More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3172 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.38 
 
 
557 aa  856    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
540 aa  1040    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
543 aa  309  8e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
536 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0253396  normal  0.609444 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
530 aa  270  5e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.57 
 
 
541 aa  253  9.000000000000001e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1174  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
528 aa  243  7.999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06270  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  39.96 
 
 
515 aa  234  4.0000000000000004e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0952696  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
503 aa  227  4e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0090372  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4938  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
521 aa  226  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
521 aa  224  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
521 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109676  normal  0.504386 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
523 aa  221  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000425777 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62010  putative iron ABC transporter, permease protein  35.73 
 
 
512 aa  220  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0428593 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1924  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
540 aa  219  1e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
521 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.548778 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
522 aa  216  7e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0398286  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
550 aa  212  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
511 aa  209  1e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000545483 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.14 
 
 
536 aa  207  3e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
518 aa  207  5e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.543872  normal  0.457937 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
559 aa  200  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8129  iron ABC transporter, permease protein  33.75 
 
 
502 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.161316 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
509 aa  198  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.992663  normal  0.953855 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0530  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.73 
 
 
521 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.162719 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
530 aa  195  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.5168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.26 
 
 
538 aa  194  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.51 
 
 
534 aa  193  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232577  normal  0.0312056 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1836  ABC Fe+3 transporter, inner membrane subunit  34.96 
 
 
534 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.374127  normal  0.533271 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0138  iron(III) ABC transporter, permease protein  31.55 
 
 
541 aa  191  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000182315  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.78 
 
 
544 aa  191  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
511 aa  191  4e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.269197  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1961  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
526 aa  191  4e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.80009  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.57 
 
 
544 aa  190  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47290  iron ABC transporter, permease protein  33.98 
 
 
538 aa  190  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
500 aa  190  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.974086  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3346  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
544 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
526 aa  190  7e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0924311  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2027  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
526 aa  190  7e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
545 aa  189  8e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3782  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.55 
 
 
526 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.865045 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
544 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.25 
 
 
543 aa  188  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000511547 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
515 aa  187  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000100634  normal  0.0519495 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5429  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.4 
 
 
555 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0325707 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
568 aa  184  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0287363 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03434  hypothetical protein  29.1 
 
 
541 aa  184  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
526 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43356  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1463  ABC transporter related protein  36.06 
 
 
1057 aa  183  9.000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.85 
 
 
563 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0134  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
558 aa  182  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0921183  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
549 aa  182  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.217598  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
555 aa  182  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 
543 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0731  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.94 
 
 
567 aa  180  5.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0677887  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
530 aa  179  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0743  iron(III) ABC transporter, permease protein  29.49 
 
 
544 aa  179  9e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002575  ferric iron ABC transporter permease protein  29.05 
 
 
541 aa  179  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.500484  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2838  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.85 
 
 
531 aa  178  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0667  iron(III) ABC transporter, permease protein  31.59 
 
 
542 aa  177  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0603449  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0116  iron ABC transporter, permease protein  25.53 
 
 
518 aa  176  8e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
514 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.923953  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
543 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.744333  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.02 
 
 
562 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00794358  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6135  ABC transporter membrane spanning protein  32.25 
 
 
513 aa  174  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1546  ABC iron transporter, inner membrane subunit  27.1 
 
 
564 aa  173  5.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.424688  normal  0.358419 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2587  iron(III) ABC transporter, permease protein  28.96 
 
 
543 aa  173  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
562 aa  173  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.587106  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.29 
 
 
561 aa  173  9e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.368895 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00163  putative ABC-type transport system, permease component  37.05 
 
 
507 aa  170  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.452019  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.24 
 
 
554 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.104442 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.75 
 
 
551 aa  169  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0782  iron-uptake permease inner membrane protein  26.53 
 
 
555 aa  169  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.297135  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0441  putative iron ABC transporter, permease protein  25.53 
 
 
533 aa  167  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.388151  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3006  iron(III) ABC transporter, inner membrane binding component  28.89 
 
 
543 aa  167  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.525048  normal  0.629796 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.99 
 
 
562 aa  167  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0845  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.12 
 
 
543 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.61 
 
 
574 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00284173  normal  0.308977 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.68 
 
 
589 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0166577  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4317  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.55 
 
 
562 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.946485  normal  0.426161 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3949  ABC Fe3+ transporter, inner membrane subunit  34.91 
 
 
532 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305187  normal  0.0483056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2023  putative ABC transporter permease component  28.65 
 
 
559 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.967123  normal  0.0816083 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
530 aa  164  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.442605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0315  iron ABC transporter, permease protein  31.79 
 
 
538 aa  163  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.33 
 
 
550 aa  163  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.714891  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.36 
 
 
543 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29 
 
 
543 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5195  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
540 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154251  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.49 
 
 
543 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.25371  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.65 
 
 
550 aa  161  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0177  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.72 
 
 
553 aa  160  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.445803 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
567 aa  160  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1778  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  33.33 
 
 
568 aa  159  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.370129  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.55 
 
 
527 aa  159  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.94 
 
 
540 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.497984  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.15 
 
 
569 aa  159  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.89 
 
 
528 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1377  iron ABC transporter permease  33.07 
 
 
570 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300501  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0699  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  28.13 
 
 
589 aa  159  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.54 
 
 
533 aa  158  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0400876  hitchhiker  0.00000113394 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>