More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4137 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4137  regulatory protein LacI  100 
 
 		 359 aa  738    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2079  transcriptional regulator, LacI family  40.36 
 
 		 341 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.275805  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0539  transcriptional regulator, LacI family  40.18 
 
 		 340 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0741  transcriptional regulator, LacI family  34.48 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0977  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 343 aa  219  6e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0714  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1547  LacI family transcription regulator  34.2 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0111532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1340  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 		 337 aa  200  3.9999999999999996e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000460933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002659  beta-D-galactosidase transcriptional repressor  35.01 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.443693  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03334  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  35.01 
 
 		 328 aa  183  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1972  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  35.13 
 
 		 326 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0103522 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0302  LacI family transcription regulator  32.07 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.323775  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1372  galactose operon repressor  30.56 
 
 		 331 aa  169  8e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0625  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.33 
 
 		 327 aa  167  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3257  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.33 
 
 		 327 aa  167  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3369  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.33 
 
 		 327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02944  DNA-binding transcriptional repressor  33.04 
 
 		 327 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0626  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 327 aa  164  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02894  hypothetical protein  33.04 
 
 		 327 aa  164  3e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4389  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.04 
 
 		 327 aa  163  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3542  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.04 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1775  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0793  transcriptional regulator, LacI family  32.59 
 
 		 340 aa  142  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.137474  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1063  LacI family transcription regulator  29.06 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1323  transcription regulator of beta-galactosidase gene  29.03 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1949  LacR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.721622  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1087  LacI family transcription regulator  29.77 
 
 		 339 aa  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.42902  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 357 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  32.29 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.49 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.61 
 
 		 341 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  30.46 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.49 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  30.37 
 
 		 358 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2175  transcriptional regulator, LacI family  30.08 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.408939  normal  0.717598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  28.21 
 
 		 344 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 351 aa  117  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  28.82 
 
 		 340 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.25 
 
 		 330 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  29.48 
 
 		 376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3338  transcriptional regulator, LacI family  31.37 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.680798  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  28.94 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.26 
 
 		 342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0568  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 339 aa  113  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000865309  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.94 
 
 		 338 aa  113  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 353 aa  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 		 353 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  29.18 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0150  LacI family transcription regulator  30.61 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.998709 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.17 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  30.81 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0131  transcriptional regulator, LacI family  27.46 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  29.78 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000057395  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.21 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0909  LacI family transcription regulator  29.78 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000295634  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0629  LacI family transcription regulator  26.93 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.409769  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  27.65 
 
 		 335 aa  109  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0881  LacI family transcription regulator  26.28 
 
 		 335 aa  109  6e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000659595  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 342 aa  109  7.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1077  LacI family transcription regulator  25.77 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  28.03 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  29.55 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2557  LacI family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000811694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2790  LacI family transcription regulator  29.17 
 
 		 348 aa  107  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.58 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  27.06 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.45 
 
 		 331 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  29.68 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  28.62 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  30.46 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  28.77 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  29.14 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27370  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0316556  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  28.16 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 357 aa  107  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 340 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  29.09 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  27.76 
 
 		 341 aa  106  5e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  28.9 
 
 		 347 aa  106  7e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  29.63 
 
 		 356 aa  105  9e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  28.41 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  27.12 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  27.68 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  28.42 
 
 		 351 aa  104  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  25.5 
 
 		 348 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.08 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  28 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.25 
 
 		 356 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  27.41 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.77 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  28.4 
 
 		 335 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>