More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0741 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0977  transcriptional regulator, LacI family  94.17 
 
 		 343 aa  685    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0741  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 343 aa  716    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4137  regulatory protein LacI  34.48 
 
 		 359 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2079  transcriptional regulator, LacI family  35.06 
 
 		 341 aa  208  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.275805  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1547  LacI family transcription regulator  32.95 
 
 		 337 aa  202  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0111532  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0539  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 340 aa  199  5e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1340  LacI family transcription regulator  32.67 
 
 		 337 aa  199  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000460933  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0714  transcriptional regulator, LacI family  34.58 
 
 		 334 aa  187  3e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3369  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.75 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02944  DNA-binding transcriptional repressor  33.33 
 
 		 327 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0626  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 327 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0625  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.33 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3542  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.33 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3257  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.33 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02894  hypothetical protein  33.33 
 
 		 327 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4389  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.33 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03334  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.54 
 
 		 328 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002659  beta-D-galactosidase transcriptional repressor  32.62 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.443693  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1372  galactose operon repressor  30 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1972  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  31.08 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0103522 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1775  LacI family transcription regulator  28.31 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1087  LacI family transcription regulator  28.29 
 
 		 339 aa  135  8e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.42902  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0302  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.323775  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0793  transcriptional regulator, LacI family  27.97 
 
 		 340 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.137474  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1949  LacR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 336 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.721622  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.28 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 344 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  30.4 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  29.34 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  29.64 
 
 		 351 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  29.64 
 
 		 351 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1063  LacI family transcription regulator  26.48 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  29.34 
 
 		 344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  29.73 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  28.74 
 
 		 346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.64 
 
 		 348 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  28.93 
 
 		 342 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  28.05 
 
 		 376 aa  115  7.999999999999999e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  28.14 
 
 		 351 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  28.44 
 
 		 346 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  28.01 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1323  transcription regulator of beta-galactosidase gene  25 
 
 		 333 aa  115  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 341 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.49 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.3 
 
 		 339 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  27.3 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.57 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4368  transcriptional regulator, LacI family  26.26 
 
 		 347 aa  109  6e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.0119453 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  30.47 
 
 		 344 aa  109  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  27.53 
 
 		 343 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.65 
 
 		 336 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1454  LacI family transcription regulator  27.02 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0012728  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  27.67 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  27.25 
 
 		 334 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 339 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.35 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.79 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  26.89 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.56 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.849116  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  27.25 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  28.12 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  26.44 
 
 		 331 aa  106  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  24.1 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  25.36 
 
 		 340 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  26.44 
 
 		 338 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  26.97 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  26.51 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0568  LacI family transcription regulator  25.29 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000865309  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  27.45 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  26.38 
 
 		 328 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  25.07 
 
 		 357 aa  103  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  26.06 
 
 		 346 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0909  LacI family transcription regulator  25.63 
 
 		 339 aa  103  5e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000295634  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  24.92 
 
 		 346 aa  103  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  27.48 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.14 
 
 		 333 aa  102  8e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 353 aa  102  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  23.98 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  28.14 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  26.8 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  25.76 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  25.99 
 
 		 337 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  25.98 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.35 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  27.84 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  27.47 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02195  transcription regulator transcription regulator protein  27.45 
 
 		 355 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.479594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  27.74 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0881  LacI family transcription regulator  25.07 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000659595  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  25.53 
 
 		 339 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.28 
 
 		 333 aa  100  5e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 340 aa  100  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>