More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3963 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.84 
 
 
611 aa  701    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.998678  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
616 aa  1204    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0013556  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
609 aa  796    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.900207  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.47 
 
 
608 aa  589  1e-167  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
592 aa  322  1.9999999999999998e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0183  ABC transporter, permease protein  30.28 
 
 
602 aa  286  8e-76  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.359754  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.4 
 
 
608 aa  282  1e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
561 aa  189  2e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21310  ABC transporter, permease component  31.56 
 
 
575 aa  157  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0856621  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.43 
 
 
543 aa  153  8.999999999999999e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.33 
 
 
563 aa  153  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.06 
 
 
575 aa  150  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.54 
 
 
570 aa  148  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.114886  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.29 
 
 
563 aa  148  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.1 
 
 
551 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1043  ABC transporter, fused inner membrane subunits  30.41 
 
 
589 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0498706  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.65 
 
 
561 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.49 
 
 
560 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.24 
 
 
605 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.453031  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.61 
 
 
589 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35666  normal  0.522128 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.02 
 
 
568 aa  137  7.000000000000001e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.655612  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.74 
 
 
566 aa  137  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1768  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  29.34 
 
 
590 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.0413415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
590 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
590 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297205  normal  0.0450564 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
590 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.312998  normal  0.625588 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4361  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.98 
 
 
590 aa  135  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.9 
 
 
692 aa  135  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.715719  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
590 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.167103  normal  0.195265 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.3 
 
 
545 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.85 
 
 
692 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.49 
 
 
692 aa  132  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.516839  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3160  hypothetical protein  26.22 
 
 
572 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.45 
 
 
559 aa  132  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.495401  normal  0.221506 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.26 
 
 
545 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
590 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.447627  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.6 
 
 
579 aa  130  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0950  ABC transporter, permease protein  29.19 
 
 
589 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402794  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.82 
 
 
557 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0626  iron(III) ABC transporter, permease protein  26.44 
 
 
700 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1035  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  29.19 
 
 
589 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2275  putative transmembrane ABC transporter protein  28.99 
 
 
589 aa  127  6e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.41 
 
 
692 aa  127  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.39 
 
 
589 aa  127  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.648217  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1726  iron, putative  28.54 
 
 
585 aa  126  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0368916  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.72 
 
 
740 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113948  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.59 
 
 
543 aa  124  5e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.45 
 
 
564 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.983749 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3146  ABC transporter permease  27.29 
 
 
589 aa  122  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.29 
 
 
589 aa  122  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1259  ABC transporter, permease protein  27.29 
 
 
589 aa  122  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0434  ABC transporter, permease protein  25.86 
 
 
692 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.97 
 
 
603 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.569333  normal  0.0423776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.3 
 
 
564 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0174537  normal  0.945821 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.74 
 
 
579 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.48 
 
 
728 aa  120  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.5 
 
 
569 aa  120  7.999999999999999e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.77 
 
 
603 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.16 
 
 
569 aa  120  9.999999999999999e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2938  putative transmembrane ABC transporter protein  26.77 
 
 
603 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.880644  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.05 
 
 
743 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0216249 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.81 
 
 
558 aa  118  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.39431  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.95 
 
 
741 aa  117  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.357299  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.69 
 
 
557 aa  117  8.999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.32 
 
 
559 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.2 
 
 
758 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276526  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.1 
 
 
742 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151959  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.53 
 
 
586 aa  115  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.457212  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0112  ABC transporter, permease protein  28.97 
 
 
597 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.81 
 
 
575 aa  114  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0719  ABC transporter, permease protein  25 
 
 
741 aa  113  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.58 
 
 
615 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242541 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.83 
 
 
576 aa  113  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.57335  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4827  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 
534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232577  normal  0.0312056 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0675  ABC transporter, permease protein  25 
 
 
741 aa  112  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1836  ABC Fe+3 transporter, inner membrane subunit  27.81 
 
 
534 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.374127  normal  0.533271 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.06 
 
 
741 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.52 
 
 
518 aa  108  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.543872  normal  0.457937 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0640  Fe3+ ABC transporter, permease  26.88 
 
 
685 aa  108  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0125154  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0376  ABC transporter, permease protein, putative  26.43 
 
 
539 aa  108  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0514897  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1376  putative iron compound ABC transporter, permease protein  22.16 
 
 
585 aa  107  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
530 aa  107  7e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.41 
 
 
586 aa  107  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.15 
 
 
530 aa  106  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.034918  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.6 
 
 
523 aa  106  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000425777 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1479  putative 2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  23.33 
 
 
545 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4938  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.26 
 
 
521 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107301 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3968  putative iron compound ABC transporter, permease protein  22.69 
 
 
585 aa  106  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.05 
 
 
572 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.47 
 
 
521 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.6 
 
 
540 aa  105  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1216  iron ABC transporter permease  23.12 
 
 
583 aa  105  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.47 
 
 
521 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109676  normal  0.504386 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1413  putative iron compound ABC transporter, permease protein  23.33 
 
 
585 aa  104  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1284  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  24.35 
 
 
592 aa  104  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1238  iron compound ABC transporter permease  23.33 
 
 
552 aa  103  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1438  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  22.92 
 
 
583 aa  103  8e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1214  iron ABC transporter permease  23.12 
 
 
583 aa  103  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2021  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.91 
 
 
522 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0398286  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.82 
 
 
554 aa  103  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>