More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4446 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 550 aa  1050    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.66 
 
 		 569 aa  616  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0699  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  61.04 
 
 		 589 aa  613  9.999999999999999e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0654  putative iron compound ABC transporter, permease protein  60.85 
 
 		 589 aa  611  9.999999999999999e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4317  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  59.72 
 
 		 562 aa  523  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.946485  normal  0.426161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0571  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.75 
 
 		 550 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 		 542 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.51 
 
 		 558 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.867638  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0580  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.56 
 
 		 550 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.12 
 
 		 558 aa  512  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.96 
 
 		 553 aa  515  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.725072  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.12 
 
 		 565 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.086066  normal  0.404722 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.92 
 
 		 562 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.92 
 
 		 562 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193935  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.48 
 
 		 579 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.41 
 
 		 562 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0544  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.23 
 
 		 550 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.89 
 
 		 582 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1377  iron ABC transporter permease  58.56 
 
 		 570 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300501  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0463  iron ABC transporter permease  58.75 
 
 		 570 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1381  iron ABC transporter permease  58.75 
 
 		 570 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.81 
 
 		 550 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1510  ABC transporter, permease protein  58.75 
 
 		 570 aa  476  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.896954  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0689  iron ABC transporter permease  58.75 
 
 		 570 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000577033  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1181  iron ABC transporter permease  58.75 
 
 		 570 aa  476  1e-133  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.881727  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1778  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  57.27 
 
 		 568 aa  473  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.370129  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.07 
 
 		 565 aa  457  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.52 
 
 		 562 aa  455  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00794358  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2857  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  56.95 
 
 		 548 aa  442  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.133702  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1345  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.08 
 
 		 506 aa  443  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.48497  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.07 
 
 		 570 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.931275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 		 567 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.36 
 
 		 566 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4632  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.48 
 
 		 548 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.62056  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0768  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.15 
 
 		 558 aa  385  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 		 562 aa  377  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0163  putative iron(III) ABC transporter, fused inner membrane subunits  43.09 
 
 		 557 aa  378  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1407  iron(III) ABC transporter permease protein  41.87 
 
 		 543 aa  378  1e-103  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.960253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 		 557 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.406299 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 		 528 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03434  hypothetical protein  37.45 
 
 		 541 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 		 589 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0166577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 		 557 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.673481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002575  ferric iron ABC transporter permease protein  36.89 
 
 		 541 aa  370  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.500484  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0177  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.61 
 
 		 553 aa  371  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.445803 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 		 554 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.104442 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3626  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 		 562 aa  372  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 		 558 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0921183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 		 548 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1198  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.82 
 
 		 545 aa  365  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.88 
 
 		 544 aa  365  1e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 		 546 aa  364  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677105  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 		 543 aa  364  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000511547 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.92 
 
 		 545 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.501492 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 		 544 aa  361  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 		 559 aa  360  5e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 		 544 aa  359  7e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0731  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.38 
 
 		 567 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0677887  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 		 574 aa  358  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00284173  normal  0.308977 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 		 555 aa  356  6.999999999999999e-97  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 		 543 aa  356  7.999999999999999e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2587  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.73 
 
 		 543 aa  355  7.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 543 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0743  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.78 
 
 		 544 aa  355  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0138  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.55 
 
 		 541 aa  355  1e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000182315  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 543 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 		 544 aa  352  7e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0845  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 		 543 aa  351  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 		 549 aa  350  4e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.217598  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3435  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 		 560 aa  350  5e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 		 560 aa  350  5e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 		 543 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.25371  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 		 543 aa  340  4e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 		 543 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.744333  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.88 
 
 		 568 aa  337  2.9999999999999997e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0287363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2023  putative ABC transporter permease component  39.81 
 
 		 559 aa  332  2e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.967123  normal  0.0816083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.57 
 
 		 559 aa  332  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0471935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3006  iron(III) ABC transporter, inner membrane binding component  38.27 
 
 		 543 aa  330  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.525048  normal  0.629796 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0667  iron(III) ABC transporter, permease protein  40.87 
 
 		 542 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 		 543 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 		 538 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1013  iron(III) ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 		 542 aa  308  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0312612  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 		 550 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47290  iron ABC transporter, permease protein  40 
 
 		 538 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5429  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.52 
 
 		 555 aa  302  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0325707 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0315  iron ABC transporter, permease protein  40.32 
 
 		 538 aa  296  8e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0441  putative iron ABC transporter, permease protein  29.47 
 
 		 533 aa  295  2e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.388151  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0782  iron-uptake permease inner membrane protein  33.7 
 
 		 555 aa  293  8e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.297135  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0245  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.32 
 
 		 538 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0894  ABC-type transport system, permease component  35.59 
 
 		 553 aa  289  9e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000205423  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0989  iron transport system permease protein  38.97 
 
 		 529 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3565  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 		 552 aa  281  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.778216  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 		 544 aa  280  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.553372  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68890  putative iron ABC transporter, permease protein  39.92 
 
 		 539 aa  274  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0972  ABC transporter, permease protein  32.8 
 
 		 521 aa  272  1e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.200041  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 		 542 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 		 540 aa  270  7e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5195  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 		 540 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 		 550 aa  267  4e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.714891  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 		 540 aa  266  5.999999999999999e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>