More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2143 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0183  ABC transporter, permease protein  67.73 
 
 
602 aa  839    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.359754  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
608 aa  1220    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
609 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.900207  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3963  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.4 
 
 
616 aa  283  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0013556  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.55 
 
 
608 aa  271  2e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.34 
 
 
611 aa  270  7e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.998678  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.87 
 
 
592 aa  233  1e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.76 
 
 
561 aa  153  8e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.57 
 
 
741 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.357299  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.69 
 
 
740 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113948  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0719  ABC transporter, permease protein  25.6 
 
 
741 aa  149  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.78 
 
 
743 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0216249 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0675  ABC transporter, permease protein  24.95 
 
 
741 aa  146  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.51 
 
 
742 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151959  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.69 
 
 
741 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.46 
 
 
563 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.51 
 
 
758 aa  134  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276526  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.43 
 
 
569 aa  123  8e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.66 
 
 
576 aa  120  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.57335  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.39 
 
 
575 aa  118  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.25 
 
 
551 aa  117  7.999999999999999e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.18 
 
 
543 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21310  ABC transporter, permease component  23.67 
 
 
575 aa  114  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0856621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23 
 
 
566 aa  113  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.5 
 
 
728 aa  112  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.44 
 
 
605 aa  112  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.453031  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.25 
 
 
561 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.18 
 
 
563 aa  108  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.69 
 
 
568 aa  107  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.655612  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.65 
 
 
590 aa  107  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.65 
 
 
590 aa  107  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.297205  normal  0.0450564 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.65 
 
 
590 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.312998  normal  0.625588 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.9 
 
 
579 aa  106  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.4 
 
 
570 aa  106  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.114886  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.8 
 
 
615 aa  106  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242541 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.53 
 
 
558 aa  106  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.39431  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1768  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  24.46 
 
 
590 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.0413415 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.85 
 
 
590 aa  106  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.167103  normal  0.195265 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.85 
 
 
590 aa  105  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.447627  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4361  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.6 
 
 
590 aa  104  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.05 
 
 
545 aa  104  4e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1043  ABC transporter, fused inner membrane subunits  24.8 
 
 
589 aa  104  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0498706  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.68 
 
 
560 aa  104  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.41 
 
 
692 aa  103  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.715719  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3160  hypothetical protein  23.1 
 
 
572 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1726  iron, putative  23.6 
 
 
585 aa  103  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0368916  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.54 
 
 
692 aa  102  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.516839  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.48 
 
 
692 aa  101  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.76 
 
 
551 aa  101  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1035  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  23.6 
 
 
589 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2275  putative transmembrane ABC transporter protein  23.6 
 
 
589 aa  100  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0950  ABC transporter, permease protein  23.6 
 
 
589 aa  99.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402794  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.65 
 
 
579 aa  99.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5677  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.75 
 
 
589 aa  98.2  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35666  normal  0.522128 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.64 
 
 
559 aa  97.8  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.495401  normal  0.221506 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.19 
 
 
564 aa  97.1  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.983749 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0640  Fe3+ ABC transporter, permease  23.44 
 
 
685 aa  95.5  3e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0125154  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.49 
 
 
569 aa  94.4  6e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.61 
 
 
564 aa  93.2  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0174537  normal  0.945821 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1924  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.74 
 
 
540 aa  92.8  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0626  iron(III) ABC transporter, permease protein  22.08 
 
 
700 aa  92.8  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.35 
 
 
692 aa  92.4  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.22 
 
 
528 aa  91.3  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.869163 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.15 
 
 
545 aa  90.1  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.13 
 
 
543 aa  89.7  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.54 
 
 
547 aa  88.6  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0112  ABC transporter, permease protein  23.7 
 
 
597 aa  88.6  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.53 
 
 
554 aa  87.8  5e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2069  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.9 
 
 
551 aa  87  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.33 
 
 
545 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.46 
 
 
570 aa  85.9  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.931275 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.2 
 
 
541 aa  85.9  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.41 
 
 
579 aa  85.1  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.3 
 
 
669 aa  85.5  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0188  iron ABC transporter, permease protein  23.52 
 
 
538 aa  85.1  0.000000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.43 
 
 
572 aa  84  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0210  iron ABC transporter, permease protein  23.18 
 
 
538 aa  84  0.000000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.912172  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0167  iron ABC transporter, permease protein  23.18 
 
 
538 aa  83.6  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.471521  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1564  iron/thiamine ABC transporter permease/Zn-dependent hydrolase  22.49 
 
 
556 aa  83.2  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0823842  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.93 
 
 
589 aa  82.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.648217  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.25 
 
 
557 aa  82  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1867  putative ABC transporter, permease protein  20.9 
 
 
556 aa  81.3  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.18 
 
 
585 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992334  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1376  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.15 
 
 
589 aa  79.7  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1259  ABC transporter, permease protein  23.15 
 
 
589 aa  79.7  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3146  ABC transporter permease  23.15 
 
 
589 aa  79.7  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0434  ABC transporter, permease protein  21.2 
 
 
692 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.06 
 
 
559 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.46 
 
 
557 aa  78.2  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1438  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  21.38 
 
 
583 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.25 
 
 
551 aa  77  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0321782  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000764  ABC transporter, permease protein  24.24 
 
 
574 aa  75.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1836  ABC Fe+3 transporter, inner membrane subunit  21.81 
 
 
534 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.374127  normal  0.533271 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.93 
 
 
436 aa  74.7  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
536 aa  74.7  0.000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.556719  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1573  iron/thiamine ABC transporter permease/Zn-dependent hydrolase  22.09 
 
 
556 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0292004  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.11 
 
 
556 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.647604  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04881  molybdenum ABC transporter ModB  22.65 
 
 
574 aa  74.3  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  20.74 
 
 
732 aa  73.9  0.000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.51 
 
 
602 aa  73.9  0.000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0406993 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>