More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3700 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.26 
 
 
558 aa  636    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4317  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  71.06 
 
 
562 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.946485  normal  0.426161 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.78 
 
 
562 aa  637    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.04 
 
 
565 aa  642    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
550 aa  1060    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.78 
 
 
562 aa  637    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193935  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.18 
 
 
565 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.086066  normal  0.404722 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.85 
 
 
558 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.867638  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.87 
 
 
562 aa  625  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.74 
 
 
506 aa  616  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.48497  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1377  iron ABC transporter permease  67.88 
 
 
570 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300501  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1510  ABC transporter, permease protein  68.08 
 
 
570 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.896954  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0689  iron ABC transporter permease  68.08 
 
 
570 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000577033  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0463  iron ABC transporter permease  68.08 
 
 
570 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1181  iron ABC transporter permease  68.08 
 
 
570 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.881727  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1381  iron ABC transporter permease  67.88 
 
 
570 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1778  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  67.12 
 
 
568 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.370129  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2857  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  67.82 
 
 
548 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.133702  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.55 
 
 
569 aa  529  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0699  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  58.26 
 
 
589 aa  522  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0654  putative iron compound ABC transporter, permease protein  58.07 
 
 
589 aa  520  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.93 
 
 
550 aa  471  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.49 
 
 
582 aa  468  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.98 
 
 
542 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.45 
 
 
550 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.25 
 
 
550 aa  443  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.81 
 
 
553 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.725072  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.84 
 
 
579 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0544  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.86 
 
 
550 aa  421  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
570 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.931275 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
562 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00794358  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.04 
 
 
548 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.62056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0768  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.43 
 
 
558 aa  371  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
566 aa  368  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3626  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
562 aa  350  5e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1407  iron(III) ABC transporter permease protein  42.39 
 
 
543 aa  342  8e-93  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.960253  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2587  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 
543 aa  339  8e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
548 aa  339  9e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
543 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511547 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
567 aa  338  1.9999999999999998e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
554 aa  338  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.104442 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0743  iron(III) ABC transporter, permease protein  40.51 
 
 
544 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.65 
 
 
557 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002575  ferric iron ABC transporter permease protein  37.89 
 
 
541 aa  337  5e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.500484  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.36 
 
 
589 aa  337  5e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0166577  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
557 aa  336  5e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.406299 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
543 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0163  putative iron(III) ABC transporter, fused inner membrane subunits  41.65 
 
 
557 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
544 aa  333  5e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
543 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.25371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
544 aa  332  9e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0845  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
543 aa  332  1e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.44 
 
 
545 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.501492 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0177  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
553 aa  331  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.445803 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
543 aa  331  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 
549 aa  330  5.0000000000000004e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.217598  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
544 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.48 
 
 
528 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
544 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03434  hypothetical protein  37.34 
 
 
541 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.89 
 
 
555 aa  328  2.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
543 aa  326  6e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
543 aa  324  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
568 aa  321  1.9999999999999998e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0287363 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
550 aa  321  3e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
560 aa  319  9e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0731  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.34 
 
 
567 aa  319  9e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0677887  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
560 aa  319  9e-86  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.04 
 
 
559 aa  318  1e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2023  putative ABC transporter permease component  40.76 
 
 
559 aa  317  3e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.967123  normal  0.0816083 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.19 
 
 
574 aa  315  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00284173  normal  0.308977 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
558 aa  315  1.9999999999999998e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0921183  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0138  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.62 
 
 
541 aa  314  2.9999999999999996e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000182315  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1198  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.43 
 
 
545 aa  313  5.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.33 
 
 
562 aa  312  9e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
546 aa  312  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677105  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3006  iron(III) ABC transporter, inner membrane binding component  38.64 
 
 
543 aa  309  9e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.525048  normal  0.629796 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0667  iron(III) ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 
542 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603449  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
543 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.744333  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 
559 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0471935  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0782  iron-uptake permease inner membrane protein  34.26 
 
 
555 aa  294  2e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.297135  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
538 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
552 aa  286  9e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.778216  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
543 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
544 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553372  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5429  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.3 
 
 
555 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0325707 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47290  iron ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 
538 aa  282  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0315  iron ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 
538 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1013  iron(III) ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 
542 aa  276  7e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0312612  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0989  iron transport system permease protein  40.41 
 
 
529 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0894  ABC-type transport system, permease component  38.37 
 
 
553 aa  274  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000205423  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0245  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.04 
 
 
538 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0972  ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
521 aa  270  5e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.200041  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
540 aa  269  8e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1546  ABC iron transporter, inner membrane subunit  34.78 
 
 
564 aa  269  1e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.424688  normal  0.358419 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0441  putative iron ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
533 aa  268  2.9999999999999995e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.388151  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.66 
 
 
561 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.368895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.22 
 
 
541 aa  265  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0154  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
539 aa  262  1e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.234714  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
540 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.497984  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>