More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4879 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
677 aa  1369    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.426175 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000764  ABC transporter, permease protein  56.1 
 
 
574 aa  579  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04881  molybdenum ABC transporter ModB  56.5 
 
 
574 aa  578  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5872  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.13 
 
 
580 aa  555  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0388795  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0543  ABC transporter, permease protein  53.74 
 
 
592 aa  548  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.76 
 
 
603 aa  548  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312098  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2744  ABC transporter binding protein inner membrane protein  54.13 
 
 
574 aa  543  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.928371  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3137  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  53.65 
 
 
575 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000101117 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0968  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.58 
 
 
570 aa  536  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.02178  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3161  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  52.55 
 
 
575 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.036888 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6496  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  52.35 
 
 
575 aa  529  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00359807  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.6 
 
 
568 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1284  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  53.15 
 
 
592 aa  523  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3968  putative iron compound ABC transporter, permease protein  47.61 
 
 
585 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.57 
 
 
585 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
585 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.992334  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4609  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  51.92 
 
 
587 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.448301  normal  0.873284 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4475  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  51.92 
 
 
587 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0541435 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1438  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  47.61 
 
 
583 aa  509  1e-143  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1238  iron compound ABC transporter permease  47.8 
 
 
552 aa  509  1e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1214  iron ABC transporter permease  47.99 
 
 
583 aa  510  1e-143  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5524  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.84 
 
 
580 aa  511  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1413  putative iron compound ABC transporter, permease protein  47.8 
 
 
585 aa  510  1e-143  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1479  putative 2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  47.61 
 
 
545 aa  508  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1216  iron ABC transporter permease  47.61 
 
 
583 aa  507  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1376  putative iron compound ABC transporter, permease protein  47.8 
 
 
585 aa  507  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2897  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.77 
 
 
586 aa  503  1e-141  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0112953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5136  ABC transporter, permease protein  51.86 
 
 
574 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.897571  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5189  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  52.43 
 
 
574 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534495  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.66 
 
 
574 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0329  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, permease protein  51.67 
 
 
574 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.90369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.31 
 
 
574 aa  481  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.4 
 
 
550 aa  315  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.264316  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
550 aa  313  4.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
533 aa  259  1e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000795875 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.57 
 
 
743 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67824  normal  0.0216249 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
742 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151959  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 
740 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113948  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.57 
 
 
741 aa  191  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0719  ABC transporter, permease protein  30.11 
 
 
741 aa  190  9e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
758 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276526  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0675  ABC transporter, permease protein  30.11 
 
 
741 aa  189  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
741 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.357299  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.66 
 
 
569 aa  178  3e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.95 
 
 
543 aa  177  5e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
579 aa  177  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2477  ABC-type transporter permease protein  28.18 
 
 
564 aa  169  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.174781  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
569 aa  169  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.63 
 
 
615 aa  166  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242541 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
728 aa  165  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.58 
 
 
545 aa  162  1e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.77 
 
 
563 aa  162  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0640  Fe3+ ABC transporter, permease  29.44 
 
 
685 aa  161  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0125154  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
692 aa  160  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.94 
 
 
692 aa  160  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.715719  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.12 
 
 
545 aa  160  9e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.99 
 
 
692 aa  158  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.516839  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.79 
 
 
692 aa  158  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0626  iron(III) ABC transporter, permease protein  26.72 
 
 
700 aa  155  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0434  ABC transporter, permease protein  27.73 
 
 
692 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.91 
 
 
738 aa  145  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0456876  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.41 
 
 
551 aa  138  4e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2480  ABC transporter, permease protein, putative  28.17 
 
 
568 aa  131  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.79 
 
 
568 aa  127  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.655612  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.57 
 
 
544 aa  114  5e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0741111  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04070  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  27.61 
 
 
551 aa  112  3e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.540207 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.64 
 
 
566 aa  112  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.96 
 
 
551 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.8 
 
 
563 aa  108  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.62 
 
 
605 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.453031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0121  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.1 
 
 
560 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.13 
 
 
572 aa  107  7e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.73 
 
 
554 aa  106  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3497  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.8 
 
 
572 aa  105  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4912  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.3 
 
 
547 aa  105  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341081  normal  0.198477 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.87 
 
 
561 aa  104  4e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.488219  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.79 
 
 
576 aa  102  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.57335  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  26.84 
 
 
547 aa  101  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.1 
 
 
558 aa  100  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.39431  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.3 
 
 
575 aa  99.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.5 
 
 
545 aa  99.4  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.102963  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.61 
 
 
565 aa  98.6  4e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2069  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.51 
 
 
551 aa  97.8  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21310  ABC transporter, permease component  24.4 
 
 
575 aa  97.1  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0856621  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.17 
 
 
557 aa  96.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.12 
 
 
564 aa  96.3  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.983749 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1949  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.43 
 
 
259 aa  95.5  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1721  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.19 
 
 
530 aa  95.1  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.353247  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.05 
 
 
541 aa  93.6  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.09 
 
 
609 aa  92.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.900207  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.11 
 
 
579 aa  92.4  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2832  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.89 
 
 
559 aa  91.7  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.628501  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.56 
 
 
559 aa  91.3  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.495401  normal  0.221506 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.8 
 
 
570 aa  91.3  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.114886  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.06 
 
 
579 aa  91.3  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.2 
 
 
549 aa  91.3  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.84 
 
 
564 aa  90.1  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0174537  normal  0.945821 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  32.02 
 
 
266 aa  90.5  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.97 
 
 
278 aa  89.4  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.84 
 
 
543 aa  89  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>