997e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.87 
 
 
692 aa  139  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.516839  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.61 
 
 
568 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.655612  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.36 
 
 
740 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113948  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.24 
 
 
561 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.26 
 
 
732 aa  137  5e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3968  putative iron compound ABC transporter, permease protein  23.66 
 
 
585 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.29 
 
 
579 aa  136  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21310  ABC transporter, permease component  25.5 
 
 
575 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0856621  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.04 
 
 
692 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.715719  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4361  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.5 
 
 
590 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
606 aa  134  5e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.22 
 
 
692 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.84 
 
 
550 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.58 
 
 
590 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.56 
 
 
568 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0287363 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.58 
 
 
590 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297205  normal  0.0450564 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1438  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  23.73 
 
 
583 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1376  putative iron compound ABC transporter, permease protein  23.34 
 
 
585 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.58 
 
 
590 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.447627  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.84 
 
 
550 aa  131  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1768  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  27.38 
 
 
590 aa  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.0413415 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.38 
 
 
590 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.167103  normal  0.195265 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.38 
 
 
590 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.312998  normal  0.625588 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.68 
 
 
585 aa  131  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.49 
 
 
585 aa  131  4.0000000000000003e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992334  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.08 
 
 
741 aa  130  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1479  putative 2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  23.77 
 
 
545 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0950  ABC transporter, permease protein  27.03 
 
 
589 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402794  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.62 
 
 
541 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2480  ABC transporter, permease protein, putative  24.8 
 
 
568 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1238  iron compound ABC transporter permease  23.54 
 
 
552 aa  130  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1214  iron ABC transporter permease  23.54 
 
 
583 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0699  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  28.37 
 
 
589 aa  129  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1216  iron ABC transporter permease  24.02 
 
 
583 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1726  iron, putative  26.83 
 
 
585 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0368916  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0654  putative iron compound ABC transporter, permease protein  28.37 
 
 
589 aa  129  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1413  putative iron compound ABC transporter, permease protein  23.54 
 
 
585 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2275  putative transmembrane ABC transporter protein  26.83 
 
 
589 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.1 
 
 
589 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0166577  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5872  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  25.69 
 
 
580 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0388795  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1035  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  26.64 
 
 
589 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
692 aa  126  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.51 
 
 
559 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.59 
 
 
589 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35666  normal  0.522128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1043  ABC transporter, fused inner membrane subunits  26.98 
 
 
589 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0498706  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.23 
 
 
597 aa  124  3e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.79 
 
 
536 aa  124  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0253396  normal  0.609444 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
557 aa  124  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0894  ABC-type transport system, permease component  27.41 
 
 
553 aa  124  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000205423  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
540 aa  124  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.56 
 
 
603 aa  123  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312098  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0731  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  25.64 
 
 
567 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0677887  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000764  ABC transporter, permease protein  25.68 
 
 
574 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.24 
 
 
564 aa  122  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.8 
 
 
569 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.12 
 
 
564 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.983749 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04881  molybdenum ABC transporter ModB  25.15 
 
 
574 aa  121  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.9 
 
 
528 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0640  Fe3+ ABC transporter, permease  22.41 
 
 
685 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0125154  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.55 
 
 
528 aa  120  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.869163 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1564  iron/thiamine ABC transporter permease/Zn-dependent hydrolase  23.01 
 
 
556 aa  120  7e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0823842  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03434  hypothetical protein  25.5 
 
 
541 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1867  putative ABC transporter, permease protein  22.29 
 
 
556 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.65 
 
 
592 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.77 
 
 
663 aa  118  3e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.39 
 
 
566 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.73 
 
 
549 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.217598  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0434  ABC transporter, permease protein  23.66 
 
 
692 aa  117  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0441  putative iron ABC transporter, permease protein  23.43 
 
 
533 aa  117  5e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.388151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>