More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4882 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
521 aa  1011    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.01 
 
 
521 aa  897    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.548778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0530  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  82.34 
 
 
521 aa  737    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.162719 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.42 
 
 
521 aa  1007    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109676  normal  0.504386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4938  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.85 
 
 
521 aa  1003    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62010  putative iron ABC transporter, permease protein  67.46 
 
 
512 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0428593 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.68 
 
 
518 aa  385  1e-105  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.543872  normal  0.457937 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
509 aa  369  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.992663  normal  0.953855 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.8 
 
 
536 aa  341  2e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1836  ABC Fe+3 transporter, inner membrane subunit  43.44 
 
 
534 aa  339  7e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.374127  normal  0.533271 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 
534 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232577  normal  0.0312056 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.99 
 
 
503 aa  337  3.9999999999999995e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0090372  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
526 aa  328  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.80009  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
500 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.974086  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
526 aa  326  6e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.36 
 
 
526 aa  326  6e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0924311  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
522 aa  317  3e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0398286  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8129  iron ABC transporter, permease protein  43.68 
 
 
502 aa  316  5e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.161316 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
530 aa  316  6e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2838  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.28 
 
 
531 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.6 
 
 
530 aa  314  2.9999999999999996e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3949  ABC Fe3+ transporter, inner membrane subunit  45.18 
 
 
532 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305187  normal  0.0483056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
527 aa  300  3e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.65 
 
 
536 aa  299  1e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.145655  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3782  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.48 
 
 
526 aa  296  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.865045 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
526 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43356  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1174  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
528 aa  289  7e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
527 aa  286  5.999999999999999e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.604854  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06270  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  42.39 
 
 
515 aa  286  7e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0952696  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2711  iron(III)-transport system permease  41.39 
 
 
528 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0924971  normal  0.0430816 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
533 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.97601 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1349  iron(III) ABC transporter, permease protein  41.67 
 
 
528 aa  283  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
511 aa  282  1e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000545483 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
530 aa  281  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
528 aa  280  6e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1358  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
525 aa  276  6e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
536 aa  274  4.0000000000000004e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0253396  normal  0.609444 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6135  ABC transporter membrane spanning protein  38.85 
 
 
513 aa  273  5.000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
523 aa  273  8.000000000000001e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000425777 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.28 
 
 
525 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.905105  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
541 aa  258  1e-67  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
515 aa  258  2e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000100634  normal  0.0519495 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
543 aa  237  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
530 aa  230  6e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.5168 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
536 aa  219  6e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.556719  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
514 aa  219  7e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.923953  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1463  ABC transporter related protein  35.9 
 
 
1057 aa  216  5e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.33 
 
 
557 aa  214  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
511 aa  213  7e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.269197  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
540 aa  211  3e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
545 aa  205  2e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2071  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.7 
 
 
506 aa  193  6e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1924  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.15 
 
 
540 aa  189  1e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0782  iron-uptake permease inner membrane protein  29.04 
 
 
555 aa  189  1e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.297135  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
530 aa  177  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.442605 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.06 
 
 
563 aa  176  7e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00163  putative ABC-type transport system, permease component  36.87 
 
 
507 aa  174  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.452019  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
554 aa  172  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.104442 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
568 aa  172  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0287363 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
549 aa  171  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.217598  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0731  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.02 
 
 
567 aa  169  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0677887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.63 
 
 
528 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.89 
 
 
550 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0441  putative iron ABC transporter, permease protein  26.91 
 
 
533 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.388151  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.9 
 
 
550 aa  163  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
557 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4317  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.71 
 
 
562 aa  161  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.946485  normal  0.426161 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03434  hypothetical protein  30.02 
 
 
541 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.38 
 
 
550 aa  160  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0894  ABC-type transport system, permease component  32.05 
 
 
553 aa  160  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000205423  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
589 aa  160  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0166577  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002575  ferric iron ABC transporter permease protein  29.15 
 
 
541 aa  158  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.500484  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0163  putative iron(III) ABC transporter, fused inner membrane subunits  31.23 
 
 
557 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
538 aa  157  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0138  iron(III) ABC transporter, permease protein  31.3 
 
 
541 aa  156  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000182315  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
582 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.26 
 
 
561 aa  155  1e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47290  iron ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 
538 aa  154  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.04 
 
 
557 aa  154  4e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.406299 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0699  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  31.14 
 
 
589 aa  153  5.9999999999999996e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5429  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.33 
 
 
555 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0325707 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0768  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.99 
 
 
558 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0654  putative iron compound ABC transporter, permease protein  31.14 
 
 
589 aa  153  5.9999999999999996e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
559 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.99 
 
 
561 aa  153  7e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.368895 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
567 aa  153  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.44 
 
 
562 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.44 
 
 
562 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193935  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.32 
 
 
565 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.086066  normal  0.404722 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
569 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0989  iron transport system permease protein  32.52 
 
 
529 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1546  ABC iron transporter, inner membrane subunit  27.4 
 
 
564 aa  151  3e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.424688  normal  0.358419 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.84 
 
 
550 aa  151  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.714891  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.79 
 
 
562 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.66 
 
 
562 aa  149  8e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
574 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00284173  normal  0.308977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.8 
 
 
543 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
558 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
558 aa  149  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0921183  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.45 
 
 
546 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>